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- PDB-8yue: Crystal structure of the kinesin-14 motor protein from Drosophila... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yue
タイトルCrystal structure of the kinesin-14 motor protein from Drosophila melanogaster
要素Protein claret segregational
キーワードMOTOR PROTEIN / Kinesin-related / Microtubule motor protein / Spindle motor
機能・相同性
機能・相同性情報


minus-end directed microtubule sliding / distributive segregation / regulation of mitotic spindle elongation / meiotic spindle assembly / mitotic spindle elongation / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / microtubule bundle formation / spindle assembly involved in female meiosis / regulation of mitotic spindle assembly ...minus-end directed microtubule sliding / distributive segregation / regulation of mitotic spindle elongation / meiotic spindle assembly / mitotic spindle elongation / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / microtubule bundle formation / spindle assembly involved in female meiosis / regulation of mitotic spindle assembly / mitotic centrosome separation / meiotic spindle / minus-end-directed microtubule motor activity / spindle organization / mitotic spindle assembly / mRNA transport / mitotic spindle organization / chromosome segregation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / spindle / microtubule binding / hydrolase activity / cell division / centrosome / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Protein claret segregational
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Wei, Y. / Jobichen, C. / Imasaki, T. / Nitta, R. / Wang, M.Y. / Sivaraman, J. / Endow, S.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)1R21HD105034-01A1 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a kinesin-related protein from Drosophila melanogaster
著者: Shibata, S. / Wang, M.Y. / Imasaki, T. / Shigematsu, H. / Wei, Y. / Jobichen, C. / Hagio, H. / Sivaraman, J. / Endow, S.A. / Nitta, R.
履歴
登録2024年3月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein claret segregational
B: Protein claret segregational
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1478
ポリマ－88,9132
非ポリマー1,2346
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area34250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.506, 67.617, 94.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein claret segregational / Kinesin-14


分子量: 44456.441 Da / 分子数: 2 / 変異: Y485K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: ncd, CA(ND), CG7831
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P20480, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.01 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.5M NaCl, 50mM NaPi, pH6.8, 7mM DTT, 13% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→93.5 Å / Num. obs: 17466 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.6 % / Rpim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.32 Å / Num. unique obs: 2747 / Rpim(I) all: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20_4459: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→46.75 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 874 5 %
Rwork0.251 --
obs0.2532 17466 97.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→46.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5773 0 20 0 5793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0185899
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5747964
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.513795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075898
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0191024
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.350.4251300.43092484X-RAY DIFFRACTION88
3.35-3.610.36511480.36572787X-RAY DIFFRACTION99
3.61-3.970.33311450.32082770X-RAY DIFFRACTION98
3.97-4.540.32561490.24212825X-RAY DIFFRACTION100
4.54-5.720.30971480.23772824X-RAY DIFFRACTION99
5.72-46.750.23761540.20082902X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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