+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yu6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of thiocyanate dehydrogenase mutant with the H447Q substitution from Pelomicrobium methylotrophicum (pmTcDH H447Q), activated by crystal soaking with 1mM CuCl2 and 1 mM sodium ascorbate | ||||||
要素 | Twin-arginine translocation signal domain-containing protein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Thiocyanate dehydrogenase / Point mutation in the active center / pmTcDH H447Q / Trinuclear copper center / Pelomicrobium methylotrophicum / Cu(I) activation in crystal | ||||||
機能・相同性 | Nitrous oxide reductase, N-terminal / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / metal ion binding / COPPER (II) ION / Twin-arginine translocation signal domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pelomicrobium methylotrophicum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Varfolomeeva, L.A. / Shipkov, N.S. / Dergousova, N.I. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of thiocyanate dehydrogenase mutant with the H447Q substitution from Pelomicrobium methylotrophicum (pmTcDH H447Q), activated by crystal soaking with 1mM CuCl2 and 1 mM sodium ascorbate 著者: Varfolomeeva, L.A. / Shipkov, N.S. / Dergousova, N.I. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8yu6.cif.gz | 221.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8yu6.ent.gz | 170.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8yu6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8yu6_validation.pdf.gz | 4.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8yu6_full_validation.pdf.gz | 4.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8yu6_validation.xml.gz | 44.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8yu6_validation.cif.gz | 68.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/8yu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/8yu6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54083.285 Da / 分子数: 2 / 変異: H447Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pelomicrobium methylotrophicum (バクテリア) 遺伝子: FR698_09980 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5C7ETD9 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-CU / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 20% PEG 8000, 8% Ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17UM / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 138679 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 13.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→45.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.579 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.582 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.55→45.85 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|