[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8yu5: The structure of non-activated thiocyanate dehydrogenase mutant w... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8yu5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The structure of non-activated thiocyanate dehydrogenase mutant with the H447Q substitution from Pelomicrobium methylotrophicum (pmTcDH H447Q) | ||||||
![]() | Twin-arginine translocation signal domain-containing protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Thiocyanate dehydrogenase / pmTcDH H447Q / Point mutation in the active center / Trinuclear copper center / Pelomicrobium methylotrophicum | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Varfolomeeva, L.A. / Shipkov, N.S. / Dergousova, N.I. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
![]() | ![]() Title: The structure of non-activated thiocyanate dehydrogenase mutant with the H447Q substitution from Pelomicrobium methylotrophicum (pmTcDH H447Q) Authors: Varfolomeeva, L.A. / Shipkov, N.S. / Dergousova, N.I. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 224.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 172.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.9 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 2.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 45.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 70.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 54083.285 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: H447Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: FR698_09980 / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 1057 molecules ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PEG / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-CU / #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.03 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M HEPES, pH 7.5, 20% PEG 8000, 8% Ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 8, 2023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→50 Å / Num. obs: 164827 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 19.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.041 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.45→45.88 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|