PDB-8ytu: Mipa-PETase from Micromonospora pattaloongensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ytu

タイトル

Mipa-PETase from Micromonospora pattaloongensis

要素

cutinase

キーワード

HYDROLASE / PET hydrolase

機能・相同性

Cutinase / PET hydrolase-like / : / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / Cutinase

機能・相同性情報

生物種

Micromonospora pattaloongensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Hong, H. / Seo, H. / Park, J. / Kim, K.-J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Landscape profiling of PET depolymerases using a natural sequence cluster framework.
著者: Seo, H. / Hong, H. / Park, J. / Lee, S.H. / Ki, D. / Ryu, A. / Sagong, H.Y. / Kim, K.J.

履歴

登録	2024年3月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ytu.cif.gz	164 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ytu.ent.gz	127.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ytu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/8ytu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/8ytu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ytvC 8ytwC 8ytyC 8ytzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: cutinase

B: cutinase

C: cutinase

ヘテロ分子

84 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cutinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cutinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: cutinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.067, 103.411, 131.875
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cutinase / Recombinant Mipa-PETase 分子量: 27950.119 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora pattaloongensis (バクテリア) 遺伝子: SAMN05444365_106119 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -T1R / 参照: UniProt: A0A1H3QT72, cutinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 / 詳細: PEG 8000, CAPS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月12日
放射	モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→36.82 Å / Num. obs: 136706 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 0.364
反射シェル	解像度: 1.34→1.41 Å / Num. unique obs: 115359 / CC_1/2: 0.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.34→36.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.868 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23437	7442	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21079	-	-	-
obs	0.21202	136706	96.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.92 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.87 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.34→36.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5675	0	10	483	6168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.011	5922
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.446	1.642	8100
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.514	1.564	12205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.743	5	780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.59	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.038	10	790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.963	2.301	3099
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.961	2.301	3099
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.743	4.125	3886
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.743	4.127	3887
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.664	2.575	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.663	2.578	2824
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.065	4.595	4215
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.87	24.67	6697
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.739	23.31	6589
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.343→1.378 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.478	356	-
R_work	0.492	6109	-
obs	-	-	58.87 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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