PDB-8yty: The M12+P185V variant of Kubu-PETase from Kutzneria buriramensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yty

タイトル

The M12+P185V variant of Kubu-PETase from Kutzneria buriramensis

要素

Dienelactone hydrolase

キーワード

HYDROLASE / PET hydrolase

機能・相同性

Chlorophyllase / Chlorophyllase / carboxylic ester hydrolase activity / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Alpha/Beta hydrolase fold / Dienelactone hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Kutzneria buriramensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Park, J. / Seo, H. / Hong, H. / Kim, K.-J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Landscape profiling of PET depolymerases using a natural sequence cluster framework.
著者: Seo, H. / Hong, H. / Park, J. / Lee, S.H. / Ki, D. / Ryu, A. / Sagong, H.Y. / Kim, K.J.

履歴

登録	2024年3月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yty.cif.gz	72.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yty.ent.gz	50.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/8yty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/8yty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ytuC 8ytvC 8ytwC 8ytzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Dienelactone hydrolase

27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.963, 81.645, 83.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-546- HOH
2	1	A-548- HOH
3	1	A-641- HOH

#1: タンパク質	Dienelactone hydrolase / Recombinant Kubu-P-M12+P185V variant 分子量: 27042.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kutzneria buriramensis (バクテリア) 遺伝子: BCF44_11928 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -T1R / 参照: UniProt: A0A3E0H050
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 3350, sodium acetate tribasic pH 4.6, Tacsimate pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2023年6月24日
放射	モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→32.5 Å / Num. obs: 74333 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 14.5 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.15→1.2 Å / Num. unique obs: 17791 / CC_1/2: 0.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.15→32.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.446 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17795	3990	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15987	-	-	-
obs	0.16077	74333	97.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.15→32.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1826	0	0	367	2193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.011	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.838	1.638	2711
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.647	1.559	4091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.672	5	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.767	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.722	10	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.998	0.837	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.988	0.837	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.422	1.51	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.423	1.512	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.769	0.967	915
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.757	0.962	914
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.495	1.714	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.094	12.69	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.357	9.27	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.15→1.175 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	265	-
R_work	0.259	4853	-
obs	-	-	87.65 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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