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万見
- PDB-8yt8: Cryo-EM structure of the dystrophin glycoprotein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yt8
タイトルCryo-EM structure of the dystrophin glycoprotein complex
要素
  • Alpha-sarcoglycan
  • Beta-dystroglycan
  • Beta-sarcoglycan
  • Delta-sarcoglycan
  • Dystrobrevin alpha
  • Dystrophin
  • Gamma-sarcoglycan
  • Sarcospan
  • unknown segment
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / complex membrane stability signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


dystrobrevin complex / olfactory nerve structural organization / sarcoglycan complex / O-linked glycosylation / establishment of blood-nerve barrier / striated muscle cell development / establishment of glial blood-brain barrier / dystroglycan complex / nerve maturation / retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex ...dystrobrevin complex / olfactory nerve structural organization / sarcoglycan complex / O-linked glycosylation / establishment of blood-nerve barrier / striated muscle cell development / establishment of glial blood-brain barrier / dystroglycan complex / nerve maturation / retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / walking behavior / connective tissue development / positive regulation of basement membrane assembly involved in embryonic body morphogenesis / regulation of cellular response to growth factor stimulus / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / regulation of skeletal muscle contraction / contractile ring / regulation of gastrulation / cardiac muscle cell action potential / calcium-dependent cell-matrix adhesion / reactive oxygen species biosynthetic process / morphogenesis of an epithelial sheet / glucose import in response to insulin stimulus / nucleus localization / coronary vasculature morphogenesis / dystrophin-associated glycoprotein complex / microtubule anchoring / vascular associated smooth muscle cell development / laminin-1 binding / response to denervation involved in regulation of muscle adaptation / matrix side of mitochondrial inner membrane / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / neurofilament / cell-substrate junction / myotube cell development / Striated Muscle Contraction / postsynaptic specialization / positive regulation of myelination / basement membrane organization / photoreceptor ribbon synapse / dystroglycan binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / heart process / regulation of sodium ion transmembrane transport / lamin binding / cellular response to cholesterol / regulation of epithelial to mesenchymal transition / vinculin binding / myelination in peripheral nervous system / branching involved in salivary gland morphogenesis / skeletal muscle tissue regeneration / costamere / astrocyte projection / commissural neuron axon guidance / regulation of calcium ion transmembrane transport / membrane organization / protein-containing complex localization / muscle cell development / neuron projection terminus / node of Ranvier / cardiac muscle cell contraction / angiogenesis involved in wound healing / limb development / synaptic transmission, cholinergic / cardiac muscle cell development / axon regeneration / structural constituent of muscle / positive regulation of cell-matrix adhesion / muscle cell cellular homeostasis / nitric-oxide synthase binding / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / muscle organ development / response to muscle activity / regulation of synapse organization / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / alpha-actinin binding / : / membrane protein ectodomain proteolysis / basement membrane / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / postsynaptic cytosol / plasma membrane raft / negative regulation of neuron differentiation / negative regulation of MAPK cascade / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / Schwann cell development / striated muscle contraction / heart morphogenesis / response to glucose / calcium ion homeostasis / skeletal muscle tissue development / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cardiac muscle contraction / laminin binding / response to muscle stretch / positive regulation of neuron differentiation / tubulin binding / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / SH2 domain binding / nuclear periphery
類似検索 - 分子機能
Distrobrevin / Sarcoglycan complex subunit protein / Sarcoglycan alpha/epsilon / Beta-sarcoglycan / Sarcospan / Sarcoglycan gamma/delta/zeta / : / : / Sarcoglycan complex subunit protein / Sarcoglycan alpha/epsilon N-terminal domain ...Distrobrevin / Sarcoglycan complex subunit protein / Sarcoglycan alpha/epsilon / Beta-sarcoglycan / Sarcospan / Sarcoglycan gamma/delta/zeta / : / : / Sarcoglycan complex subunit protein / Sarcoglycan alpha/epsilon N-terminal domain / Sarcoglycan alpha/epsilon second domain / Dystroglycan-type cadherin-like / Dystroglycan, C-terminal / Alpha-dystroglycan domain 2 / DG-type SEA domain / Alpha-dystroglycan N-terminal domain 2 / Dystroglycan (Dystrophin-associated glycoprotein 1) / Alpha-Dystroglycan N-terminal domain 2 / DG-type SEA domain profile. / Dystroglycan-type cadherin-like domains. / Putative Ig domain / Dystrophin/utrophin / EF-hand domain, type 1 / EF-hand domain, type 2 / EF hand / EF-hand / CD20-like family / CD20-like family / : / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Cadherin-like superfamily / Calponin homology domain / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Calponin homology (CH) domain / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-P5S / Dystrophin / Delta-sarcoglycan / Gamma-sarcoglycan / Beta-sarcoglycan / Alpha-sarcoglycan / Sarcospan / Dystroglycan 1 / Dystrobrevin alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wu, J.P. / Yan, Z. / Wan, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271261 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structure and assembly of the dystrophin glycoprotein complex.
著者: Li Wan / Xiaofei Ge / Qikui Xu / Gaoxingyu Huang / Tiandi Yang / Kevin P Campbell / Zhen Yan / Jianping Wu /
要旨: The dystrophin glycoprotein complex (DGC) has a crucial role in maintaining cell membrane stability and integrity by connecting the intracellular cytoskeleton with the surrounding extracellular ...The dystrophin glycoprotein complex (DGC) has a crucial role in maintaining cell membrane stability and integrity by connecting the intracellular cytoskeleton with the surrounding extracellular matrix. Dysfunction of dystrophin and its associated proteins results in muscular dystrophy, a disorder characterized by progressive muscle weakness and degeneration. Despite the important roles of the DGC in physiology and pathology, its structural details remain largely unknown, hindering a comprehensive understanding of its assembly and function. Here we isolated the native DGC from mouse skeletal muscle and obtained its high-resolution structure. Our findings unveil a markedly divergent structure from the previous model of DGC assembly. Specifically, on the extracellular side, β-, γ- and δ-sarcoglycans co-fold to form a specialized, extracellular tower-like structure, which has a central role in complex assembly by providing binding sites for α-sarcoglycan and dystroglycan. In the transmembrane region, sarcoglycans and sarcospan flank and stabilize the single transmembrane helix of dystroglycan, rather than forming a subcomplex as previously proposed. On the intracellular side, sarcoglycans and dystroglycan engage in assembly with the dystrophin-dystrobrevin subcomplex through extensive interaction with the ZZ domain of dystrophin. Collectively, these findings enhance our understanding of the structural linkage across the cell membrane and provide a foundation for the molecular interpretation of many muscular dystrophy-related mutations.
履歴
登録2024年3月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22024年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.32025年2月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-sarcoglycan
B: Beta-sarcoglycan
C: Dystrobrevin alpha
D: Delta-sarcoglycan
E: Dystrophin
G: Gamma-sarcoglycan
I: unknown segment
O: Beta-dystroglycan
S: Sarcospan
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,23927
ポリマ－233,5639
非ポリマー7,67618
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 8種, 8分子 ABCDEGOS

#1: タンパク質 Alpha-sarcoglycan / Alpha-SG / 50 kDa dystrophin-associated glycoprotein / 50DAG / Adhalin


分子量: 32539.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P82350
#2: タンパク質 Beta-sarcoglycan / Beta-SG / 43 kDa dystrophin-associated glycoprotein / 43DAG


分子量: 28729.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P82349
#3: タンパク質 Dystrobrevin alpha / DTN-A / Alpha-dystrobrevin


分子量: 23363.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D2N4
#4: タンパク質 Delta-sarcoglycan / Delta-SG / 35 kDa dystrophin-associated glycoprotein / 35DAG


分子量: 29191.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P82347
#5: タンパク質 Dystrophin


分子量: 38371.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P11531
#6: タンパク質 Gamma-sarcoglycan / Gamma-SG / 35 kDa dystrophin-associated glycoprotein / 35DAG


分子量: 28956.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P82348
#8: タンパク質 Beta-dystroglycan / Beta-DG


分子量: 31934.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q62165
#9: タンパク質 Sarcospan / K-ras oncogene-associated protein / Kirsten-Ras-associated protein


分子量: 19917.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q62147

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 I

#7: タンパク質・ペプチド unknown segment


分子量: 559.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: unassigned / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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糖 , 5種, 12分子

#10: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#13: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#14: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 6分子

#15: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C27H46O
#16: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#17: 化合物 ChemComp-P5S / O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / phosphatidyl serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン


分子量: 792.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C42H82NO10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: dystrophin glycoprotein complex, DGC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25 mM MOPS-Na, 150 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 0.01% GDN
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 499658 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00316602
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60322573
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.5122465
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432709
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042849

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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