PDB-8yt2: Crystal structure of ACMSD mutant W194A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yt2

タイトル

Crystal structure of ACMSD mutant W194A

要素

2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

キーワード

LYASE / kynurenine / decarboxylase / NAD homeostasis / tryptophan metabolism / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase / secondary metabolic process / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Yang, Y. / Liu, A.

資金援助

米国,

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA270879	米国
Welch Foundation	AX-2110-20220331	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	AG078775	米国
National Science Foundation (NSF, China)	32101016	中国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: alpha-Amino-beta-carboxymuconate-epsilon-semialdehyde decarboxylase catalyzes enol/keto tautomerization of oxaloacetate.
著者: Yang, Y. / Davis, I. / Altman, R.A. / Liu, A.

履歴

登録	2024年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yt2.cif.gz	215.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yt2.ent.gz	170.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/8yt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/8yt2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yt1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

B: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

C: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

ヘテロ分子

111 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

ヘテロ分子

A: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimer
74.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

C: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.002, 151.647, 154.105
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-602- HOH
2	1	A-611- HOH

#1: タンパク質	2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase / Alpha-Amino-beta-Carboxymuconate-epsilon-Semialdehyde-Decarboxylase / ACMSD 分子量: 37068.465 Da / 分子数: 3 / 変異: W194A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: nbaD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83V25
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 2% (v/v) malonate pH 7.0, 0.1M sodium citrate tribasic pH 5.6, 12% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97935 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97935 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 79968 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 6.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.02-2.05	5.9	0.955	3948	0.713	0.912	0.423	1.047	0.725	99.6
2.05-2.09	6.2	0.831	3989	0.719	0.914	0.359	0.907	0.883	99.7
2.09-2.13	6.9	0.684	3916	0.858	0.961	0.28	0.74	0.77	99.9
2.13-2.18	7.3	0.615	3952	0.883	0.968	0.245	0.663	0.791	99.9
2.18-2.22	7.3	0.534	3980	0.916	0.978	0.211	0.575	0.806	100
2.22-2.27	7.3	0.522	3972	0.915	0.978	0.208	0.562	1.006	100
2.27-2.33	7.4	0.405	3967	0.955	0.988	0.16	0.435	0.867	100
2.33-2.39	7.4	0.369	3961	0.956	0.989	0.146	0.397	0.893	100
2.39-2.47	7.4	0.327	3950	0.967	0.992	0.129	0.352	0.92	100
2.47-2.54	7.4	0.278	4021	0.975	0.994	0.109	0.299	0.982	100
2.54-2.64	7.4	0.238	3982	0.98	0.995	0.094	0.256	1.012	100
2.64-2.74	7.4	0.21	3983	0.983	0.996	0.083	0.226	1.114	100
2.74-2.87	7.4	0.173	3985	0.988	0.997	0.068	0.186	1.093	100
2.87-3.02	7.4	0.155	3979	0.989	0.997	0.061	0.166	1.183	100
3.02-3.21	7.3	0.123	4030	0.993	0.998	0.049	0.132	1.183	100
3.21-3.45	7.2	0.099	4018	0.995	0.999	0.04	0.107	1.288	100
3.45-3.8	7.1	0.082	4026	0.996	0.999	0.033	0.089	1.255	100
3.8-4.35	7	0.07	4047	0.996	0.999	0.029	0.076	1.172	100
4.35-5.48	6.9	0.063	4079	0.997	0.999	0.026	0.068	1.068	100
5.48-50	6.5	0.066	4183	0.994	0.999	0.029	0.072	1.083	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.02→43.1 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	1998	2.5 %
R_work	0.1943	-	-
obs	0.1952	79920	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→43.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7666	0	3	659	8328

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7890
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.858	10692
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.138	1043
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1145
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1407

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.07	0.3218	136	0.2833	5358	X-RAY DIFFRACTION	97
2.07-2.12	0.3137	141	0.2581	5486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.19	0.2838	142	0.2382	5566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.26	0.2739	142	0.2347	5530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.34	0.2587	142	0.2243	5512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.43	0.2809	142	0.2141	5559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.54	0.2402	143	0.2126	5560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.68	0.2342	142	0.2089	5532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.84	0.2592	143	0.2121	5579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.06	0.2816	143	0.219	5598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.37	0.2399	143	0.1991	5575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.86	0.2004	145	0.1804	5623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.86	0.1943	145	0.1528	5658	X-RAY DIFFRACTION	100
4.86-43.1	0.1816	149	0.1619	5786	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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