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- PDB-8yt1: Crystal structure of ACMSD in complex with malonate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yt1
タイトルCrystal structure of ACMSD in complex with malonate
要素2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase
キーワードLYASE / kynurenine / decarboxylase / NAD homeostasis / tryptophan metabolism / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase / secondary metabolic process / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Yang, Y. / Liu, A.
資金援助 米国, 中国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA270879 米国
Welch FoundationAX-2110-20220331 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG078775 米国
National Science Foundation (NSF, China)32101016 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: alpha-Amino-beta-carboxymuconate-epsilon-semialdehyde decarboxylase catalyzes enol/keto tautomerization of oxaloacetate.
著者: Yang, Y. / Davis, I. / Altman, R.A. / Liu, A.
履歴
登録2024年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase
B: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase
C: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,4527
ポリマ－119,1523
非ポリマー3004
水4,161231
1
A: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子

A: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7746
ポリマ－79,4352
非ポリマー3394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area24050 Å2
手法PISA
2
B: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase
C: 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5654
ポリマ－79,4352
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area23780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.278, 152.024, 153.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-37-

LYS

21A-531-

HOH

31A-599-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase / Alpha-Amino-beta-Carboxymuconate-epsilon-Semialdehyde-Decarboxylase / ACMSD


分子量: 39717.332 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: nbaD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83V25
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 2% (v/v) malonate pH 7.0, 0.1M sodium citrate tribasic pH 5.6, 12% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 59722 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 394895
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.21-2.296.60.97259690.8110.9460.4061.0550.88599.8
2.29-2.386.30.72359300.8920.9710.3110.7880.91199.6
2.38-2.496.30.54258830.9110.9770.2330.5920.94898.6
2.49-2.6270.39760110.9550.9880.160.4290.93100
2.62-2.7870.28459810.9710.9930.1150.3070.96599.8
2.78-36.90.21359520.9810.9950.0870.230.9999.9
3-3.36.70.14560310.9860.9960.0610.1581.04199.8
3.3-3.786.30.1159790.9860.9970.0480.1211.17298.6
3.78-4.766.60.09258750.9870.9970.040.1011.09796.7
4.76-506.30.09661110.9910.9980.040.1041.26197.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→44.05 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 1999 3.35 %
Rwork0.2079 --
obs0.2097 59670 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→44.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7743 0 10 231 7984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90510780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6682904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061420
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.280.43351330.33243850X-RAY DIFFRACTION93
2.28-2.340.33421430.29674118X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.410.33541420.27784105X-RAY DIFFRACTION99
2.41-2.480.31761410.26274094X-RAY DIFFRACTION98
2.48-2.570.33041440.24374137X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.670.31011440.24394148X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.80.3261440.23834156X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.940.29231440.23954144X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.130.31521440.24624141X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.370.26341440.22414181X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.710.27381440.20264129X-RAY DIFFRACTION98
3.71-4.240.23381430.19054135X-RAY DIFFRACTION98
4.25-5.350.21031410.17384072X-RAY DIFFRACTION96
5.35-44.050.20971480.17134261X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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