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- PDB-8yrs: Crystal structure of human RECQ1 helicase containing a flexible l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yrs
タイトルCrystal structure of human RECQ1 helicase containing a flexible linker in complex with tailed duplex DNA
要素
  • ATP-dependent DNA helicase Q1
  • DNA (27-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*C)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Helicase / zinc-binding domain / winged-helix / tailed-duplex DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA helicase activity / DNA/DNA annealing activity / four-way junction helicase activity / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / DNA helicase activity / isomerase activity / double-strand break repair via homologous recombination ...double-stranded DNA helicase activity / DNA/DNA annealing activity / four-way junction helicase activity / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / DNA helicase activity / isomerase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / DNA repair / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily ...ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent DNA helicase Q1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Das, T. / Das, A.K. / Ganguly, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2022/005602 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human RECQ1 helicase containing a flexible linker in complex with tailed duplex DNA
著者: Das, T. / Das, A.K. / Ganguly, A.
履歴
登録2024年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase Q1
B: ATP-dependent DNA helicase Q1
C: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*C)-3')
D: DNA (27-MER)
P: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*C)-3')
Q: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,3218
ポリマ－159,1906
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.323, 96.573, 96.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase Q1 / DNA helicase / RecQ-like type 1 / RecQ1 / DNA-dependent ATPase Q1 / RecQ protein-like 1


分子量: 67408.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: human RECQ1 helicase containing a flexible linker (GGGGSGGGGS) inserted between residues 480 (K) and 491 (D)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL, RECQ1, RECQL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46063, DNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*C)-3')


分子量: 3976.599 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 13-mer DNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8210.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 27-mer DNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M Sodium malonate (pH=7.0) and 22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2023年12月22日
詳細: Both CM and TM are 1.2 m single-crystal Si with Rh coating
放射モノクロメーター: Water-cooled DCM with Si (111) or Si (220) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→48.28 Å / Num. obs: 35793 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 40.54 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.43→2.57 Å / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 359 / CC1/2: 0.536 / Rpim(I) all: 0.628 / Rrim(I) all: 1.22 / % possible all: 53.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
STARANISOデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WWY

2wwy


解像度: 2.43→46.64 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 1999 5.59 %
Rwork0.2375 --
obs0.2386 35777 64.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→46.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8436 1397 2 0 9835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.8071814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0141542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.490.413150.392394X-RAY DIFFRACTION3
2.5-2.560.3684130.4062200X-RAY DIFFRACTION5
2.56-2.640.2457260.3419459X-RAY DIFFRACTION12
2.64-2.720.3808410.3766675X-RAY DIFFRACTION18
2.72-2.820.431680.35741163X-RAY DIFFRACTION31
2.82-2.930.3641130.35151895X-RAY DIFFRACTION51
2.93-3.070.36391900.33333219X-RAY DIFFRACTION87
3.07-3.230.30642210.31083735X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.430.29752180.27943691X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.70.2882190.25153693X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.070.23412190.22433706X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.660.22162220.19343730X-RAY DIFFRACTION100
4.66-5.860.23292200.20133734X-RAY DIFFRACTION100
5.86-46.640.19972240.1923784X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6345-0.38950.24693.5636-1.61816.9227-0.09220.4145-0.07810.06910.005-0.12950.22011.01040.01890.2299-0.03550.00620.436-0.06640.328438.820214.937841.8977
23.7041-0.29270.56961.4518-0.08632.7972-0.17130.13270.3380.00180.0582-0.0048-0.4190.15590.05850.355-0.0684-0.06870.13220.04170.158714.403518.301912.9981
30.40680.30070.38870.22530.35310.71010.0749-0.13410.2933-0.2072-1.08921.4245-0.7284-2.37250.33510.92210.72840.0731.961-0.74030.8331-13.959826.078154.1124
40.6535-0.7286-0.24592.22373.07456.28760.1311-0.38150.0684-0.2985-0.57430.1227-0.1593-1.75910.24270.42080.0221-0.01450.8826-0.08980.3441-4.550814.507143.9889
53.70550.98530.5141.3310.36852.1734-0.0126-0.0814-0.11040.073-0.05830.04910.0877-0.34230.06210.26830.02310.00090.1917-0.04640.124617.770316.890775.3382
61.55440.0664-0.49580.73870.68643.75670.7611-0.6318-0.40471.1790.2165-0.65770.30870.5941-0.8480.9859-0.0835-0.38380.368-0.05630.39543.19392.601287.8594
72.00024.95898.25662.96362.92948.33450.65773.2854-3.7283-0.63781.27110.03531.13771.1197-1.82920.4446-0.0803-0.16911.1488-0.22311.104663.01916.8108115.6953
83.0299-0.7479-0.23043.0179-0.19120.03940.2803-0.37810.46460.3192-0.275-0.1980.98520.876-0.05950.83810.1652-0.08610.7899-0.06290.76345.48192.96596.8382
91.6617-1.181-0.58981.96370.1550.9812-0.2582-0.069-0.47480.4709-0.14470.4620.6052-0.1376-0.33480.6040.10120.20.1439-0.13940.264126.29220.744468.5865
101.84040.2856-2.23570.0431-0.34662.71620.2566-0.44460.4237-0.00881.1574-0.4503-0.5820.5537-1.28222.79570.2664-0.62541.2384-0.22522.0059-11.58923.3029-1.0568
114.84933.31733.69662.27782.53262.8206-0.40510.3449-2.63990.47670.60630.44650.31980.1802-0.26912.35230.073-0.08592.0871-0.14021.8384-14.23131.2225-7.9949
120.383-0.11960.14780.1426-0.14060.14230.6341-0.9625-0.2168-0.71420.15570.5611.5673-0.5627-0.74052.1228-0.06370.34853.0251-0.48812.2366-4.80571.772916.3842
134.29370.2513-3.67757.78090.65415.1464-0.2107-0.77620.08670.20950.26960.062-0.0613-0.486-0.00171.1164-0.0481-0.21780.84770.37110.770312.71097.536626.5628
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 62 through 285 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 286 through 602 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 63 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 119 through 285 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 286 through 602 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 13 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 2 through 6 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 7 through 16 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 17 through 25 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'P' and (resid 1 through 13 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'Q' and (resid 7 through 16 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'Q' and (resid 17 through 21 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'Q' and (resid 22 through 25 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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