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- PDB-8yrl: Crystal structure of Aspergillus fumigatus Galactofuranosylransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yrl
タイトルCrystal structure of Aspergillus fumigatus Galactofuranosylransferase (AfGfsA) in complex with UDP and galactofuranose
要素Glycosyltransferase family 31 protein
キーワードTRANSFERASE / Galactofuranosylransferase galactofuranose
機能・相同性Protein of unknown function DUF604 / Protein of unknown function, DUF604 / membrane / beta-D-galactofuranose / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosyltransferase family 31 protein
機能・相同性情報
生物種Aspergillus fumigatus CEA10 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Okuno, A. / Oka, T. / Chihara, Y. / Hirata, R. / Kadooka, C. / Teramoto, T. / Hira, D. / Kakuta, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Pnas Nexus / 年: 2024
タイトル: Substrate binding and catalytic mechanism of UDP-alpha-D-galactofuranose: beta-galactofuranoside beta-(1→5)-galactofuranosyltransferase GfsA.
著者: Oka, T. / Okuno, A. / Hira, D. / Teramoto, T. / Chihara, Y. / Hirata, R. / Kadooka, C. / Kakuta, Y.
履歴
登録2024年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase family 31 protein
B: Glycosyltransferase family 31 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,95819
ポリマ－112,6662
非ポリマー2,29217
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8330 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area36300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.142, 188.606, 71.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Glycosyltransferase family 31 protein


分子量: 56333.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus CEA10 (カビ) / 株: CEA10 / 遺伝子: AFUB_096220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0YDN6
#5: 糖 ChemComp-GZL / beta-D-galactofuranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalfbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 333分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 28% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→47.34 Å / Num. obs: 47069 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. unique obs: 4542 / CC1/2: 0.927 / Rsym value: 0.666

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.37→47.34 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2682 2410 5.12 %
Rwork0.2059 --
obs0.209 47026 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→47.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7402 0 142 318 7862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5562877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031368
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.420.37271170.31512495X-RAY DIFFRACTION96
2.42-2.470.35071420.28192602X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.530.31541600.26952563X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.590.37261420.26612584X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.660.3141610.24892595X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.740.33611550.25622574X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.830.2651520.23982600X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.930.36471380.24342593X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.050.34041350.24922635X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.190.3111290.23172606X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.360.29621500.22542643X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.570.27761330.22472614X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.840.26661550.19792628X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.230.221390.17052656X-RAY DIFFRACTION100
4.23-4.840.19541090.15392700X-RAY DIFFRACTION100
4.84-6.10.22221410.17232717X-RAY DIFFRACTION100
6.1-47.340.22411520.1772811X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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