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万見
- PDB-8yra: The Cyro-EM Structure of human SLC26A3 with specific inhibitor DR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yra
タイトルThe Cyro-EM Structure of human SLC26A3 with specific inhibitor DRAinh-A250
要素Chloride anion exchanger
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Chloride anion exchanger
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC26A3 causes congenital secretory chloride diarrhea 1 (DIAR1) / Inorganic anion exchange by SLC26 transporters / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / sulfate transmembrane transport / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / intracellular pH elevation / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transmembrane transporter activity ...Defective SLC26A3 causes congenital secretory chloride diarrhea 1 (DIAR1) / Inorganic anion exchange by SLC26 transporters / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / sulfate transmembrane transport / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / intracellular pH elevation / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transport / membrane hyperpolarization / chloride transmembrane transporter activity / sperm capacitation / monoatomic ion transport / sperm midpiece / chloride transmembrane transport / cellular response to cAMP / brush border membrane / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sulphate anion transporter, conserved site / SLC26A transporters signature. / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Chloride anion exchanger
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Feng, J.R. / Dang, S.
資金援助 香港, 5件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)GRF16103321 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)GRF16102822 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)GRF16100223 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)C6001-21EF 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)C6012-22GF 香港
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Insights into the Inhibition Mechanism of Human DRA
著者: Feng, J.R. / Dang, S.
履歴
登録2024年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride anion exchanger
B: Chloride anion exchanger
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,91112
ポリマ－169,1832
非ポリマー4,72810
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Chloride anion exchanger / Down-regulated in adenoma / Protein DRA / Solute carrier family 26 member 3


分子量: 84591.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC26A3, DRA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40879
#2: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE


分子量: 486.726 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1LZR / 2-[7-[(3-bromophenyl)methoxy]-4,8-dimethyl-2-oxidanylidene-chromen-3-yl]ethanoic acid


分子量: 417.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17BrO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The Cyo-EM structure of human SLC26A3 transporter with inhibitor DRAinh-A250
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.0845 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25 mM Tris-HCl,150 mM NaCl,0.005% GDN
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
225 mMTris(hydroxymethyl)aminomethaneTris-HCl1
30.005 %glyco-diosgeninGDN1
450 uMDRAinh-A250DRAinh-A2501
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.5 sec. / 電子線照射量: 50.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2452
詳細: Images were collected in movie-mode containing 40 frames.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatchv0.56粒子像選択
2EPU2.10.0画像取得
4Gctfv1.18CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10Cootモデル精密化
11cryoSPARCv3.0.1初期オイラー角割当
12cryoSPARCv2.15.0初期オイラー角割当
13cryoSPARCv3.0.1最終オイラー角割当
14cryoSPARCv2.15.0最終オイラー角割当
16cryoSPARCv3.0.1３次元再構成
17cryoSPARCv2.15.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 218752 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築Accession code: AF-P40879 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00311570
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5615752
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.6471610
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411876
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031918

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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