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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yqq | ||||||
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タイトル | Structure of HKU1B RBD with TMPRSS2 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / HKU1B / RBD / TMPRSS2 / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell ...transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candidatus Accumulibacter adiacens (バクテリア) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å | ||||||
データ登録者 | Gao, X. / Cui, S. / Ding, W. / Zhu, K. / Shang, K. / Zhu, H. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: Structural basis for the interaction between human coronavirus HKU1 spike receptor binding domain and its receptor TMPRSS2. 著者: Xiaopan Gao / Kaixiang Zhu / Lin Wang / Kun Shang / Lei Hua / Bo Qin / Hongtao Zhu / Wei Ding / Sheng Cui / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8yqq.cif.gz | 129.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8yqq.ent.gz | 100.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8yqq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8yqq_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8yqq_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8yqq_validation.xml.gz | 37.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8yqq_validation.cif.gz | 54.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/8yqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/8yqq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 39502MC 8yoyC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31703.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sequence reference for Candidatus Accumulibacter adiacens (2954378) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID Q0ZME7. 由来: (組換発現) Candidatus Accumulibacter adiacens (バクテリア) 遺伝子: S, 3 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: Q0ZME7 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 42381.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: O15393, transmembrane protease serine 2 | ||
#3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HKU1B-RBD with TMPRSS2 receptor / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 709482 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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