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- PDB-8ypt: Cryo-EM structure of BfUbb-ButCD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ypt
タイトルCryo-EM structure of BfUbb-ButCD complex
要素
  • Membrane protein
  • TonB-linked outer membrane protein
  • Ubiquitin-like protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter / TonB-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane protein / : / :
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Xu, J.H. / Chen, Z. / Gao, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A highly conserved SusCD transporter determines the import and species-specific antagonism of Bacteroides ubiquitin homologues.
著者: Ming Tong / Jinghua Xu / Weixun Li / Kun Jiang / Yan Yang / Zhe Chen / Xuyao Jiao / Xiangfeng Meng / Mingyu Wang / Jie Hong / Hongan Long / Shuang-Jiang Liu / Bentley Lim / Xiang Gao /
要旨: Efficient interbacterial competitions and diverse defensive strategies employed by various bacteria play a crucial role in acquiring a hold within a dense microbial community. The gut symbiont ...Efficient interbacterial competitions and diverse defensive strategies employed by various bacteria play a crucial role in acquiring a hold within a dense microbial community. The gut symbiont Bacteroides fragilis secretes an antimicrobial ubiquitin homologue (BfUbb) that targets an essential periplasmic PPIase to drive intraspecies bacterial competition. However, the mechanisms by which BfUbb enters the periplasm and its potential for interspecies antagonism remain poorly understood. Here, we employ transposon mutagenesis and identify a highly conserved TonB-dependent transporter SusCD (designated as ButCD) in B. fragilis as the BfUbb transporter. As a putative protein-related nutrient utilization system, ButCD is widely distributed across diverse Bacteroides species with varying sequence similarity, resulting in distinct import efficiency of Bacteroides ubiquitin homologues (BUbb) and thereby determining the species-specific toxicity of BUbb. Cryo-EM structural and functional investigations of the BfUbb-ButCD complex uncover distinctive structural features of ButC that are crucial for its targeting by BfUbb. Animal studies further demonstrate the specific and efficient elimination of enterotoxigenic B. fragilis (ETBF) in the murine gut by BfUbb, suggesting its potential as a therapeutic against ETBF-associated inflammatory bowel disease and colorectal cancer. Our findings provide a comprehensive elucidation of the species-specific toxicity exhibited by BUbb and explore its potential applications.
履歴
登録2024年3月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein
B: Membrane protein
C: TonB-linked outer membrane protein
D: TonB-linked outer membrane protein
E: Ubiquitin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)327,1405
ポリマ－327,1405
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Membrane protein / Starch-binding associating with outer membrane


分子量: 48007.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides fragilis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2M9UVJ9
#2: タンパク質 TonB-linked outer membrane protein


分子量: 111167.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides fragilis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A3E5IFP1
#3: タンパク質 Ubiquitin-like protein


分子量: 8791.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: O1404_18505 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A9Q4J272
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ButCD-BfUbb complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 298613 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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