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- EMDB-39494: Cryo-EM structure of ButCD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39494
タイトルCryo-EM structure of ButCD complex
マップデータ
試料
  • 複合体: ButCD complex
    • タンパク質・ペプチド: Membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: SusC/RagA family TonB-linked outer membrane protein
キーワードtransporter / TonB-dependent / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
CarboxypepD_reg-like domain / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like ...CarboxypepD_reg-like domain / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane protein / SusC/RagA family TonB-linked outer membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Xu JH / Chen Z / Gao X
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A highly conserved SusCD transporter determines the import and species-specific antagonism of Bacteroides ubiquitin homologues.
著者: Ming Tong / Jinghua Xu / Weixun Li / Kun Jiang / Yan Yang / Zhe Chen / Xuyao Jiao / Xiangfeng Meng / Mingyu Wang / Jie Hong / Hongan Long / Shuang-Jiang Liu / Bentley Lim / Xiang Gao /
要旨: Efficient interbacterial competitions and diverse defensive strategies employed by various bacteria play a crucial role in acquiring a hold within a dense microbial community. The gut symbiont ...Efficient interbacterial competitions and diverse defensive strategies employed by various bacteria play a crucial role in acquiring a hold within a dense microbial community. The gut symbiont Bacteroides fragilis secretes an antimicrobial ubiquitin homologue (BfUbb) that targets an essential periplasmic PPIase to drive intraspecies bacterial competition. However, the mechanisms by which BfUbb enters the periplasm and its potential for interspecies antagonism remain poorly understood. Here, we employ transposon mutagenesis and identify a highly conserved TonB-dependent transporter SusCD (designated as ButCD) in B. fragilis as the BfUbb transporter. As a putative protein-related nutrient utilization system, ButCD is widely distributed across diverse Bacteroides species with varying sequence similarity, resulting in distinct import efficiency of Bacteroides ubiquitin homologues (BUbb) and thereby determining the species-specific toxicity of BUbb. Cryo-EM structural and functional investigations of the BfUbb-ButCD complex uncover distinctive structural features of ButC that are crucial for its targeting by BfUbb. Animal studies further demonstrate the specific and efficient elimination of enterotoxigenic B. fragilis (ETBF) in the murine gut by BfUbb, suggesting its potential as a therapeutic against ETBF-associated inflammatory bowel disease and colorectal cancer. Our findings provide a comprehensive elucidation of the species-specific toxicity exhibited by BUbb and explore its potential applications.
履歴
登録2024年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39494.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39494.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.18 Å/pix.
x 300 pix.
= 354. Å		1.18 Å/pix.
x 300 pix.
= 354. Å		1.18 Å/pix.
x 300 pix.
= 354. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-10.773016 - 14.9001255
平均 (標準偏差)0.00086447893 (±0.33211267)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 353.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ButCD complex

全体名称: ButCD complex
要素
  • 複合体: ButCD complex
    • タンパク質・ペプチド: Membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: SusC/RagA family TonB-linked outer membrane protein

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超分子 #1: ButCD complex

超分子名称: ButCD complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)

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分子 #1: Membrane protein

分子名称: Membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 48.007312 KDa
配列文字列: CDSYLDIRPV GSVIPQTAEE YRALLARAYL NVPNDRGLAC LRSDEMLVND NEYDRNSYGD IERWNDVSPF PGTSQFTWSN FYNVLFIAN QVIESQKEIT EGTPEVVNQL VGEAHLLRAY LHFVLVNLHG QPYTKSGALN SKSIPLKLDT DLEKTLGRNT V EEVYTSIL ...文字列:
CDSYLDIRPV GSVIPQTAEE YRALLARAYL NVPNDRGLAC LRSDEMLVND NEYDRNSYGD IERWNDVSPF PGTSQFTWSN FYNVLFIAN QVIESQKEIT EGTPEVVNQL VGEAHLLRAY LHFVLVNLHG QPYTKSGALN SKSIPLKLDT DLEKTLGRNT V EEVYTSIL SDIEHARELI NKEKWETVFS YRFNVLSVDA LQSRVSLYMG AWPKCLESAE AVLAKKSVLV DMNETPLALP NH FESVESI TALEQVMGSS VNNAVWVPAT FLALYQEGDK RLAAYFAAPD ENGNRKSSKG GKREFSCTFR VGELYLNAAE AAA NMDKLP HARMRLLELM RKRYTPEAYA KKENAVNVMD KNALISEILN ERARELAFEG HRWFDLRRTT RPRMVKVLQG KTYI LEQDD PRYTIPIPRD AIAANPGL

UniProtKB: Membrane protein

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分子 #2: SusC/RagA family TonB-linked outer membrane protein

分子名称: SusC/RagA family TonB-linked outer membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 111.314523 KDa
配列文字列: DAVVVTGYQT VERRKLTAAV GKLNISDETI GAVKSIDQAL AGQIAGLSVT STSGAPGAPA KIRIRGTSSL NGTQDPLWVL DGIPLEGTD VPQSNVLNDV SNIQQSSIAG LNPADIENIT VLKDAAATAI YGARAANGVI VITTKKGKVG KPVINFSSKF T YMPTLSTN ...文字列:
DAVVVTGYQT VERRKLTAAV GKLNISDETI GAVKSIDQAL AGQIAGLSVT STSGAPGAPA KIRIRGTSSL NGTQDPLWVL DGIPLEGTD VPQSNVLNDV SNIQQSSIAG LNPADIENIT VLKDAAATAI YGARAANGVI VITTKKGKVG KPVINFSSKF T YMPTLSTN RLNMLNSQEK VDLELELLRS NFAYGDNKGG VSKIISGYGL TDAYKKGGWS ALTPEAQTDI SRLRNTETDW GD ILFRDAF NQEYSLSLSG GNERVTYYTS IGYYQENGNV KGVGLDRLNI VAKTSYKVNR MLKFGVSLFV NRRNNKTYLT DTY GLVNPV YYSRKANPYY QPFDANGNYV YDFDVQNNSD TDLGFNIFEE RKNTSNEETI NALSSIFDAE LRFNDKLKFT TQLG LQLDK ASKEQIADKE SFSMRIIRKN SKYWDSASQS NKYFIPDGGV HKAYENTNSQ ITWKAMGEYR DSFNDIHELE VMVGT ELRK TWYETLFSAG YGFDRQTLTT KPVVFPDEDR ARQFPLHQKT YKENAYVSFF STASYSLMNR YTFGGSIRFD GSDLFG VDK KYRYLPLYSV SGLWRLSNEP FMQGTRKWMD NLAFRVSYGI QGNIDKNTSP FLLGKYIVDN ILPGGSEHMI DINSAPN KK LRWEKTQSVN VGLDFSVLNQ ALNLSVDYYY RKGTDLIGKQ MLPLETGFVS TNINWASMVN KGVEVSLSTR NVATKNFS W YTNLNFAYNN NKVLREAIPE AQTIPGREGY PVDAIFAIKT AGLDEEGYPL FYDKEGKKVT LKELYRLQDP FGLGFTVNS DVTPAEERSF YSYIGSQDTP YTGGLINTFS YKNWELTANL SFNLGGYVRT TPSYNFINFD RGQNVNSDIL DRWTPENTDG RLPALITSE KRADEYYWYD QKSEIYKNLD IWVKKLNYFR LQNLRLGYRL PEKMTKSLGM GSASVAIEGR NLLVFGSSYK N FLDPESMY NPYAPPIPKS ITFSLNLNF

UniProtKB: SusC/RagA family TonB-linked outer membrane protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 619121
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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