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- PDB-8yo6: Crystal structure of CagT from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yo6
タイトルCrystal structure of CagT from Helicobacter pylori
要素Cag pathogenicity island protein T
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Type IV secretion system / Helicobacter pylori
機能・相同性Cag pathogenicity island protein Cag12 / Cag pathogenicity island protein Cag12 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Cag pathogenicity island protein T
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Mok, C.Y. / Au, S.W.N.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)14121619 香港
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the assembly pathway of the Helicobacter pylori CagT4SS outer membrane core complex.
著者: Mok, C.Y. / Chu, H.Y. / Lam, W.W.L. / Au, S.W.N.
履歴
登録2024年3月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cag pathogenicity island protein T
B: Cag pathogenicity island protein T


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5092
ポリマ－27,5092
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Analytical ultracentrifugation confirms the molecule exists in monomeric form, however, it exists as a dimer per asymmetric unit in the crystal.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.090, 86.250, 105.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 58 through 65 or resid 67...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 58 through 65 or resid 67...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ASPASPVALVALAA58 - 6512 - 19
d_12LEULEUTYRTYRAA67 - 7021 - 24
d_13ASPASPVALVALAA72 - 8726 - 41
d_14HISHISGLYGLYAA89 - 11343 - 67
d_15SERSERLEULEUAA116 - 12670 - 80
d_16GLYGLYTYRTYRAA130 - 13884 - 92
d_21ASPASPVALVALBB58 - 6512 - 19
d_22LEULEUTYRTYRBB67 - 7021 - 24
d_23ASPASPVALVALBB72 - 8726 - 41
d_24HISHISGLYGLYBB89 - 11343 - 67
d_25SERSERLEULEUBB116 - 12670 - 80
d_26GLYGLYTYRTYRBB130 - 13884 - 92

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.936015393294, 0.282499594493, -0.209926564846), (0.278097721412, -0.959206651141, -0.0508355953342), (-0.215723992319, -0.0107971995875, -0.976394684346)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.936015393294, 0.282499594493, -0.209926564846), (0.278097721412, -0.959206651141, -0.0508355953342), (-0.215723992319, -0.0107971995875, -0.976394684346)
ベクター: -3.92812416621, 47.5839454473, 25.9027265091)

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要素

#1: タンパク質 Cag pathogenicity island protein T


分子量: 13754.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌)
株: G27 / 遺伝子: cagT, HPG27_491 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5Z6Q4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus III F1 condition 0.6% antibiotics mix, 0.1M buffer system 1, 30% v/v precipitant mix 1, 1% 1,4-dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→33.83 Å / Num. obs: 17417 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 23.44 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1210 / CC1/2: 0.684 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→29.05 Å / SU ML: 0.1889 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.926
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 810 4.65 %
Rwork0.1919 16593 -
obs0.1937 17403 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1342 0 0 123 1465
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00781370
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86641850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0617208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5967176
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.978463879405 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.070.26981290.25142725X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.230.3031330.22832736X-RAY DIFFRACTION99.9
2.23-2.460.23211350.20452754X-RAY DIFFRACTION99.9
2.46-2.810.20571350.20132740X-RAY DIFFRACTION99.9
2.81-3.540.24331480.18862776X-RAY DIFFRACTION99.66
3.54-29.050.20121300.16592862X-RAY DIFFRACTION98.29
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.387347554251.730745181192.452648780033.856317918181.160639849297.3286753499-0.0837891876646-0.1660857025850.00500317900430.44557081691-0.00455556919370.0900695913024-0.1135169824760.002326254569780.2777552990480.1483587549480.01900193438470.04253119664390.06950140144190.02832385963690.17938238546414.252890725228.41265222358.52460342275
26.495186194822.206195394281.017694559728.342567107514.523186800626.75115651057-0.0173380270010.227008671814-0.2106923214880.101418562373-0.1466211851650.6266716494170.223282575546-0.1949988390310.09074001355690.08546826326250.0259683176315-0.01764551416360.1617592128470.002383869202060.2423386032726.2377707070625.2214123804-0.455774924341
37.6426677867-1.58756410122-0.8082914141284.424073091390.9048965997293.86682740080.05492108157540.04616275630.244755564367-0.029659785182-0.01948604669020.229813749138-0.0841570267160.0247844453353-0.03987268175890.111193342609-0.006631540515640.003349906961020.08593979717180.03608009262430.16528229710613.450224846934.8294018554-2.32701503779
48.452403951-0.123543679039-3.916475740352.6995992851-2.013203906843.42851318463-0.2141356368590.305417923759-0.634821163663-0.06394472621-0.0821108745491-0.05861933254220.1284150488370.06896478792390.08212140194070.09596466391950.0052334532948-0.006821466234690.140346984873-0.004849581637520.18491561651919.560082105828.28318369740.25240002396
54.75182419729-2.39587537654-1.712556486972.20944769516-0.1652699742011.66729090092-0.07855694299050.272863660821-1.82044603334-0.350418175232-0.2751042703321.366376604942.36903349677-1.107938373730.1379782326370.482267529071-0.106947808988-0.020065181890.18905740506-0.02764238479880.56589909416512.624489888516.76768145125.29786708993
69.08711966517-1.27741253695-1.309082285388.331083981535.617799945847.430784311220.0904813213325-0.623150829580.2286225691311.148282726180.575975196415-0.4774753132820.484559666052-0.118576079481-0.5389192013910.302452173460.051643766157-1.02589283306E-50.2485080163460.1076602723650.22241954217417.754134860328.600895343819.7417198862
70.8143420393210.05400230574950.5364975380980.192725049623-0.288960553150.918667362840.0855130647793-0.6831538876770.1963934842710.450787926946-0.01003574745260.162787452585-0.66544930670.262633297739-0.420230508661.293797478890.2278671803210.5510123623820.669583655810.07851124054140.1103613154111.190137923329.108946700231.2728373433
87.36372368758-2.52497827242-6.115788453998.085747464940.2358801192038.36316106741-0.08784236753040.359828508646-0.2288999175130.3727521575180.5217593821182.01074345891-0.198532153039-1.44706939876-0.1727035998610.386375105353-0.01684703049170.1468081639670.4870101672390.2007588302420.469231129437.9416994334522.962569137920.5609986038
96.962481164994.078374151913.89104395294.542762961224.990574459565.679993059130.245144832515-0.562232274269-0.8131660664610.996311439064-0.0237748009114-0.736722156580.9362244766710.445907902927-0.3626207241730.4268022967410.052075686664-0.01093675474010.3191694671690.1498431734420.37403016706121.264900383620.140726164620.5940725076
104.242578084760.324824751027-1.203701096555.93933564249-0.5583023700883.64508120118-0.182031105153-1.12019692654-0.4153853998781.400039253460.1524189990640.001460679899730.4955144473610.2078874744440.01228115246520.6239589306770.00766820650949-0.03238164199680.6061210972170.2403403297140.27679213756917.997619368320.076599866630.0442300973
117.0511372835-0.908442783767-2.887824577941.103042069422.991544027828.132519011810.3091837375910.34434931596-0.7110524704410.91538308087-0.181121571343-0.1651838182671.2140718792-0.9682634428660.2481940635680.729082609035-0.1034186510030.1585705889380.5523254379660.3254207861740.88951719464212.996980546710.905758474922.5185080883
122.853458981450.8297730334782.714698818270.2344972009790.6999569131758.14925213158-0.2225235334610.3735161928190.406732492449-0.00587374539361-0.0214717577924-0.610603956291-0.2621061904130.8508433135170.169473421420.3876598229590.0812509652278-0.09060193977660.5061658899040.2258137319530.65370527129926.295063561424.057081046124.9088524972
137.438571505013.800871026233.900673214634.411424129325.199794090376.24851639086-0.127666758168-0.0866784532522-0.4699802631610.2897487470850.3162451172640.3036448226130.3903016713180.522764701935-0.104585958750.298743961421-0.00184782802519-0.0163763662810.196924620290.1003855304510.28563172349718.927243595521.516769951315.6363385227
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 57 through 69 )AA57 - 691 - 13
22chain 'A' and (resid 70 through 89 )AA70 - 8914 - 33
33chain 'A' and (resid 90 through 124 )AA90 - 12434 - 68
44chain 'A' and (resid 125 through 138 )AA125 - 13869 - 82
55chain 'B' and (resid 57 through 61 )BB57 - 611 - 5
66chain 'B' and (resid 62 through 69 )BB62 - 696 - 13
77chain 'B' and (resid 70 through 76 )BB70 - 7614 - 20
88chain 'B' and (resid 77 through 89 )BB77 - 8921 - 33
99chain 'B' and (resid 90 through 98 )BB90 - 9834 - 42
1010chain 'B' and (resid 99 through 111 )BB99 - 11143 - 55
1111chain 'B' and (resid 112 through 118 )BB112 - 11856 - 62
1212chain 'B' and (resid 119 through 130 )BB119 - 13063 - 74
1313chain 'B' and (resid 131 through 138 )BB131 - 13875 - 82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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