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万見
- PDB-8ynx: Crystal structure of Cag3-CagT complex from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ynx
タイトルCrystal structure of Cag3-CagT complex from Helicobacter pylori
要素
  • Cag pathogenicity island protein 3
  • Cag pathogenicity island protein T
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Type IV secretion system / Helicobacter pylori
機能・相同性Cag pathogenicity island protein Cag12 / Cag pathogenicity island protein Cag12 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Cag pathogenicity island protein 3 / Cag pathogenicity island protein T
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Mok, C.Y. / Au, S.W.N.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)14121619 香港
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the assembly pathway of the Helicobacter pylori CagT4SS outer membrane core complex.
著者: Mok, C.Y. / Chu, H.Y. / Lam, W.W.L. / Au, S.W.N.
履歴
登録2024年3月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cag pathogenicity island protein 3
B: Cag pathogenicity island protein T


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4472
ポリマ－38,4472
非ポリマー00
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.621, 112.621, 128.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-309-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cag pathogenicity island protein 3


分子量: 24692.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌)
株: G27 / 遺伝子: cag3, HPG27_481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5Z6P5
#2: タンパク質 Cag pathogenicity island protein T


分子量: 13754.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌)
株: G27 / 遺伝子: cagT, HPG27_491 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5Z6Q4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus I A10 0.06M divalents mix, 0.1M buffer system 3, 30% v/v precipitant mix 2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→29.13 Å / Num. obs: 13523 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 67.82 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.25→3.37 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1313 / CC1/2: 0.748 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→29.13 Å / SU ML: 0.3223 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.5993
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 664 5 %
Rwork0.1744 12604 -
obs0.1759 13268 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→29.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2038 0 0 22 2060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01122080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15552812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0609308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.429271
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.50.24431250.23612371X-RAY DIFFRACTION94.47
3.5-3.850.25641310.19812489X-RAY DIFFRACTION98.98
3.85-4.40.18941330.17142527X-RAY DIFFRACTION99.18
4.41-5.540.18711350.14542560X-RAY DIFFRACTION99.45
5.54-29.130.18921400.16592657X-RAY DIFFRACTION97.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.00048622542-3.12978519717-3.046961188935.112511609410.7528549823439.28785266459-0.05670095166490.345271433366-0.458833533106-0.171542097847-0.520806693327-0.7443760080.738899137960.6225327700540.4915132218730.5624695032910.1974035720270.1446450314920.5926775752950.1866386612150.68532583372934.6384608119-11.396481839119.6248734178
22.73307982923-3.571994696950.9749810297377.7035550852-4.51932008015.247196155030.1062428073230.602877973495-0.528100928149-1.52311833572-0.9182847006240.1056955263121.447698308711.485680867870.6347804553240.9942227948220.006122362128520.09795994935680.7531671922610.05191855360190.56050733387528.1649048687-1.58555196297.25205421169
32.52069560437-1.24240193676-1.279036740068.20846737957-6.878097539987.92696893953-0.0413941989123-0.006777473283380.2900402740820.2338139959840.2488206111730.538117648612-0.0588782985193-0.07411874996-0.1581975217140.35369185764-0.0106285047575-0.0007986775738220.389552113799-0.0333437089760.37253350896421.23858637386.7805011435113.1814364995
47.32269327842-0.911315465925-1.098381294245.02760746642-4.246276173843.94676668930.2056779318890.1064300125770.223723202433-0.615806574013-0.0878727228434-0.121498868498-0.173902381584-0.361571234729-0.1494137808590.52548717976-0.0840495063748-0.01951887421230.3856840941890.01330454455390.26158833453815.4323753583-8.6783372661725.0088531667
57.579913779956.1547730729-0.6121963138886.612817774282.026213601394.21252335476-0.417357060242-0.582922723721-0.704029262546-0.101723476683-0.1543308951640.03940900736270.348082864278-0.1271828158360.4020521367630.8470446468720.1767971827030.09150473131180.4568944413010.1754107302540.81078588210123.9263911119-23.289277095423.7788010532
62.3510159994-2.297676907122.256650708442.32334576041-2.452955026847.46589875652-0.0494145327185-1.77803560064-1.11508174950.995628889455-0.371406761365-0.94767301618-0.183001950280.9707739556140.3441763324250.910833214742-0.00534100109181-0.03510800514260.8927036833010.08694144167240.88066535033630.4750515218-11.418055527133.4215723585
70.3219235680320.2530249286461.164127141720.34214157110.9634452897924.29275104639-0.566069074956-0.157159915834-0.145715012047-0.600440160421-1.079559916711.38461568454-2.99713203838-0.00843750315791.827799975212.04322907656-0.160226438378-0.4427460214370.8716478534460.06227799599481.2065482614123.105503754-6.962870314216.16529228468
83.299636684770.404420697673-1.222209477855.75217623156-4.398914818013.86154051770.1455442713240.1312100509970.257995353755-0.2868515203580.0521180472696-0.1518000915160.180240788446-0.304956881753-0.181851569820.490938088636-0.0616220988499-0.03081755090050.309811955874-0.02655619194610.41227233746420.39175992251.6724198692315.3563477936
99.638422573793.40319356490.5388876926174.78939177304-1.66249478138.526412263310.3412546001950.02382836358460.228645364863-0.2396793207970.0478560967981-0.3420043951820.3006667137630.657639644315-0.3991748171070.439154530878-0.01138808981390.02742326608880.3821357621230.03749421371950.37744840856628.564025163217.6152145256.67941000417
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 57 through 83 )AA57 - 831 - 27
22chain 'A' and (resid 84 through 103 )AA84 - 10328 - 47
33chain 'A' and (resid 104 through 133 )AA104 - 13348 - 77
44chain 'A' and (resid 134 through 199 )AA134 - 19978 - 128
55chain 'A' and (resid 200 through 217 )AA200 - 217129 - 146
66chain 'A' and (resid 218 through 232 )AA218 - 232147 - 161
77chain 'B' and (resid 52 through 56 )BB52 - 561 - 5
88chain 'B' and (resid 57 through 91 )BB57 - 916 - 40
99chain 'B' and (resid 92 through 139 )BB92 - 13941 - 88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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