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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ylt | ||||||
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タイトル | The structure of DSR2 and NAD+ complex | ||||||
要素 | SIR2-like domain-containing protein | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Complex | ||||||
機能・相同性 | SIR2-like domain / SIR2-like domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / SIR2-like domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. natto (納豆菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, J. / Yang, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2024 タイトル: Structural insights into autoinhibition and activation of defense-associated sirtuin protein. 著者: Xu Yang / Yiqun Wang / Jianting Zheng / 要旨: Bacterial defense-associated sirtuin 2 (DSR2) proteins harbor an N-terminal sirtuin (SIR2) domain degrading NAD. DSR2 from Bacillus subtilis 29R is autoinhibited and unable to hydrolyze NAD in the ...Bacterial defense-associated sirtuin 2 (DSR2) proteins harbor an N-terminal sirtuin (SIR2) domain degrading NAD. DSR2 from Bacillus subtilis 29R is autoinhibited and unable to hydrolyze NAD in the absence of phage infection. A tail tube protein (TTP) of phage SPR activates the DSR2 while a DSR2-inhibiting protein of phage SPbeta, known as DSAD1 (DSR anti-defense 1), inactivates the DSR2. Although DSR2 structures in complexed with TTP and DSAD1, respectively, have been reported recently, the autoinhibition and activation mechanisms remain incompletely understood. Here, we present cryo-electron microscopy structures of the DSR2-NAD complex in autoinhibited state and the in vitro assembled DSR2-TFD (TTP tube-forming domain) complex in activated state. The DSR2-NAD complex reveals that the autoinhibited DSR2 assembles into an inactive tetramer, binding NAD through a distinct pocket situated outside active site. Binding of TFD into cavities within the sensor domains of DSR2 triggers a conformational change in SIR2 regions, activating its NADase activity, whereas the TTP β-sandwich domain (BSD) is flexible and does not contribute to the activation process. The activated form of DSR2 exists as tetramers and dimers, with the tetramers exhibiting more NADase activity. Overall, our results extend the current understanding of autoinhibition and activation of DSR2 immune proteins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ylt.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ylt.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8ylt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ylt_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ylt_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ylt_validation.xml.gz | 113 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ylt_validation.cif.gz | 173.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/8ylt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/8ylt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 39390MC 8ykfC 8yl5C 8ylnC 8z18C 8ztrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 118635.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. natto (strain BEST195) (納豆菌) 遺伝子: BSNT_07056 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D4G637 #2: 化合物 | ChemComp-NAD / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: the complex of DSR2 with NAD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis subsp. natto (strain BEST195) (納豆菌) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 259267 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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