PDB-8yll: Crystal structure of Burkholderia thailandensis MftR in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yll

タイトル

Crystal structure of Burkholderia thailandensis MftR in complex with xanthine

要素

MarR family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor

機能・相同性

XANTHINE / :

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Song, W.S. / Yoon, S.I.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural basis of transcriptional regulation by UrtR in response to uric acid.
著者: Song, W.S. / Ki, D.U. / Cho, H.Y. / Kwon, O.H. / Cho, H. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2024年3月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yll.cif.gz	86.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yll.ent.gz	54.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yll.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/8yll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/8yll	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ylfSC 8ylgC 8ylhC 8yliC 8yljC 8ylkC 8ylmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MarR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MarR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

A: MarR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.462, 62.462, 77.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	MarR family transcriptional regulator 分子量: 18337.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 遺伝子: A8H32_16025 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N8QSC4
#2: 化合物	ChemComp-XAN / XANTHINE / キサンチン分子量: 152.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 16422 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 20.8 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 68.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 20.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 817 / CC_1/2: 0.717 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8YLF

8ylf

解像度: 1.8→28.94 Å / SU ML: 0.2639 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.2872
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2459	801	4.89 %
R_work	0.2227	15565	-
obs	0.2239	16366	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1155	0	11	11	1177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	1182
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7346	1605
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0399	188
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	210
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8084	730

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.92	0.3914	113	0.348	2533	X-RAY DIFFRACTION	99.03
1.92-2.06	0.3336	118	0.2951	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.06-2.27	0.2335	131	0.2466	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.27-2.6	0.2703	153	0.2382	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.6-3.28	0.2514	159	0.2459	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.28-28.94	0.2245	127	0.1954	2699	X-RAY DIFFRACTION	98.16

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.55137307817	-4.68929541822	-4.08803781467	5.83485014766	3.03990316896	5.82669429913	0.227613302963	0.0117529082356	1.22579553062	0.135638381158	0.0543372928169	-0.601860040277	-1.55015830454	-0.886122054341	-0.314473423821	0.728296942444	0.113974837516	0.012076813682	0.371698763889	-0.0718250751302	0.548624466855	7.83950476942	52.5636949537	39.9959139132
2	8.62141101181	-4.51920220908	-4.83849636462	3.78062711254	1.73062898077	5.40417753742	0.185455202944	-0.32337297759	0.329645659737	0.397336789885	-0.288369719659	0.39809346473	-0.476884367889	-0.402637995448	-0.0409478194844	0.404299293875	-0.0199862190129	0.0116871173536	0.307289935717	-0.0118840328384	0.29064986818	15.479276659	45.8585350394	40.551045856
3	8.28066309251	-5.75255968786	-0.544042830328	6.71381507645	3.67864184848	5.48079848748	0.672583327761	1.58359499586	-0.256134141084	0.0174854004256	-0.828306163329	0.0654814828753	0.244572006054	0.297956697135	-0.0642620352734	0.488702921589	0.12778191218	-0.0450566945009	0.583550480687	-0.0770549184478	0.314152551548	25.3861770006	28.1602584621	25.6923972117
4	8.41325958144	-3.67668592607	-0.0555577362986	5.67903064904	1.6909603428	5.38074846144	-0.118467600031	-0.198699434431	0.136783336344	0.324772051759	-0.0393106540293	-0.0655940282462	0.334857518451	0.422508468161	0.0813470672407	0.406128997461	0.0174197097648	0.061120044439	0.489924456666	0.0506285054585	0.295622360953	35.3505581336	23.5049157867	38.0140733239
5	5.34231047699	2.34385258456	-2.15055267722	4.84515642523	2.71017163848	5.98233175342	-0.471589722491	-0.376206066783	-1.20541008621	0.432634137062	-0.208418852447	0.191266536621	1.46218853108	0.0847933867442	0.663923699382	0.823728996717	0.0675888354322	0.206315225228	0.445201348096	0.0824501834796	0.433956821412	31.9038107082	14.0607705868	35.3182562246
6	2.85045593572	-2.16603946476	-0.889495624084	4.99758690064	1.0494152803	2.2626870425	0.377321251514	0.22224131715	0.626696035742	-0.79659894314	0.0136551391327	-0.712450068432	-0.410937058161	0.505153417434	-0.39108877146	0.394496798946	-0.0906815933247	0.107729226076	0.492325198788	0.0434110838006	0.401536838173	33.1658190671	38.2848724921	31.6067797415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 39 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 54 through 85 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 86 through 116 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 117 through 160 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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