PDB-8ylg: Crystal structure of Burkholderia thailandensis MftR in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ylg

タイトル

Crystal structure of Burkholderia thailandensis MftR in complex with operator DNA

要素

(DNA (28-MER)) x 2
MarR family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor

機能・相同性

DNA / DNA (> 10) / :

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Song, W.S. / Yoon, S.I.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural basis of transcriptional regulation by UrtR in response to uric acid.
著者: Song, W.S. / Ki, D.U. / Cho, H.Y. / Kwon, O.H. / Cho, H. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2024年3月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ylg.cif.gz	244.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ylg.ent.gz	158.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ylg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ylg_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ylg_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	8ylg_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	8ylg_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/8ylg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/8ylg	HTTPS FTP

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関連構造データ

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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: MarR family transcriptional regulator

B: MarR family transcriptional regulator

C: DNA (28-MER)

D: DNA (28-MER)

53.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.554, 101.580, 109.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	MarR family transcriptional regulator 分子量: 18337.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 遺伝子: A8H32_16025 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N8QSC4
#2: DNA鎖	DNA (28-MER) 分子量: 8564.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
#3: DNA鎖	DNA (28-MER) 分子量: 8644.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.78 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, sodium cacodylate, calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 65149 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3166 / CC_1/2: 0.687 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in-house Se-SAD model

解像度: 1.8→29.89 Å / SU ML: 0.2257 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.7719
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2198	3368	5.19 %
R_work	0.1966	61544	-
obs	0.1978	64912	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2445	1142	0	300	3887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	3786
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.956	5374
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0495	612
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	511
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.4201	2108

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.83	0.3484	120	0.3123	2520	X-RAY DIFFRACTION	98.95
1.83-1.85	0.376	155	0.304	2505	X-RAY DIFFRACTION	99.14
1.85-1.88	0.3174	132	0.2852	2544	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.88-1.91	0.2952	145	0.2723	2506	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.91-1.95	0.2844	140	0.2513	2523	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.95-1.98	0.2856	137	0.2433	2545	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.98-2.02	0.2691	145	0.2426	2544	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.02-2.06	0.2537	134	0.2252	2538	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.06-2.11	0.2843	145	0.2206	2542	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.11-2.15	0.2447	148	0.2084	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.15-2.21	0.2481	144	0.2047	2544	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.21-2.27	0.2225	146	0.197	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.33	0.1846	144	0.1921	2567	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.33-2.41	0.2257	143	0.2002	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.5	0.2473	128	0.1979	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.5-2.6	0.2446	132	0.2005	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.71	0.2438	149	0.2124	2561	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.71-2.86	0.2234	133	0.2146	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.86-3.04	0.2421	122	0.2123	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.04-3.27	0.2175	149	0.1898	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.27-3.6	0.187	167	0.1762	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.6-4.12	0.175	155	0.1669	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.78
4.12-5.18	0.1776	122	0.1509	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.29
5.18-29.89	0.1803	133	0.1781	2696	X-RAY DIFFRACTION	96.92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5553431958	0.704121185597	3.98402886079	2.25956298498	1.41147689369	8.42053415411	0.169277567072	0.538208117644	-0.226276685079	-0.164252846848	0.148675809703	-0.0454862560216	0.341059453731	-0.0255494570817	-0.296724726308	0.232330197941	0.00314036629733	0.00212333849632	0.370792292488	-0.0360961384922	0.163056783717	-7.94774993354	-34.5791463699	8.41768145331
2	5.83109289527	-7.55792697393	-5.81054809841	2.01267766767	7.34631959946	6.12693040364	0.668556620465	-0.742569925059	1.3977115006	-1.17866582353	0.812158950973	-0.754373022478	-1.48031759171	1.54285598264	-1.19005992771	0.549578349356	-0.127960770051	0.0945528484531	0.822858439266	0.0435876495888	0.413227209433	-11.5468960117	-25.3073211411	-10.2151606291
3	2.92237126655	-2.05575914901	-0.6331154855	1.40666945234	0.11804126859	0.958820523752	0.183571605397	-0.194314291163	0.206042528048	-0.000689136631719	-0.0238676516858	-0.203227603827	-0.122556879211	0.232583931521	-0.126902719465	0.227033862521	-0.0285113921581	-0.0146579514994	0.192691938672	-0.0188412664881	0.19421794723	13.2353185277	-13.4587694104	33.6072428936
4	1.48065400615	-0.230116609067	-0.390934603283	1.2505504196	0.405744087168	2.64185400127	0.0458452116954	0.361954443855	0.00240286546013	-0.0597249266742	-0.0359524842109	0.151164562742	0.0227581022018	-0.403353826111	9.38623329026E-5	0.131806948205	0.00479269430237	-0.000126127535366	0.227285801203	0.0275108255191	0.174469060415	-17.8284681997	-23.8814358458	21.0387711763
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 16 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 26 through 28 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1 through 39 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 40 through 116 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 117 through 161 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 20 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 21 through 39 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 40 through 51 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 52 through 116 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 117 through 140 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 141 through 160 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1 through 5 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 6 through 10 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 11 through 20 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 21 through 28 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1 through 5 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 6 through 15 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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