PDB-8ylk: Crystal structure of Burkholderia thailandensis MftR in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ylk

タイトル

Crystal structure of Burkholderia thailandensis MftR in complex with uric acid

要素

MarR family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor

機能・相同性

URIC ACID / :

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Song, W.S. / Yoon, S.I.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural basis of transcriptional regulation by UrtR in response to uric acid.
著者: Song, W.S. / Ki, D.U. / Cho, H.Y. / Kwon, O.H. / Cho, H. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2024年3月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ylk.cif.gz	87.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ylk.ent.gz	54.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ylk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ylk_validation.pdf.gz	766.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ylk_full_validation.pdf.gz	767.1 KB	表示
XML形式データ	8ylk_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	8ylk_validation.cif.gz	10.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/8ylk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/8ylk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ylfSC 8ylgC 8ylhC 8yliC 8yljC 8yllC 8ylmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MarR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MarR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

A: MarR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.942, 62.942, 77.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	MarR family transcriptional regulator 分子量: 18337.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 遺伝子: A8H32_16025 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N8QSC4
#2: 化合物	ChemComp-URC / URIC ACID / 7,9-DIHYDRO-1H-PURINE-2,6,8(3H)-TRIONE / 尿酸分子量: 168.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 10766 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 31.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 507 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8YLF

8ylf

解像度: 2.1→27.25 Å / SU ML: 0.2804 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.1039
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2606	575	5.38 %
R_work	0.2269	10121	-
obs	0.2286	10696	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→27.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1155	0	12	6	1173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	1183
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5709	1606
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0341	188
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	209
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9624	731

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.31	0.34	118	0.295	2477	X-RAY DIFFRACTION	98.41
2.31-2.65	0.3224	149	0.2522	2485	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.65-3.33	0.2727	143	0.2658	2543	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.33-27.25	0.2348	165	0.1979	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.58174124897	1.49486978112	-3.50518921517	5.89019125685	-2.21678332017	3.51005029303	-0.249573095535	-0.117538805311	0.444138865337	-0.0587397781711	0.289962657259	1.00246480242	-0.0748898537034	-1.75164178063	0.066105252051	0.416400578268	0.129566672798	-0.00338989113767	0.899040437863	-0.0552689342933	0.502236737966	-10.6241195634	-21.4956410094	17.6098825813
2	7.79926857239	0.832216511829	-2.64815341903	2.05852573493	0.342421356157	5.18096252767	-0.561066098158	0.485821205095	-0.259711441976	-0.0151250452319	0.216182289463	0.224616027095	-0.00362649275307	-0.528859955961	0.146567731233	0.477294801968	0.081450092345	-0.0621792440557	0.347338600583	-0.0199704145129	0.303327163332	7.47925175239	-17.5347113802	7.94149592007
3	6.94430699487	3.71245519183	0.140191422772	6.56777639499	1.51390223472	4.62240423187	-0.089614288066	0.380591391351	-0.129887171956	0.111876921475	-0.197089852054	0.0866852979444	-0.182655499208	-0.0636642998382	0.189680352741	0.546801974917	-0.0443813891621	0.0015006470041	0.540657339674	0.0208483868552	0.329273984179	26.9231854624	-14.570507935	6.02261507879
4	3.69072023478	1.57519764415	-0.690598185634	2.59418453288	-0.361863006838	5.52237028713	0.0310017181022	-0.645935401174	-0.279482091941	0.300085585883	-0.336622723385	-0.226450320343	0.288058488738	0.834507266891	0.3679658617	0.579237340907	0.0346583067786	-0.00514014292487	0.669096887035	0.132800211769	0.316558899485	30.1425359585	-16.7262705028	13.0825084766
5	2.22718982509	1.33873316491	-2.04119345314	2.75805153596	-2.7068572998	3.02213804323	-0.30982657074	-0.520447286924	-1.13717457691	-0.230263856858	-0.200793944332	-1.34291663245	0.558844223991	1.53864912004	0.834181718552	0.619132846828	0.0808419835257	0.0131652351831	0.778877882085	0.196429978717	0.549826784338	37.5501156333	-19.115344119	7.30035767406
6	7.26746030705	1.07200640686	-3.83676854814	2.56211755839	0.782038998106	2.77037015924	-0.409104903148	0.546225812084	0.633048298612	-0.199873765597	0.19983269815	-0.193740054425	-0.645146057526	0.467654062872	-0.0707077114272	0.712412658377	-0.0386873807988	0.0155447561222	0.513381499069	0.0359703636762	0.268498276708	26.8064365057	-11.0494445584	1.68235972837
7	4.85743727589	0.621789462532	-1.78371977212	1.68700230766	0.509400475628	0.995674841681	0.498195329169	0.213629910525	1.10487981964	-0.0284076624348	-0.257651334978	0.252902134521	-0.731694877157	-0.201819006462	-0.197249014851	0.727502580162	0.161601315432	0.0222110878701	0.265529927066	0.0177455728531	0.574453441452	7.02148300161	-3.98851362042	12.4917611624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 19 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 64 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 65 through 96 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 97 through 102 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 103 through 137 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 138 through 160 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)