PDB-8ylh: Crystal structure of Pectobacterium atrosepticum PecS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ylh

タイトル

Crystal structure of Pectobacterium atrosepticum PecS

要素

Regulatory protein

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor

機能・相同性

MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / DNA-binding transcription factor activity / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Regulatory protein

機能・相同性情報

生物種

Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Song, W.S. / Yoon, S.I.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural basis of transcriptional regulation by UrtR in response to uric acid.
著者: Song, W.S. / Ki, D.U. / Cho, H.Y. / Kwon, O.H. / Cho, H. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2024年3月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ylh.cif.gz	170.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ylh.ent.gz	111.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ylh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/8ylh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/8ylh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ylfSC 8ylgC 8yliC 8yljC 8ylkC 8yllC 8ylmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Regulatory protein

B: Regulatory protein

ヘテロ分子

38.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.350, 76.367, 78.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 16 through 33 or resid 35...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 16 through 21 or (resid 22...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	16 - 33	7 - 24
d_1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	35 - 53	26 - 44
d_1	3	CYS	CYS	PHE	PHE	A	A	56 - 57	47 - 48
d_1	4	PHE	PHE	PHE	PHE	A	A	60	51
d_1	5	LEU	LEU	SER	SER	A	A	62 - 63	53 - 54
d_1	6	GLU	GLU	HIS	HIS	A	A	66 - 80	57 - 71
d_1	7	LEU	LEU	PHE	PHE	A	A	82 - 88	73 - 79
d_1	8	THR	THR	LYS	LYS	A	A	90 - 103	81 - 94
d_1	9	LEU	LEU	THR	THR	A	A	105 - 128	96 - 119
d_1	10	SER	SER	ASP	ASP	A	A	130 - 162	121 - 153
d_1	11	ASN	ASN	HIS	HIS	A	A	164 - 175	155 - 166
d_2	1	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	16 - 33	7 - 24
d_2	2	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	35 - 53	26 - 44
d_2	3	CYS	CYS	PHE	PHE	B	B	56 - 57	47 - 48
d_2	4	PHE	PHE	PHE	PHE	B	B	60	51
d_2	5	LEU	LEU	SER	SER	B	B	62 - 63	53 - 54
d_2	6	GLU	GLU	HIS	HIS	B	B	66 - 80	57 - 71
d_2	7	LEU	LEU	PHE	PHE	B	B	82 - 88	73 - 79
d_2	8	THR	THR	LYS	LYS	B	B	90 - 103	81 - 94
d_2	9	LEU	LEU	THR	THR	B	B	105 - 128	96 - 119
d_2	10	SER	SER	ASP	ASP	B	B	130 - 162	121 - 153
d_2	11	ASN	ASN	HIS	HIS	B	B	164 - 175	155 - 166

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999943632064, 0.000882539458852, -0.0105808231166), (-0.00195028645092, 0.964316386382, 0.264745355651), (0.0104369093357, 0.264751068138, -0.964260308653) ...

#1: タンパク質	Regulatory protein 分子量: 19064.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum (バクテリア) 遺伝子: pecS, ECA2036 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6D5K4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.34 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Hepes, magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 46157 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 28.9
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2313 / CC_1/2: 0.768 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8YLF

8ylf

解像度: 1.55→28.72 Å / SU ML: 0.1519 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.0113
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218	2245	4.87 %
R_work	0.2005	43831	-
obs	0.2014	46076	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→28.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2484	0	2	152	2638

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0056	2586
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7791	3527
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0434	422
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0098	460
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.7327	990

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.68749453932 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.58	0.2544	120	0.2488	2669	X-RAY DIFFRACTION	97.18
1.58-1.62	0.2279	150	0.2319	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.62-1.66	0.2202	142	0.2133	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.66-1.71	0.2631	140	0.2133	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.71-1.76	0.2469	130	0.2118	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.76-1.81	0.2358	140	0.21	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.81-1.88	0.2636	187	0.2089	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.88-1.95	0.2566	147	0.2218	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.95-2.04	0.2301	152	0.19	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.04-2.15	0.1918	122	0.1814	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.15-2.29	0.2047	130	0.1804	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.29-2.46	0.2054	123	0.1944	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.46-2.71	0.225	170	0.2074	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.71-3.1	0.2399	109	0.21	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.08
3.1-3.91	0.2132	158	0.1894	2767	X-RAY DIFFRACTION	98.72
3.91-28.72	0.1742	125	0.1976	2861	X-RAY DIFFRACTION	96.32

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.03373335888	1.0764394968	1.69840103667	1.76624200312	-0.819097099526	8.13811361488	0.106954428807	-0.00379391657343	-0.183849026646	-0.0304572036323	-0.0415246173333	-0.08594396477	0.337212499408	0.256365279281	-0.057026719566	0.10861165312	0.0295548628274	0.0087974136429	0.0640388140187	-0.00114011897961	0.11065756108	16.636054253	-17.8948355043	30.6625319084
2	1.83782538431	-3.40790185498	3.46433638274	5.20901525274	-6.1388088934	5.47017952967	0.0522009689349	0.0639808613488	0.141399062525	-0.0224513550053	-0.106159480234	-0.20461354709	0.0148852682934	0.147792474876	0.136325358369	0.121930826473	-0.000758154091212	0.0067888977402	0.115682907943	-0.00762454749856	0.131800005965	2.94697787655	-9.23032299082	14.3798252659
3	3.24565410303	-0.0205566937554	-1.04122077452	3.0727986222	-0.103366188666	2.47772630864	-0.0397884146196	-0.216315937223	0.023998964483	0.104132183154	0.00699044078067	-0.00813433210762	0.05136728519	0.0352680723026	0.0303545315259	0.0833458860005	0.00141641286643	-0.0111607860786	0.0793129852995	0.0144140186895	0.0791548692202	-15.8311609884	-2.16055193073	11.98374233
4	0.51535563615	1.42203101707	-1.69826383628	6.16406783782	-3.59443225829	6.05416896616	0.180541880495	-0.260299328593	0.128897989775	0.358380957284	-0.16804859839	-0.0674600137198	-0.431754453345	0.0123112180421	-0.0225060435507	0.146505941225	-0.0305107040552	-0.0463072114384	0.157163010111	0.00669488775638	0.266682942708	-13.321098329	8.88131092647	14.2611047138
5	5.34937925843	1.21201772535	-4.52023842061	1.36562924536	-0.61392232943	5.77303690381	0.114482689211	0.409003751402	0.527630183162	0.449941367208	0.361539116315	0.46093848988	-0.455269832249	-1.08709084074	-0.288832554677	0.185545538155	0.0785592527771	0.0533648960844	0.232496330066	0.07131593093	0.255698506332	-23.3988311867	7.82420718468	10.3625342194
6	7.36186054524	-1.4334071831	-5.78115422787	3.08134037348	0.416013483844	8.42789717477	0.14469906812	-0.304007039049	0.393768956006	0.145360066404	0.243429034469	0.494723068473	-0.430481134956	0.0711478052626	-0.341966463356	0.138050443993	0.0053994821732	0.016772939012	0.136119176969	0.0113752109471	0.258269536473	-26.5289845857	5.52832183278	12.9947657681
7	7.54632542486	-5.69838671811	2.11750652937	6.057999956	-1.99646456322	2.1771844033	0.0868020808895	0.542801425152	0.00847407586226	-0.28297125532	-0.18889742812	-0.0783648268755	0.0968652826809	0.168156509102	0.0944052859568	0.157350048505	-0.0238128887377	0.0114726483675	0.124321546893	-0.00525122709738	0.0732994417567	-7.58950046694	-7.11583814808	0.798278255263
8	5.29566188252	1.31166342888	-2.1203605942	2.26480343405	-0.489153243825	7.73997843561	0.127839818425	-0.202731772687	-0.0834742089178	0.0773739852549	0.0169536264984	0.108450631623	0.204860566884	-0.41989962036	-0.10848544457	0.109082784879	-0.0150859038192	-0.046169029855	0.0771053930124	0.0429266757848	0.142385106923	-5.42170524545	-21.5570212461	18.0298969835
9	2.59391033302	-1.05372479073	0.380847569353	2.20219731267	0.248876828583	6.69513824407	0.0752452296423	0.0269339352503	-0.209747919496	-0.239311122953	0.0819645558141	0.191767901396	0.346127605333	-0.252574964897	-0.132689232741	0.165276801282	-0.0345850948903	-0.0315131773339	0.0877048743256	-0.00702218754506	0.122311353465	-17.1115474333	-14.1901776779	4.44496138888
10	2.39413732161	1.59869328856	3.66306200827	1.63131277604	3.16518091924	6.82538213045	0.00791038957591	-0.137275888406	0.0847239946487	-0.0245481076212	-0.00913236568444	0.080025803549	-0.15671253612	-0.171424744188	0.0292936821218	0.0994688814437	0.0117491300719	0.0171079602137	0.107497648764	0.00277828051922	0.10875068076	-3.63537596538	-10.9359430232	23.4249122666
11	3.38996814524	-0.37737262212	0.774671187763	2.09787990647	-0.748443767826	1.6164549127	0.0598405533448	0.0384108253176	0.143203694068	0.0988551610261	-0.0595728859512	0.0204528898227	-0.0726044527926	0.0122251623881	-0.00374957117662	0.0956243185976	-0.0168337107553	0.00742471354631	0.104655736829	-0.0308945890543	0.0958665982106	14.2006831974	-4.80308371434	31.6913037104
12	2.77665900799	3.0197539979	-1.3336531752	6.50661921235	-0.395067553477	5.89297550385	-0.189542543138	0.423264096839	0.0194903800637	-0.317963153049	0.0585679733551	0.21530955406	-0.0520156105891	-0.138028884649	0.120602624426	0.114379286863	0.0168136461548	0.00630433973193	0.15607275747	-0.0217579622893	0.110833601748	17.2310867137	-3.50953235321	22.3512766017
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14	8.25413155289	-2.0451760531	-4.96618191995	2.42058002292	1.67753000067	7.07361141222	0.310200146975	-0.366341821828	0.545573943645	0.0107634019366	0.00403167555845	-0.0688401726559	-0.343739371463	0.462247406014	-0.27346010192	0.186739937352	-0.0196941277409	0.0139108050651	0.167489073671	-0.0822297349906	0.201695273737	19.8752536174	5.30663262214	32.9132012818
15	4.32452390385	1.30908729168	-6.39202730347	4.27452824792	-2.11345292114	9.61091775013	0.191538960992	-0.159595603799	0.569792807334	-0.235327778468	0.127447735222	-0.385031128919	-0.186641593333	0.393719266377	-0.374878281642	0.148821558872	-0.016156113162	0.0289449962156	0.203718626898	-0.04618593834	0.213891746863	27.8704063879	3.49403063542	27.1921543603
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17	7.53490135682	3.63476138999	-4.70031520667	7.52620460971	-5.42944310871	7.78187529042	0.0816386851396	0.275277781346	0.0691914561282	-0.3170738361	0.0929187034071	-0.0220026589502	0.286856996392	0.2395024743	-0.141505755381	0.115981628099	0.0148199104218	-0.0446965454108	0.110667008531	-0.0452741744243	0.11972238093	5.01634770099	-21.6709043495	16.8302687837

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 15 through 32 )	A	A	15 - 32	1 - 18
2	2	chain 'A' and (resid 33 through 60 )	A	A	33 - 60	19 - 46
3	3	chain 'A' and (resid 61 through 98 )	A	A	61 - 98	47 - 84
4	4	chain 'A' and (resid 99 through 107 )	A	A	99 - 107	85 - 93
5	5	chain 'A' and (resid 108 through 118 )	A	A	108 - 118	94 - 104
6	6	chain 'A' and (resid 119 through 128 )	A	A	119 - 128	105 - 114
7	7	chain 'A' and (resid 129 through 152 )	A	A	129 - 152	115 - 138
8	8	chain 'A' and (resid 153 through 175 )	A	A	153 - 175	139 - 161
9	9	chain 'B' and (resid 16 through 32 )	B	C	16 - 32	1 - 17
10	10	chain 'B' and (resid 33 through 60 )	B	C	33 - 60	18 - 45
11	11	chain 'B' and (resid 61 through 80 )	B	C	61 - 80	46 - 65
12	12	chain 'B' and (resid 81 through 98 )	B	C	81 - 98	66 - 83
13	13	chain 'B' and (resid 99 through 107 )	B	C	99 - 107	84 - 92
14	14	chain 'B' and (resid 108 through 115 )	B	C	108 - 115	93 - 100
15	15	chain 'B' and (resid 116 through 128 )	B	C	116 - 128	101 - 113
16	16	chain 'B' and (resid 129 through 152 )	B	C	129 - 152	114 - 137
17	17	chain 'B' and (resid 153 through 175 )	B	C	153 - 175	138 - 160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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