PDB-8yk4: Structure of SARS-CoV-2 RBD and antibody NT-108

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yk4

タイトル

Structure of SARS-CoV-2 RBD and antibody NT-108

要素

Spike protein S1
antibody NT-108, single chain Fv fragment

キーワード

VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / spike / RBD / antibody / IgG / scFv

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Anraku, Y. / Kita, S. / Onodera, T. / Sato, A. / Tadokoro, T. / Adachi, Y. / Ito, S. / Suzuki, T. / Sasaki, J. / Shiwa, N. ...

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20fk0108298	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20ae0101047	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20am0101093	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for Potent Neutralization Activity of SARS-CoV-2 Antibody, NT-108
著者: Anraku, Y. / Tadokoro, T. / Suzuki, T. / Sasaki, J. / Hashiguchi, T. / Kita, S. / Shiwa, N. / Iwata, N. / Nagata, N. / Suzuki, T. / Kazuki, Y. / Fukuhara, H. / Oshimura, M. / Sato, A. / ...

履歴

登録	2024年3月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8yk4.ent.gz	141.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	8yk4_full_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示
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CIF形式データ	8yk4_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/8yk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/8yk4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: antibody NT-108, single chain Fv fragment

C: Spike protein S1

54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.152, 149.641, 253.429
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: 抗体	antibody NT-108, single chain Fv fragment 分子量: 29873.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質	Spike protein S1 分子量: 24145.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7U3DZD0
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M CHES pH9.5, 20% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→48.35 Å / Num. obs: 17765 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 59.17 Å² / CC_1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 3.2→3.42 Å / Num. unique obs: 3153 / CC_1/2: 0.522

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	1.18_3845	データ削減
Aimless	1.18_3845	データスケーリング
PHENIX	1.20.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→48.35 Å / SU ML: 0.4561 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.2935
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2671	861	4.85 %
R_work	0.2429	16877	-
obs	0.244	17738	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3179	0	0	0	3179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0011	3258
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4014	4426
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0417	476
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	570
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.9849	1151

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.4	0.3472	151	0.3223	2735	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3.4-3.66	0.3301	158	0.2886	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.19
3.66-4.03	0.3033	138	0.2637	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.18
4.03-4.61	0.2083	133	0.2035	2810	X-RAY DIFFRACTION	99.53
4.61-5.81	0.2324	146	0.2006	2817	X-RAY DIFFRACTION	99.4
5.81-48.35	0.2487	135	0.2427	2990	X-RAY DIFFRACTION	99.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.42055292541	3.07010731984	-0.619499388065	4.3403995427	0.0980418408647	1.90561098412	0.079161063864	-0.407082276341	-1.47888678342	0.618673705528	0.117865248465	0.225022683252	0.328765380676	0.130904033637	-0.151231811031	0.441865907824	0.076066104452	-0.0322451802809	0.352576560742	0.116528596671	0.957961475575	3.68572864362	11.1377520545	74.6013633283
2	4.14865676027	0.882084410053	1.31657237485	5.17893845433	0.303320612668	4.98323211709	0.223620700783	-0.308359304496	-0.49614163088	0.550105986157	0.0616246510864	0.999801017623	0.244560691689	-0.298932308813	-0.355032392664	0.524531501064	-0.0565688968253	0.0949654067727	0.301491015215	0.0454444994886	0.662695501804	-3.04704380319	16.4962868924	76.6268337647
3	6.85347025639	5.03329711498	-0.39554857629	4.49128911701	0.657922397184	1.18145959506	-0.437494361768	-0.0234459189385	-0.636259449965	-0.613676141556	0.168557082285	0.544979348353	-0.100182076295	0.0771885981291	0.260748841679	0.393826878782	0.0839537533397	-0.101250802492	0.347371963737	0.122653565137	1.0419734851	-0.270168753766	13.4730496835	70.1908084516
4	1.60305554071	-1.83377032305	0.309204850154	5.8998049259	1.70131232728	1.27873378451	-0.0997933449034	0.536100256768	0.634913051369	-0.373652367413	0.126573522461	-0.492428058893	0.381956541703	-0.341384471	0.0676127074464	0.36853309539	0.0623250029534	-0.0491844776758	0.440677649005	0.0529136411615	0.345436701829	1.49404551454	29.6336686744	54.9982475231
5	5.02666314935	0.377348091145	-0.580392951896	1.03697668007	-0.487887161112	4.47413830731	0.0149381416483	-0.0702838761906	0.131637850533	-0.313109653986	0.052034271045	0.0231740255872	-0.0495794440276	0.137090867492	-0.0871578632168	0.372465034114	-0.00503192049588	-0.05371205824	0.161287255207	-0.010483114999	0.442427913808	8.33512399381	34.3499346111	64.3076734516
6	2.5397101331	-0.920590709121	-1.82222368241	2.49603227483	3.8011110309	9.31973036504	0.0263365956867	0.0662636745174	-0.0750284991822	-0.0293400414633	0.110781107395	-0.0853487489688	0.274828630634	-0.0362513349767	-0.22198747377	0.344402228499	-0.00340734339481	0.0140255002132	0.177587829458	0.0506974769285	0.508249463968	5.47841083653	26.7250529949	60.8943810405
7	6.0469950215	1.11388919342	-0.192202829461	8.75192782159	-0.990561161488	1.99721978792	-0.23113790709	-1.3713532927	0.593710637121	-0.348466617157	0.948400879866	0.667969209853	-0.451965326357	0.530624202365	-0.774600249645	0.793781226973	0.192129756766	-0.082116757017	0.8653794203	-0.12333544726	0.50739647706	-10.1047228403	36.5514997995	99.429407868
8	2.74818302907	-1.39186674044	-0.875145976684	3.63507375078	-2.05140488179	3.07262517998	-0.574317639786	-0.976743873693	-1.36064742803	1.15966598605	-0.400806806881	0.872661126806	-0.4496096121	0.0145063366876	0.782258432499	1.00339068573	0.00201390420182	0.366188833871	1.67442207516	-0.443963554879	0.840591568065	-12.0781262882	38.7110753323	112.543075364
9	7.80966660636	-4.47192851499	1.60396618154	4.00848949844	-0.0864649398508	0.807831829066	0.396444969209	-1.68114650269	0.333549860236	1.7655988734	0.717570292313	2.360643871	0.327843793703	-1.25458817875	-0.951885283706	1.46881834895	-0.139745334933	0.607123680621	1.31059851872	0.400479359031	1.51001757367	-15.7891871939	23.7970536213	108.156244051
10	3.64657385113	-1.20719717467	-4.53503544899	0.408974279859	1.4818613134	5.67055781735	-0.976445658239	-1.66973918053	0.482822223042	0.212193732346	0.707918177653	0.0158903981621	0.130152656022	1.51299310912	0.309078168914	1.37557553804	-0.152735714534	-0.124158432521	1.73458538051	0.00503860679062	0.732740272111	-10.1133917569	27.0864000583	118.878453049
11	6.66317094212	0.98291352777	-0.455006247089	5.63556604496	1.51944451578	6.77584308485	-0.45126282493	-0.942111268048	-0.256329190838	0.753958641283	-0.0750879090632	-0.230952621134	0.123797730876	0.5445598064	0.469257128397	0.94376968873	-0.00705946427547	0.0108640377168	1.14402385416	0.153059400969	0.484737593427	-4.44130204716	27.5286240049	100.556485849
12	2.4302660308	0.664762172956	-0.840410226827	3.81844375465	0.964566832188	0.685754553906	-0.19198841566	-0.835062685723	-0.192486452945	0.89001946773	-0.0112024470326	0.221766906414	0.242107807988	-0.363953782957	0.172308733255	0.731738272222	0.0419619944092	0.121844810994	0.982455912094	0.117462844552	0.438933005449	-4.1985004152	27.4790800855	98.4700709748
13	3.75680911455	0.328841232853	-2.55428428622	3.28925397158	-0.504644959777	6.11840769642	-0.217703598045	-0.687013091407	0.0789681522562	0.534292042211	0.193969635896	0.0308813384171	-0.529682435066	0.492582578966	0.0152257590492	0.559781172308	0.0809587665845	-0.155200209197	0.507616465647	0.00718591247826	0.583457462947	7.8379451904	31.9285640567	88.9695360946
14	2.31750203139	-0.0860253559482	-0.617214530893	0.0305124529712	0.314428917395	2.97530934674	0.17706768347	-0.615046713314	0.151226102814	1.29557151985	0.0374374468706	-0.108857461842	-0.140746432828	-0.0252343920039	-0.149086497378	1.26688588926	-0.0220392363578	0.0362266576745	1.04023325606	-0.0913497024748	0.368576985888	-8.91379914952	29.8362725724	104.947241487

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 40 )	A	A	3 - 40	1 - 38
2	2	chain 'A' and (resid 41 through 77 )	A	A	41 - 77	39 - 75
3	3	chain 'A' and (resid 78 through 107 )	A	A	78 - 107	76 - 105
4	4	chain 'A' and (resid 108 through 140 )	A	A	108 - 140	106 - 124
5	5	chain 'A' and (resid 141 through 209 )	A	A	141 - 209	125 - 193
6	6	chain 'A' and (resid 210 through 246 )	A	A	210 - 246	194 - 230
7	7	chain 'C' and (resid 338 through 353 )	C	B	338 - 353	1 - 16
8	8	chain 'C' and (resid 354 through 367 )	C	B	354 - 367	17 - 30
9	9	chain 'C' and (resid 368 through 379 )	C	B	368 - 379	31 - 42
10	10	chain 'C' and (resid 380 through 394 )	C	B	380 - 394	43 - 52
11	11	chain 'C' and (resid 395 through 409 )	C	B	395 - 409	53 - 67
12	12	chain 'C' and (resid 410 through 451 )	C	B	410 - 451	68 - 109
13	13	chain 'C' and (resid 452 through 502 )	C	B	452 - 502	110 - 160
14	14	chain 'C' and (resid 503 through 525 )	C	B	503 - 525	161 - 178

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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