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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yja | ||||||
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タイトル | Structure of Vibrio vulnificus MARTX cysteine protease domain lacking beta-flap | ||||||
![]() | MARTX cysteine protease domain | ||||||
![]() | TOXIN / protease / Inositol hexaphosphate / activation | ||||||
機能・相同性 | INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, L. / Khan, H. / Tan, L. / Li, X. / Zhang, G. / Im, Y.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the activation of MARTX cysteine protease domain from Vibrio vulnificus. 著者: Chen, L. / Khan, H. / Tan, L. / Li, X. / Zhang, G. / Im, Y.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 973.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 975.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8yjcC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22678.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: NCBI Reference Sequence: WP_058645630.1. A fragment of MARTX cysteine protease domain lacking the C-terminal beta-flap. The N-terminal GSAMGS is a linker sequence from the plasmid vector for ...詳細: NCBI Reference Sequence: WP_058645630.1. A fragment of MARTX cysteine protease domain lacking the C-terminal beta-flap. The N-terminal GSAMGS is a linker sequence from the plasmid vector for the cleavable His-tag. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rtxa / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | ChemComp-IHP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.17 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: .1 M sodium acetate pH 4.0, 25% PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate, and 2.5% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 18979 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 36.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 43.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique obs: 918 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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