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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ygl | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Rhodobacter blasticus RC-LH1 monomer | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / light-harvesting complex | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Liu, L.N. / Zhang, Y.Z. / Wang, P. / Christianson, B.M. / Ugurlar, D. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architectures of photosynthetic RC-LH1 supercomplexes from . 著者: Peng Wang / Bern M Christianson / Deniz Ugurlar / Ruichao Mao / Yi Zhang / Ze-Kun Liu / Ying-Yue Zhang / Adrian M Gardner / Jun Gao / Yu-Zhong Zhang / Lu-Ning Liu / ![]() ![]() ![]() 要旨: The reaction center-light-harvesting complex 1 (RC-LH1) plays an essential role in the primary reactions of bacterial photosynthesis. Here, we present high-resolution structures of native monomeric ...The reaction center-light-harvesting complex 1 (RC-LH1) plays an essential role in the primary reactions of bacterial photosynthesis. Here, we present high-resolution structures of native monomeric and dimeric RC-LH1 supercomplexes from () using cryo-electron microscopy. The RC-LH1 monomer is composed of an RC encircled by an open LH1 ring comprising 15 αβ heterodimers and a PufX transmembrane polypeptide. In the RC-LH1 dimer, two crossing PufX polypeptides mediate dimerization. Unlike counterpart, RC-LH1 dimer has a less bent conformation, lacks the PufY subunit near the LH1 opening, and includes two extra LH1 αβ subunits, forming a more enclosed S-shaped LH1 ring. Spectroscopic assays reveal that these unique structural features are accompanied by changes in the kinetics of quinone/quinol trafficking between RC-LH1 and cytochrome . Our findings reveal the assembly principles and structural variability of photosynthetic RC-LH1 supercomplexes, highlighting diverse strategies used by phototrophic bacteria to optimize light-harvesting and electron transfer in competitive environments. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 510.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 439.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 106.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 139.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 39255MC ![]() 8ygdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Antenna pigment protein ... , 2種, 30分子 028BCEGJNPRTVZb1379ADFIKOQSUWa
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5614.452 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A2T4JAH7 #2: タンパク質 | 分子量: 7096.406 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A2T4JA00 |
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-タンパク質 , 2種, 2分子 HX
#3: タンパク質 | 分子量: 28320.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A2T4J4Z7 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 8046.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A2T4J9W4 |
-Reaction center protein ... , 2種, 2分子 LM
#4: タンパク質 | 分子量: 31494.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A2L1K3X9 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 34542.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A2T4J9V9 |
-非ポリマー , 7種, 87分子 












#7: 化合物 | ChemComp-BCL / #8: 化合物 | ChemComp-SPO / #9: 化合物 | ChemComp-PC1 / #10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-U10 / #13: 化合物 | ChemComp-FE2 / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Rhodobacter blasticus RC-LH1 monomer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45399 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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