PDB-8yei: HPV18 L1 pentamer in complex with Fab F5-203

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yei

タイトル

HPV18 L1 pentamer in complex with Fab F5-203

要素

Major capsid protein L1
heavy chain of antibody F5-203
light chain of antibody F5-203

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HPV / L1 / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

human papillomavirus 18 (パピローマウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å

データ登録者

Wang, X. / Fu, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: HPV18 L1 pentamer in complex with Fab F5-203
著者: Wang, X. / Fu, W.

履歴

登録	2024年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月26日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月26日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月26日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月26日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月26日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yei.cif.gz	399.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yei.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yei.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yei_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yei_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8yei_validation.xml.gz	68 KB	表示
CIF形式データ	8yei_validation.cif.gz	102.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/8yei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/8yei	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	39196MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (4) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (4)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (2)

登録構造単位

H: heavy chain of antibody F5-203

L: light chain of antibody F5-203

A: Major capsid protein L1

B: Major capsid protein L1

D: Major capsid protein L1

E: Major capsid protein L1

C: Major capsid protein L1

278 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: 抗体	heavy chain of antibody F5-203 分子量: 13406.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	light chain of antibody F5-203 分子量: 11878.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	Major capsid protein L1 分子量: 50605.633 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) human papillomavirus 18 (パピローマウイルス) 遺伝子: L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5G245
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	HPV18 L1 pentamer in complex with Fab F5-203	COMPLEX	all	0	RECOMBINANT
2	Fab F5-203	COMPLEX	#1-#2	1	RECOMBINANT
3	HPV18 L1 pentamer	COMPLEX	#3	1	RECOMBINANT

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	3	human papillomavirus 18 (パピローマウイルス)	333761
3	2	Homo sapiens (ヒト)	9606

由来(組換発現)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	3	Escherichia coli (大腸菌)	562
3	2	Homo sapiens (ヒト)	9606

緩衝液

pH: 7.4

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: DARK FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 224760 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	18730
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.69	25485
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.148	2527
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.05	2753
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	3323

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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