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- PDB-8ye8: Crystal structure of mouse BAHCC1 TTD domain in complex with H4K2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ye8
タイトルCrystal structure of mouse BAHCC1 TTD domain in complex with H4K20me1 peptide
要素
  • BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
  • Histone H4
キーワードPROTEIN BINDING / Bahcc1 / H4K20me
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere ...negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / locomotory behavior / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / neuron differentiation / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / chromatin binding / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / BAHCC1-like, Tudor domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / TATA box binding protein associated factor ...: / : / : / BAHCC1-like, Tudor domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.90001382876 Å
データ登録者Zhang, Z.-M. / Song, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: BAHCC1 binds H4K20me1 to facilitate the MCM complex loading and DNA replication.
著者: Li, D. / Zhang, Z.M. / Mei, L. / Yu, Y. / Guo, Y. / Mackintosh, S.G. / Chen, J. / Allison, D.F. / Kim, A. / Storey, A.J. / Edmondson, R.D. / Byrum, S.D. / Tackett, A.J. / Cai, L. / Cook, J.G. ...著者: Li, D. / Zhang, Z.M. / Mei, L. / Yu, Y. / Guo, Y. / Mackintosh, S.G. / Chen, J. / Allison, D.F. / Kim, A. / Storey, A.J. / Edmondson, R.D. / Byrum, S.D. / Tackett, A.J. / Cai, L. / Cook, J.G. / Song, J. / Wang, G.G.
履歴
登録2024年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
B: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
C: Histone H4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9643
ポリマ－32,9643
非ポリマー00
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.695, 65.286, 78.67
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 BAH and coiled-coil domain-containing protein 1


分子量: 15747.655 Da / 分子数: 2 / 断片: TTD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bahcc1, Kiaa1447 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3UHR0
#2: タンパク質・ペプチド Histone H4


分子量: 1468.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62805
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 10 mM Li2SO4, 8% PEG20000 and 3 mM H4K20me

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 24054 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 45.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 46
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.0688 / Num. unique obs: 1835

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house Se-SAD model

解像度: 1.90001382876→46.52450214 Å / SU ML: 0.202858156108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34757909605 / 位相誤差: 22.7475428628
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237741053839 1855 7.71181508273 %
Rwork0.187091465636 22199 -
obs0.191012499984 24054 99.925224327 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.6793616014 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.90001382876→46.52450214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2003 0 0 158 2161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007570960703652047
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.151810426682790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481652040857324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00495399701094365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8556017909755
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.95140.2878839120071410.231426074491694X-RAY DIFFRACTION100
1.9514-2.00880.2261465213871400.2030185132551669X-RAY DIFFRACTION100
2.0088-2.07360.2331392086921410.1885377515081684X-RAY DIFFRACTION100
2.0736-2.14780.2237721765921400.1765048807951686X-RAY DIFFRACTION100
2.1478-2.23380.2136249561481420.1846855128241687X-RAY DIFFRACTION100
2.2338-2.33540.2352130766491410.1911317675071691X-RAY DIFFRACTION100
2.3354-2.45850.2653021418051400.2068626833661677X-RAY DIFFRACTION100
2.4585-2.61260.2920061781291420.207457960371709X-RAY DIFFRACTION100
2.6126-2.81420.2669576336361430.2014567443581699X-RAY DIFFRACTION100
2.8142-3.09740.259306371291420.1932946149841712X-RAY DIFFRACTION100
3.0974-3.54550.2632712829581450.1879789999461721X-RAY DIFFRACTION100
3.5455-4.46640.1891158562191450.1647892228351748X-RAY DIFFRACTION100
4.4664-46.50.2373685995121530.1866147310011822X-RAY DIFFRACTION99.1465863454
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.17986230692-0.0601788306915-0.229193808434.246160575191.151547198462.76265894058-0.01192165882120.198766375543-0.310937681741-0.1865914893220.0281711980476-0.0825612863711-0.02651571550660.348094428662-0.009635106180920.316475957665-0.0194166482513-0.05004639617090.276433353045-0.001303327468380.28694024536524.1733555333-10.8307677665-10.0309457078
21.527653278932.260822112620.5033541101474.210791772630.9317772132760.26209540194-0.02820781738130.086744659466-0.1088271888850.01594020693730.02973848597020.1013290266420.0358015889775-0.0981007472139-0.01035132241960.250905248444-0.0265670876331-0.002556163778040.242914616689-0.04026533811420.27341956232121.8571460787-8.81383950003-10.2401432207
35.945759862520.6398085787841.110396775693.37990632222-0.1220015151262.97192726215-0.06894019525470.3400530152290.383169879627-0.1220249974160.03173178217790.404876927693-0.210272886438-0.1839328704650.03587176619080.2680642975030.007641753464590.006201359678080.275621868803-0.001506479912370.25663503850422.487787024510.2870514597-9.67720260855
42.445827343590.17893275852-3.08572399932.94841957248-1.419036932924.84237971393-0.215038522999-0.0403854633249-0.2098579275170.2634497673430.1659495963530.1003414978130.158362136982-0.1762532746650.007862030878230.258771628364-0.01205069329825.86375813541E-50.2459581144050.001248753497750.2677114015677.77655769556-26.1546562207-5.89638108878
55.20831342717-0.227897413329-1.586449170242.816610529940.9004599938435.068498114580.02305229499260.4941741347880.060214048472-0.280368879933-0.1414559746140.2868402486680.150020057708-0.8423676514610.04989244342420.2211188957450.00890042339398-0.03220464360110.3265369408110.004331381041080.2383404493928.55931860918-23.0685499559-27.4374422979
67.45498823052-0.505320280985-0.06259058162051.29864988027-1.594499644313.766223013930.16498415726-1.40016192165-0.157984310923-0.112928726518-0.04718211053340.3544943386410.283343865543-0.846103627238-0.2562107907930.3597575180540.120430985576-0.1146397804141.094985381720.07630762114550.5955864584337.457235185099.22815092528-10.2718747088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1907 through 1942 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1943 through 1977 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1978 through 2040 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1909 through 1976 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1977 through 2040 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 18 through 23 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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