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- PDB-8yd7: Structure of FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yd7
タイトルStructure of FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
要素
  • CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p12
  • Caspase-8
  • FAS-associated death domain protein
キーワードAPOPTOSIS / FADD / Caspase-8 / cFLIP / death effector domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / negative regulation of activation-induced cell death of T cells / negative regulation of myoblast fusion / skeletal myofibril assembly / caspase-8 / death effector domain binding / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / FasL/ CD95L signaling / skeletal muscle atrophy ...positive regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / negative regulation of activation-induced cell death of T cells / negative regulation of myoblast fusion / skeletal myofibril assembly / caspase-8 / death effector domain binding / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / FasL/ CD95L signaling / skeletal muscle atrophy / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / death-inducing signaling complex assembly / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Apoptotic execution phase / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / caspase binding / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / positive regulation of adaptive immune response / regulation of necroptotic process / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of extracellular matrix organization / necroptotic signaling pathway / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / self proteolysis / response to cobalt ion / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / activation of cysteine-type endopeptidase activity / : / skeletal muscle tissue regeneration / death-inducing signaling complex / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / receptor serine/threonine kinase binding / CLEC7A/inflammasome pathway / negative regulation of necroptotic process / natural killer cell activation / positive regulation of innate immune response / : / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of hepatocyte proliferation / : / motor neuron apoptotic process / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / execution phase of apoptosis / pyroptotic inflammatory response / regulation of innate immune response / T cell homeostasis / Apoptotic cleavage of cellular proteins / positive regulation of activated T cell proliferation / response to testosterone / positive regulation of proteolysis / B cell activation / positive regulation of execution phase of apoptosis / cellular response to organic cyclic compound / behavioral response to cocaine / protein maturation / macrophage differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to nitric oxide / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / lymph node development / response to tumor necrosis factor / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / signaling adaptor activity / spleen development / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / skeletal muscle tissue development / cysteine-type peptidase activity / keratinocyte differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway / enzyme activator activity / regulation of cytokine production / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / thymus development / erythrocyte differentiation / T cell activation / kidney development / positive regulation of interleukin-1 beta production / apoptotic signaling pathway / proteolysis involved in protein catabolic process / Regulation of NF-kappa B signaling
類似検索 - 分子機能
FADD / : / Caspase-8 / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death domain profile. / Peptidase family C14A, His active site ...FADD / : / Caspase-8 / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death domain profile. / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Death domain / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SELENIUM ATOM / CASP8 and FADD-like apoptosis regulator / FAS-associated death domain protein / Caspase-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Lin, S.-C. / Yang, C.-Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Other government 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Deciphering DED assembly mechanisms in FADD-procaspase-8-cFLIP complexes regulating apoptosis.
著者: Chao-Yu Yang / Chia-I Lien / Yi-Chun Tseng / Yi-Fan Tu / Arkadiusz W Kulczyk / Yen-Chen Lu / Yin-Ting Wang / Tsung-Wei Su / Li-Chung Hsu / Yu-Chih Lo / Su-Chang Lin /
要旨: Fas-associated protein with death domain (FADD), procaspase-8, and cellular FLICE-inhibitory proteins (cFLIP) assemble through death-effector domains (DEDs), directing death receptor signaling ...Fas-associated protein with death domain (FADD), procaspase-8, and cellular FLICE-inhibitory proteins (cFLIP) assemble through death-effector domains (DEDs), directing death receptor signaling towards cell survival or apoptosis. Understanding their three-dimensional regulatory mechanism has been limited by the absence of atomic coordinates for their ternary DED complex. By employing X-ray crystallography and cryogenic electron microscopy (cryo-EM), we present the atomic coordinates of human FADD-procaspase-8-cFLIP complexes, revealing structural insights into these critical interactions. These structures illustrate how FADD and cFLIP orchestrate the assembly of caspase-8-containing complexes and offer mechanistic explanations for their role in promoting or inhibiting apoptotic and necroptotic signaling. A helical procaspase-8-cFLIP hetero-double layer in the complex appears to promote limited caspase-8 activation for cell survival. Our structure-guided mutagenesis supports the role of the triple-FADD complex in caspase-8 activation and in regulating receptor-interacting protein kinase 1 (RIPK1). These results propose a unified mechanism for DED assembly and procaspase-8 activation in the regulation of apoptotic and necroptotic signaling across various cellular pathways involved in development, innate immunity, and disease.
履歴
登録2024年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p12
D: Caspase-8
C: Caspase-8
B: Caspase-8
E: Caspase-8
H: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p12
I: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p12
K: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p12
L: FAS-associated death domain protein
A: Caspase-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,62711
ポリマ－220,54910
非ポリマー791
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.936, 150.057, 175.703
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 2 through 181)
d_2ens_1(chain "B" and resid 2 through 181)
d_3ens_1(chain "C" and resid 2 through 181)
d_4ens_1(chain "D" and resid 2 through 181)
d_5ens_1chain "E"
d_1ens_2(chain "G" and (resid 2 through 120 or resid 127 through 175))
d_2ens_2(chain "H" and (resid 2 through 120 or resid 127 through 175))
d_3ens_2(chain "I" and (resid 2 through 120 or resid 127 through 175))
d_4ens_2(chain "K" and resid 2 through 175)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPASPPHEPHEAJ2 - 1812 - 181
d_21ens_1ASPASPPHEPHEBD2 - 1812 - 181
d_31ens_1ASPASPPHEPHECC2 - 1812 - 181
d_41ens_1ASPASPPHEPHEDB2 - 1812 - 181
d_51ens_1ASPASPPHEPHEEE2 - 1812 - 181
d_11ens_2SERSERMSEMSEGA2 - 1202 - 120
d_12ens_2LYSLYSVALVALGA127 - 175127 - 175
d_21ens_2SERSERMSEMSEHF2 - 1202 - 120
d_22ens_2LYSLYSVALVALHF127 - 175127 - 175
d_31ens_2SERSERMSEMSEIG2 - 1202 - 120
d_32ens_2LYSLYSVALVALIG127 - 175127 - 175
d_41ens_2SERSERVALVALKH2 - 1752 - 175

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.311734195671, 0.392027130053, -0.86552673012), (-0.322429315492, 0.900513194518, 0.291745305036), (0.893790315321, 0.188124203126, 0.407121795581)34.9011028693, 33.9237000495, -51.852344927
2given(-0.807848946441, 0.2999562645, -0.507352263345), (-0.152731832758, 0.724865229881, 0.671746518988), (0.569256591526, 0.620158558674, -0.539768742247)104.686819564, 40.3815796244, -35.9740150094
3given(-0.810420129326, -0.155158912192, 0.564929133565), (0.328889197996, 0.677507304993, 0.657887336193), (-0.484820698221, 0.718964229742, -0.498035467539)114.740915406, 24.9589684541, 28.2736027268
4given(0.36517382364, -0.398918410275, 0.84113743257), (0.481252414988, 0.854332702211, 0.196244100552), (-0.796896600317, 0.333136212196, 0.503960387856)51.5437687093, 24.415357657, 58.5933243529
5given(-0.569485270503, -0.272889007442, 0.775382561255), (0.36277634297, 0.763013842011, 0.534979627538), (-0.737617686652, 0.585953467877, -0.335527468058)100.830967613, -18.5198885807, 33.3502829869
6given(0.347888792693, 0.405763905319, -0.845179886804), (-0.386036465561, 0.883519452497, 0.265271981778), (0.854370666149, 0.233985106789, 0.464006179512)32.2999518029, 38.8274769502, -54.3177548969
7given(-0.772540490195, 0.303704028041, -0.557624474321), (-0.223901890542, 0.691491293076, 0.686809824487), (0.594179378994, 0.655441572492, -0.466205116475)104.881171457, 45.1218016117, -41.2920126168

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要素

#1: タンパク質
CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p12


分子量: 21078.756 Da / 分子数: 4 / 変異: H7G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFLAR, CASH, CASP8AP1, CLARP, MRIT / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O15519
#2: タンパク質
Caspase-8 / CASP-8 / Apoptotic cysteine protease / Apoptotic protease Mch-5 / CAP4 / FADD-homologous ICE/ced-3- ...CASP-8 / Apoptotic cysteine protease / Apoptotic protease Mch-5 / CAP4 / FADD-homologous ICE/ced-3-like protease / FADD-like ICE / FLICE / ICE-like apoptotic protease 5 / MORT1-associated ced-3 homolog / MACH


分子量: 22339.715 Da / 分子数: 5 / 変異: F122G,L123G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP8, MCH5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14790, caspase-8
#3: タンパク質 FAS-associated death domain protein / FAS-associating death domain-containing protein / Growth-inhibiting gene 3 protein / Mediator of ...FAS-associating death domain-containing protein / Growth-inhibiting gene 3 protein / Mediator of receptor induced toxicity


分子量: 24534.912 Da / 分子数: 1 / 変異: H9G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FADD, MORT1, GIG3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13158
#4: 化合物 ChemComp-SE / SELENIUM ATOM / セレン化水素


分子量: 78.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Se
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, TBG, PEG8000, TCEP, sodium chloride / PH範囲: 7-9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97939 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→30 Å / Num. obs: 44899 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 101.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 20.228
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.32-3.4410.70.55444400.9550.9880.1750.5821.09100
3.44-3.5810.70.37344580.9830.9960.1180.3921.093100
3.58-3.7410.60.28344590.9860.9970.0890.2971.116100
3.74-3.9410.50.19544700.9930.9980.0620.2041.119100
3.94-4.1810.10.13444530.9960.9990.0440.1411.09100
4.18-4.59.80.11744720.9960.9990.0390.1231.17599.9
4.5-4.959.30.09845170.9970.9990.0340.1041.30999.8
4.95-5.679.30.10445020.9950.9990.0350.111.5899.6
5.67-7.1290.11145440.9940.9990.0380.1172.28899.3
7.12-306.50.07645840.9930.9980.0330.0844.90496.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.32→29.81 Å / SU ML: 0.4268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.4882
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2311 2197 4.91 %5
Rwork0.1939 42575 --
obs0.1957 44772 99.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 112.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.32→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13821 0 1 0 13822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001713962
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.428118690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03582154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00272387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.18741846
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2JAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.13365277301
ens_1d_3JAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.11025999984
ens_1d_4JAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.1139224139
ens_1d_5JAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.2302074176
ens_2d_2AGX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.26311598066
ens_2d_3AGX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.21138443248
ens_2d_4AGX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.14878325927
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.32-3.390.39341220.32212580X-RAY DIFFRACTION97.33
3.39-3.470.33861100.28572654X-RAY DIFFRACTION99.75
3.47-3.560.33861450.24842666X-RAY DIFFRACTION99.75
3.56-3.650.26851370.22772630X-RAY DIFFRACTION99.89
3.65-3.760.29381550.22812607X-RAY DIFFRACTION99.78
3.76-3.880.26971160.22342672X-RAY DIFFRACTION99.82
3.88-4.020.23761420.20572657X-RAY DIFFRACTION99.93
4.02-4.180.21541350.17592661X-RAY DIFFRACTION99.82
4.18-4.370.23431450.18242653X-RAY DIFFRACTION99.93
4.37-4.60.20691590.17232642X-RAY DIFFRACTION99.82
4.6-4.890.22271480.1682657X-RAY DIFFRACTION99.72
4.89-5.260.23861440.17512666X-RAY DIFFRACTION99.57
5.26-5.790.24811130.2092711X-RAY DIFFRACTION99.51
5.79-6.620.26361370.22492693X-RAY DIFFRACTION99.3
6.62-8.310.20611370.19722717X-RAY DIFFRACTION98.28
8.31-29.810.18061520.15632709X-RAY DIFFRACTION95.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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