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万見
- PDB-8ycv: HosA transcriptional regulator from enteropathogenic Escherichia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ycv
タイトルHosA transcriptional regulator from enteropathogenic Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69) bound with 4-hydroxy benzoic acid - Conformation II at 2.16 angstrom resolution (STARANISO processed)
要素Transcriptional regulator HosA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Antibiotic resistance / MarR transcription factor / HosA / Enteropathogenic Escherichia coli / Paraben
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / P-HYDROXYBENZOIC ACID / Transcriptional regulator HosA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Brito, J.A. / Goswami, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HosA transcriptional regulator from enteropathogenic Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69) bound with 4-hydroxy benzoic acid - Conformation II at 2.16 angstrom resolution (Staraniso processed)
著者: Brito, J.A. / Goswami, A.
履歴
登録2024年2月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator HosA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9424
ポリマ－16,5921
非ポリマー3503
水91951
1
A: Transcriptional regulator HosA
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator HosA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8858
ポリマ－33,1842
非ポリマー7016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.169, 67.169, 95.104
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Space group name HallP4cw2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator HosA


分子量: 16592.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HosA protein
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: hosA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P69782
#2: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.04 % / 解説: Rod shaped
結晶化温度: 277.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.2
詳細: Sodium phosphate dibasic/ Potassium phosphate monobasic, Sodium chloride, PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→67.17 Å / Num. obs: 8907 / % possible obs: 73.2 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 30.44 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.16→2.33 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.022 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 445 / CC1/2: 0.46 / Rpim(I) all: 0.553 / Rrim(I) all: 1.172 / % possible all: 19.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5 (20240123)data processing
XDSVERSION Jun 30, 2023 BUILT=20230630データ削減
Aimless0.7.15データスケーリング
STARANISO2.4.9 (20231025)データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.8.92モデル構築
PHENIX1.21rc1_4903精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→67.17 Å / SU ML: 0.3176 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.8081
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 463 5.2 %
Rwork0.2018 8442 -
obs0.2035 8905 73.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→67.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1071 0 24 51 1146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00271110
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49951486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0332161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3608427
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.480.3218470.29111102X-RAY DIFFRACTION29.09
2.48-3.120.28881640.23813384X-RAY DIFFRACTION88.81
3.12-67.170.20912520.17993956X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.68494535219-0.0639883218768-1.483771562182.326133172461.684149659845.7730828984-0.161264126130.1546754639-0.0558923964615-0.00535702950346-0.1646999087920.361758391472-0.24895721767-0.5914712225760.3299299450680.2928331737460.0492476390141-0.06185106181990.1787986649310.01538439516250.306249445316-38.7235517671-16.6211813521-3.84223666302
21.90336741659-0.661064963812-0.5870761886082.323611539280.8056958630224.79130806789-0.255526218094-0.1677503979360.07555995519720.02410247254690.133767259075-0.363814981673-0.2235901622551.283390786730.09408896287430.249839058689-0.0515220402678-0.02379399051420.4286372392880.06261742644620.244525789373-18.8214813227-21.3018471491-8.91951385747
32.24030766131-1.06604507215-0.7755381496385.095757987532.993835636653.37410700584-0.370729896191-0.139592949134-0.3356756467280.281089111188-0.2300678410320.4569741555260.6015515270550.3168097302160.2561884948270.3068149346680.1298280320030.1429779902440.324497036180.1610355421770.500653106824-21.6664395121-31.5805828936-7.15747058668
44.59072355954-0.6683946969830.4911818671451.619649088940.6256141584351.34600800108-0.190548988244-0.330356558494-0.2621080063650.1945319284-0.1120833556940.1905656665010.2847733421310.5588268246380.1661473156220.2896322937670.1408548892320.1198813862820.6889345631320.08224199213490.396794392222-15.7861979836-31.6423832594-14.8196412766
51.125771757410.484182795524-0.6851964158221.50227348931-0.8639729660970.667438487022-0.1515062894270.626033147933-0.425303488529-0.304897298903-0.153030619904-0.2983342396620.4457035065740.6386813964520.4025177102050.5042094089280.29840676110.1315290819611.133110318630.08605236255110.470423044074-4.67189416138-33.0842401512-4.47222043172
60.5196680121010.314410320307-0.309311512121.943958854850.9303751566732.87868176718-0.202066480895-0.0997867199658-0.206323014025-0.365037598203-0.009200604537750.157332891762-0.4630390079160.4482214477370.1634105250780.323750075531-0.0140058211271-0.02641583067160.2579450375770.07156070474140.203254760874-26.3965745276-18.571779454-16.7578793309
72.62880327215-0.4707922029110.4237448040550.682211535828-1.577878925933.841585627890.3745352147580.2014747832270.10855719891-0.352536498184-0.325351125238-0.488178348099-0.5728663209870.185646433092-0.06897642698820.5447538546730.01854085586390.05167572551330.145437963705-0.02332640239470.441062241776-28.9705291942-2.01758574794-2.21376867326
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 30 )2 - 301 - 29
22chain 'A' and (resid 31 through 58 )31 - 5830 - 57
33chain 'A' and (resid 59 through 71 )59 - 7158 - 70
44chain 'A' and (resid 72 through 79 )72 - 7971 - 78
55chain 'A' and (resid 80 through 86 )80 - 8679 - 85
66chain 'A' and (resid 87 through 116 )87 - 11686 - 115
77chain 'A' and (resid 117 through 134 )117 - 134116 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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