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万見
- PDB-8xzu: HosA transcriptional regulator from enteropathogenic Escherichia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xzu
タイトルHosA transcriptional regulator from enteropathogenic Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69) bound with 4-hydroxy benzoic acid - Conformation II at 2.33 angstrom resolution
要素Transcriptional regulator HosA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Antibiotic resistance / MarR transcription factor / HosA / Enteropathogenic Escherichia coli / Paraben
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / P-HYDROXYBENZOIC ACID / Transcriptional regulator HosA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Manjunath, K. / Goswami, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Not funded インド
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Horizontally acquired HosA transcription factor bound with 4-hydroxy-benzoic acid exhibits unique tug-of-water dynamics.
著者: Goswami, A. / Ullah, S. / Brito, J.A.
履歴
登録2024年1月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator HosA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8363
ポリマ－16,5921
非ポリマー2442
水50428
1
A: Transcriptional regulator HosA
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator HosA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6736
ポリマ－33,1842
非ポリマー4884
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.290, 67.290, 95.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator HosA


分子量: 16592.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HosA protein
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌)
遺伝子: hosA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P69782
#2: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.24 % / 解説: Rod shaped
結晶化温度: 277.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.2
詳細: Sodium phosphate dibasic/ Potassium phosphate monobasic, Sodium chloride, PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→67.29 Å / Num. obs: 9878 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 33.527 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.18 / Χ2: 0.92 / Net I/av σ(I): 10.5 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 1.524 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 933 / CC1/2: 0.543 / Rpim(I) all: 0.545 / Rrim(I) all: 1.621 / Χ2: 0.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
Aimless0.7.13データスケーリング
iMOSFLM7.4.0データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→67.29 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: TLS refinement and pdb redo were used in intermediate steps of refinement. Last refinement was from Phenix.refine only.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2534 985 10 %Random selection
Rwork0.2342 ---
obs0.2364 9848 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→67.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1051 0 17 28 1096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0011091
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3971468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.716150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002192
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.460.36581360.32631222X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.610.33871360.29481229X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.810.28371390.28951247X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.090.29391380.2631246X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.540.28551420.22941270X-RAY DIFFRACTION100
3.54-4.460.22561410.2051278X-RAY DIFFRACTION100
4.47-67.290.20141530.20791371X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6012-0.61041.87462.3691-1.38474.9331-0.3073-0.13270.37760.07970.0820.0058-0.1218-0.57820.22070.2643-0.01560.01590.2817-0.04550.2749-6.7369-11.2869-7.3324
21.0774-0.7206-0.78682.09510.42840.5792-0.4796-1.32821.05220.42650.592-0.0999-0.3099-0.7816-0.03270.44050.2148-0.19171.3374-0.24190.6071-25.0048-2.9889-9.2739
31.2787-1.09281.31813.1683-1.18443.18780.28660.2254-0.3437-0.6257-0.09690.18680.9970.1691-0.2150.4775-0.02670.03240.2539-0.01480.3902-3.5336-24.2622-10.5483
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 79 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 80 through 92 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 134 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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