PDB-8ycp: structure of human trpv1 in complex with BC5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ycp

タイトル

structure of human trpv1 in complex with BC5

要素

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ION CHANNEL / CRYO-EM

機能・相同性

機能・相同性情報

chemosensory behavior / response to capsazepine / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / temperature-gated ion channel activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / smooth muscle contraction involved in micturition / fever generation / detection of temperature stimulus involved in thermoception ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Ke, B.W. / Hu, S.L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sequential multitarget modulation: Developing Ultra-long-acting sensory-specific local anesthetics for postoperative pain
著者: Hu, S.L. / Wenrui, G.

履歴

登録	2024年2月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年1月29日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年1月29日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年1月29日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月18日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.1	2025年6月18日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ycp.cif.gz	444.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ycp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ycp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ycp_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ycp_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8ycp_validation.xml.gz	73 KB	表示
CIF形式データ	8ycp_validation.cif.gz	110 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/8ycp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/8ycp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	39151MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (3) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

ヘテロ分子

306 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 / TrpV1 / Capsaicin receptor / Osm-9-like TRP channel 1 / OTRPC1 / Vanilloid receptor 1 分子量: 75308.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPV1, VR1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NER1
#2: 化合物	ChemComp-A1LZ2 / (1~{R},2~{S})-1-butyl-~{N}-(2,6-dimethylphenyl)-1-[5-[(2~{S})-2-[(2,6-dimethylphenyl)carbamoyl]piperidin-1-yl]pentyl]piperidin-1-ium-2-carboxamide 分子量: 589.874 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₅₇N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE 分子量: 717.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₇₆NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: BC5 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 1.14 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 729166 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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