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万見
- PDB-8ybm: Crystal structure of nanobody SEB-Nb6 bound to staphylococcal ent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ybm
タイトルCrystal structure of nanobody SEB-Nb6 bound to staphylococcal enterotoxin B (SEB)
要素
  • Enterotoxin type B
  • nanobody SEB-Nb6
キーワードANTITOXIN / antibody / nanobody / toxin / staphylococcal enterotoxin B (SEB)
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / Enterotoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Enterotoxin type B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Ding, Y. / Zong, X. / Liu, R. / Liu, P.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA0805200 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070939 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82030106 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the binding of nanobodies to the Staphylococcal enterotoxin B.
著者: Zong, X. / Liu, P. / Wang, Z. / Zhu, H. / Zhong, C. / Zhong, P. / Jiang, H. / Liu, J. / Ma, Z. / Liu, X. / Liu, R. / Ding, Y.
履歴
登録2024年2月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月1日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enterotoxin type B
B: nanobody SEB-Nb6
C: Enterotoxin type B
D: nanobody SEB-Nb6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9354
ポリマ－84,9354
非ポリマー00
水4,612256
1
A: Enterotoxin type B
B: nanobody SEB-Nb6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4682
ポリマ－42,4682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Enterotoxin type B
D: nanobody SEB-Nb6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4682
ポリマ－42,4682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.199, 85.588, 176.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Enterotoxin type B


分子量: 28542.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: entB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01552
#2: 抗体 nanobody SEB-Nb6


分子量: 13925.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 2% v/v 1,4-Dioxane, 0.1 M Tris pH 8.0, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→88.25 Å / Num. obs: 47585 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Rpim(I) all: 0.12 / Rrim(I) all: 0.323 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 352444
反射 シェル解像度: 2.04→2.15 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 2.387 / Num. measured all: 51512 / Num. unique obs: 6805 / CC1/2: 0.363 / Rpim(I) all: 0.953 / Rrim(I) all: 2.574 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
XDSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→88.25 Å / SU B: 13.351 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25891 2239 4.8 %RANDOM
Rwork0.21307 ---
obs0.21524 44856 98.76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2---1.56 Å20 Å2
3---1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→88.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5589 0 0 256 5845

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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