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万見
- PDB-8yav: Crystal structure of glucose 1-dehydrogenase from Limosilactobaci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yav
タイトルCrystal structure of glucose 1-dehydrogenase from Limosilactobacillus fermentum
要素SDR family oxidoreductase
キーワードHYDROLASE / glucose 1-dehydrogenase
機能・相同性PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / SDR family oxidoreductase
機能・相同性情報
生物種Limosilactobacillus fermentum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Cong, L. / Wang, J.J. / Wei, H.L. / Liu, W.D. / You, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Scholarship Council 中国
引用ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2024
タイトル: Structure-Guided Engineering of a Short-Chain Dehydrogenase LfSDR1 for Efficient Biosynthesis of (R)-9-(2-Hydroxypropyl)adenine, the Key Intermediate of Tenofovir.
著者: Wang, Q. / Cong, L. / Guo, J. / Wang, J. / Han, X. / Zhang, W. / Liu, W. / Wei, H. / You, S.
履歴
登録2024年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SDR family oxidoreductase
B: SDR family oxidoreductase
C: SDR family oxidoreductase
D: SDR family oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,3406
ポリマ－105,2924
非ポリマー492
水10,052558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12820 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area33300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.851, 58.079, 73.072
Angle α, β, γ (deg.)70.580, 83.460, 78.360
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
SDR family oxidoreductase


分子量: 26322.930 Da / 分子数: 4 / 変異: G146D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Limosilactobacillus fermentum (バクテリア)
遺伝子: GC247_10055 / プラスミド: pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A843R2C6
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 0.05M CaCl2, 43% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→42.97 Å / Num. obs: 85496 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 20.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4143 / CC1/2: 0.855 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7P7Y

7p7y


解像度: 1.75→42.97 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.46 / 位相誤差: 23.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 1997 2.34 %
Rwork0.1891 83470 -
obs0.1898 85467 96.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.98 Å2 / Biso mean: 24.5888 Å2 / Biso min: 7.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→42.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7356 0 2 558 7916
Biso mean--16.63 33.08 -
残基数----984
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.810.34671970.33667889808692
1.81-1.890.34141810.25558319850096
1.89-1.970.26591980.21358311850996
1.97-2.080.22062030.20338309851296
2.08-2.210.23522020.20298374857697
2.21-2.380.22742000.19318366856697
2.38-2.610.24012060.18998424863097
2.61-2.990.21322010.18698439864098
2.99-3.770.19482010.16688510871198
3.77-42.970.17312080.1658529873799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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