PDB-8ya1: HEN EGG WHITE LYSOZYME

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ya1

タイトル

HEN EGG WHITE LYSOZYME

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / LYSOZYME / HEN EGG WHITE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Zhang, C.Y. / Xu, Q. / Wang, W.W. / Zhou, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic data collection using a multilayer monochromator on an undulator beamline at SSRF
著者: Zhang, C.Y. / Xu, Q. / Wang, W.W. / Liang, M. / Yu, L. / Li, M.J. / Zhu, Z.M. / Huang, L.Q. / Li, Q.H. / Yu, F. / Wang, Y.Z. / Zhou, H. / Wang, Q.S.

履歴

登録	2024年2月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ya1.cif.gz	67.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ya1.ent.gz	48.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ya1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/8ya1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/8ya1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8y9vC 8y9wC 8ya4C 8ya5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.258, 78.258, 36.808
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-258- HOH
2	1	A-282- HOH
3	1	A-335- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.44 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 6% sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17UM / 波長: 0.924 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→39.13 Å / Num. obs: 16608 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I): 30.9 / Num. measured all: 311955
反射シェル	解像度: 1.57→1.59 Å / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 18.2 % / R_merge(I) obs: 0.639 / Num. measured all: 14320 / Num. unique obs: 788 / CC_1/2: 0.94 / R_pim(I) all: 0.152 / R_rim(I) all: 0.658 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 5.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.57→39.13 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2133	1657	10 %
R_work	0.1925	-	-
obs	0.1947	16564	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→39.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	0	138	1139

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1021
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.114	1381
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.045	143
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	144
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	181

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.61	0.2765	132	0.2369	1189	X-RAY DIFFRACTION	98
1.61-1.67	0.2778	137	0.2055	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.73	0.232	134	0.2094	1192	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.2308	136	0.2093	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.88	0.2428	135	0.1997	1222	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.97	0.2229	137	0.1953	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.1	0.2324	136	0.2009	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.26	0.2604	138	0.1902	1236	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.49	0.2248	139	0.1872	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.85	0.2317	139	0.2044	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.59	0.1874	143	0.1779	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-39.13	0.1809	151	0.1879	1361	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9843	-0.3847	0.3616	2.2674	-0.6619	3.6355	0.0956	0.1626	-0.3824	-0.3187	-0.0805	-0.0872	0.3156	0.4635	0.0185	0.2594	0.0378	0.0073	0.2054	-0.0501	0.2244	-16.5033	-6.7838	-18.319
2	4.7022	-0.089	1.8694	1.8289	-0.353	1.0545	0.19	-0.1555	-0.7586	-0.0306	-0.0697	0.231	0.4983	0.1005	-0.2616	0.3246	-0.0168	-0.0315	0.1484	0.0186	0.2491	-23.4831	-11.4861	-7.19
3	0.906	0.5833	-0.1787	0.6453	0.0289	0.4627	-0.0495	0.0306	0.1085	-0.0594	0.0483	0.0847	-0.0157	-0.0828	0.005	0.1792	-0.0095	-0.0038	0.1538	-0.015	0.179	-21.7358	0.2952	-14.9281
4	2.6247	0.1789	-0.4998	2.8896	-0.0115	5.9053	0.4015	-0.1684	0.815	0.1282	0.185	-0.104	-0.3685	-0.4126	-0.3273	0.2361	0.0122	0.0575	0.2324	-0.0493	0.2587	-19.5215	14.4262	-4.2686
5	1.9618	0.6086	0.7194	2.4962	-0.828	1.1568	0.1009	-0.2782	0.1029	0.2211	-0.1812	0.0579	0.0076	-0.0721	0.144	0.2119	-0.0292	0.0103	0.2039	-0.0167	0.1716	-16.4942	6.9325	-2.1094
6	0.0635	0.4612	-0.0319	5.5991	0.5006	0.1923	0.0157	-0.3705	-0.0442	0.7549	-0.094	-0.3431	0.0737	0.0467	0.2415	0.3452	-0.0373	-0.0444	0.3022	0.003	0.225	-13.7626	4.9122	4.9601
7	1.0301	0.7866	0.1702	1.2694	-0.1005	0.3605	0.0208	-0.0236	-0.2762	-0.1094	-0.0959	-0.2617	0.1646	0.2341	0.0282	0.2139	0.0116	0.0028	0.1881	0.0144	0.2316	-13.4468	-2.0486	-5.8104
8	2.0518	0.1669	1.3788	2.2964	-0.5324	4.5221	-0	-0.3016	0.2201	0.2951	-0.0657	0.0736	-0.6679	-0.2938	-0.0447	0.2017	-0.0064	0.0002	0.1544	-0.017	0.1823	-29.3649	0.0872	-5.2347
9	4.0958	-1.248	-1.7859	2.8558	1.9352	4.3992	-0.1697	0.3526	-0.6427	-0.1224	-0.0399	0.0043	0.8598	-0.1545	-0.0416	0.3968	-0.0201	0.0015	0.2382	-0.053	0.2781	-28.5938	-8.8453	-19.5718

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 24 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 42 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 43 through 50 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 51 through 68 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 69 through 78 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 79 through 99 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 100 through 114 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 115 through 129 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)