PDB-8y9v: ZIKV NS2B/NS3 protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y9v

タイトル

ZIKV NS2B/NS3 protease

要素

(Serine protease NS3) x 2
DAR-LYS-ORN-ARG
Serine protease subunit NS2B

キーワード

HYDROLASE / ZIKV / NS2B/NS3 protease

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhang, C.Y. / Xu, Q. / Wang, W.W. / Zhou, H. / Wang, Q.S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic data collection using a multilayer monochromator on an undulator beamline at SSRF
著者: Zhang, C.Y. / Xu, Q. / Liang, M. / Yu, L. / Li, M.J. / Zhu, Z.M. / Huang, L.Q. / Li, Q.H. / Yu, F. / Wang, Y.Z. / Zhou, H. / Wang, Q.S.

履歴

登録	2024年2月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y9v.cif.gz	165.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y9v.ent.gz	130 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y9v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/8y9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/8y9v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8y9wC 8ya1C 8ya4C 8ya5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (43) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (43) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine protease subunit NS2B

B: Serine protease NS3

C: Serine protease subunit NS2B

D: Serine protease NS3

E: DAR-LYS-ORN-ARG

45.9 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine protease subunit NS2B

B: Serine protease NS3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
22.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Serine protease subunit NS2B

D: Serine protease NS3

E: DAR-LYS-ORN-ARG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.753, 59.753, 213.594
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Serine protease subunit NS2B 分子量: 5865.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H8XX12
#2: タンパク質	Serine protease NS3 / Flavivirin protease NS3 catalytic subunit / Non-structural protein 3 分子量: 16354.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#3: タンパク質	Serine protease NS3 / Flavivirin protease NS3 catalytic subunit / Non-structural protein 3 分子量: 17285.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#4: タンパク質・ペプチド	DAR-LYS-ORN-ARG 分子量: 575.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG 20% 2000, ammonium sulfate 0.2 M, sodium acetate trihydrate 0.1 M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17UM / 波長: 0.924 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→45.77 Å / Num. obs: 31750 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 24.8 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.527 / R_pim(I) all: 0.108 / R_rim(I) all: 0.539 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 787827
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 22 % / R_merge(I) obs: 6.765 / Num. measured all: 42472 / Num. unique obs: 1929 / CC_1/2: 0.057 / R_pim(I) all: 1.456 / R_rim(I) all: 6.933 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→45.77 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	1992	6.31 %
R_work	0.217	-	-
obs	0.219	31573	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2904	0	0	163	3067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2956
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	4003
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.084	417
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	516

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.3673	129	0.3633	1957	X-RAY DIFFRACTION	93
1.95-2	0.3615	140	0.3177	2085	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.06	0.3108	140	0.292	2074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.12	0.3373	140	0.2943	2070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.2	0.2906	140	0.2581	2074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.29	0.3103	140	0.2751	2078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.39	0.2771	143	0.2328	2112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.52	0.2939	141	0.2388	2085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.68	0.2522	142	0.24	2107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.88	0.25	143	0.2229	2118	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.17	0.2673	144	0.2029	2136	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.63	0.2313	145	0.1885	2139	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-4.57	0.189	148	0.1605	2193	X-RAY DIFFRACTION	100
4.57-45.77	0.2036	157	0.193	2353	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9027	-1.937	2.315	6.4198	1.2849	3.5618	-0.2562	0.4613	-0.6344	-0.3421	0.0072	1.6692	1.0052	-0.5713	-0.2593	0.8209	-0.0922	-0.1406	0.3014	0.011	0.4906	7.2135	-31.6954	-12.6963
2	2.5864	1.8288	-0.1112	2.7555	2.1385	3.1286	0.1226	0.9178	-0.2706	-0.9723	0.3494	0.0438	-0.0869	-0.1539	-0.1225	0.3945	0.075	-0.0117	0.3248	-0.0598	0.3238	18.9001	-21.8428	-28.289
3	4.3226	-3.2256	-2.0356	7.7869	6.1603	9.444	-0.0898	0.8825	0.3232	-0.7348	0.2409	-0.0618	0.197	0.5128	-0.342	0.4503	-0.0128	-0.0533	0.4419	0.0092	0.3762	10.0584	-4.4596	-28.0524
4	1.5835	0.3098	0.4634	3.3852	-0.7323	2.7545	-0.417	-1.0118	0.3864	0.7328	0.3288	-0.2084	-0.5505	-0.0215	-0.258	0.4495	0.1591	-0.0182	0.4407	-0.0183	0.2954	4.6322	-3.045	-8.5434
5	2.0603	-1.7532	1.3343	1.6182	-1.0327	1.8594	0.1673	0.6297	-1.0806	-0.3145	-0.1136	-0.0244	0.0505	0.1713	0.0488	0.4702	-0.095	-0.1297	0.2496	-0.0347	0.4298	16.089	-31.2813	-16.6819
6	1.8158	0.0723	0.8168	2.3184	-0.1608	4.1115	0.1281	-0.1829	-0.2018	0.0861	0.0403	-0.0101	0.6341	-0.034	-0.1239	0.2657	0.0187	-0.0374	0.2491	0.0272	0.2089	12.9563	-22.4857	-8.238
7	1.7534	-1.0811	0.5054	3.4195	-1.3367	2.3807	-0.0309	0.2093	0.0874	-0.2148	-0.059	0.0342	-0.0629	0.1514	0.0775	0.2154	0.0021	0.0033	0.2031	-0.0028	0.2029	15.5542	-12.8563	-21.6128
8	3.3037	-1.2065	0.0464	1.4408	0.0197	2.8591	-0.0233	-0.005	0.2813	-0.1682	-0.0025	-0.2166	-0.0381	0.0066	0.0308	0.195	-0.031	-0.0297	0.1765	0.0155	0.2065	10.0924	-10.0363	-19.622
9	1.5706	-0.7768	0.593	2.8704	-0.1935	1.0529	-0.6484	-1.6171	0.1645	0.8837	0.1143	-0.9735	-0.2315	1.0213	0.3563	0.3236	0.0428	-0.1397	0.7626	0.0541	0.3576	22.7801	-13.373	-8.7484
10	7.2415	2.5115	5.2969	3.4516	1.249	4.0048	0.0843	-0.3886	-0.5773	-0.2461	0.0127	0.1705	0.1808	-0.2434	-0.0427	1.5464	0.1082	0.3988	0.6253	0.0223	1.6193	1.4201	-12.3853	-14.5583
11	2.7212	-0.3244	0.1525	6.7519	0.8991	5.7664	0.1908	-0.0322	-0.0853	0.0323	-0.0287	0.3234	0.2401	-0.8301	-0.0403	0.1722	-0.0027	0.0309	0.3169	0.0689	0.3089	4.8726	-19.8024	19.0115
12	4.479	-3.8037	1.1758	3.6801	-0.5666	0.8288	-0.9041	-2.3129	-0.7814	1.5382	1.1452	0.8338	0.5202	-1.2898	-0.0709	0.6251	0.1131	0.0284	0.6899	-0.0359	0.3933	21.0603	-13.4848	31.9481
13	2.2175	-0.7585	0.6183	2.2106	0.6848	3.6598	0.3407	0.3313	-0.3474	-0.2808	0.0258	-0.432	0.3717	0.5237	-0.2771	0.3251	0.0859	-0.0297	0.3575	0.003	0.2971	33.6245	-23.8217	11.6651
14	2.1803	-0.6285	-0.1209	1.7885	-1.7146	3.8689	-0.0255	0.2676	-0.2666	-0.2023	0.0627	0.3049	0.0842	-0.4863	-0.0249	0.184	0.0077	-0.0296	0.2846	0.004	0.2309	7.7541	-19.9155	12.2643
15	1.7088	-0.0894	0.6263	0.1823	0.0005	1.7287	-0.1341	-0.0565	0.1289	0.041	-0.0004	-0.1213	-0.3994	-0.0547	0.1214	0.2736	0.0506	-0.0137	0.1978	0.0319	0.2551	20.0004	-12.522	12.0563
16	2.74	0.4896	1.0044	2.6517	-0.3426	2.0672	0.1357	-0.1191	0.0974	0.1873	-0.1115	-0.0188	-0.2352	0.0791	0.0309	0.194	0.0169	-0.0004	0.2069	0.0218	0.1891	22.8606	-18.1106	21.1289
17	5.2302	0.0642	0.1826	2.0189	1.8261	3.9798	0.3289	-0.0937	-0.5685	-0.1437	-0.2503	0.2091	0.372	0.3435	-0.0578	0.2128	-0.0092	-0.008	0.2757	0.0525	0.2512	26.2342	-20.7207	15.8195

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 7 through 11 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 12 through 21 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 22 through 31 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 32 through 44 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 13 through 34 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 35 through 79 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 80 through 118 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 119 through 163 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 164 through 173 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 2 through 4 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 7 through 16 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 17 through 26 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 27 through 45 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 18 through 71 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 72 through 94 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 95 through 155 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 156 through 170 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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