+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8y9v | ||||||
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Title | ZIKV NS2B/NS3 protease | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / ZIKV / NS2B/NS3 protease | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Zika virus synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Zhang, C.Y. / Xu, Q. / Wang, W.W. / Zhou, H. / Wang, Q.S. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystallographic data collection using a multilayer monochromator on an undulator beamline at SSRF Authors: Zhang, C.Y. / Xu, Q. / Liang, M. / Yu, L. / Li, M.J. / Zhu, Z.M. / Huang, L.Q. / Li, Q.H. / Yu, F. / Wang, Y.Z. / Zhou, H. / Wang, Q.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8y9v.cif.gz | 165.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8y9v.ent.gz | 130 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8y9v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8y9v_validation.pdf.gz | 465.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8y9v_full_validation.pdf.gz | 470.2 KB | Display | |
Data in XML | 8y9v_validation.xml.gz | 17.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8y9v_validation.cif.gz | 24.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/8y9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/8y9v | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8y9wC 8ya1C 8ya4C 8ya5C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 5865.384 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zika virus / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: H8XX12 #2: Protein | | Mass: 16354.611 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zika virus / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase #3: Protein | | Mass: 17285.611 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zika virus / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase #4: Protein/peptide | | Mass: 575.728 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: PEG 20% 2000, ammonium sulfate 0.2 M, sodium acetate trihydrate 0.1 M |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17UM / Wavelength: 0.924 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 17, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.924 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→45.77 Å / Num. obs: 31750 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 24.8 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.527 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.539 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 787827 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.94 Å / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 22 % / Rmerge(I) obs: 6.765 / Num. measured all: 42472 / Num. unique obs: 1929 / CC1/2: 0.057 / Rpim(I) all: 1.456 / Rrim(I) all: 6.933 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 0.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→45.77 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.63 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→45.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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