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万見
- PDB-8y9j: Structure of the Ebola virus nucleocapsid subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y9j
タイトルStructure of the Ebola virus nucleocapsid subunit
要素
  • Membrane-associated protein VP24
  • Nucleoprotein
  • RNA (12-MER)
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / Complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endomembrane system / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral budding from plasma membrane / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex ...host cell endomembrane system / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral budding from plasma membrane / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Filovirus membrane-associated VP24 / Filovirus membrane-associated protein VP24 / Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Nucleoprotein / Membrane-associated protein VP24
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Fujita-Fujiharu, Y. / Hu, S. / Hirabayashi, A. / Takamatsu, Y. / Ng, Y. / Houri, K. / Muramoto, Y. / Nakano, M. / Sugita, Y. / Noda, T.
資金援助 日本, 14件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21J12207 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22KK0115 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K07059 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K19431 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22KK0115 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K07052 日本
Japan Science and TechnologyJPMJFR214S 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR20HA 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23fm0208101 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22fm0208101 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)22wm0325023h9903 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23fm0208101 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)22fk0108552h0001 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121001 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for Ebola virus nucleocapsid assembly and function regulated by VP24.
著者: Yoko Fujita-Fujiharu / Shangfan Hu / Ai Hirabayashi / Yuki Takamatsu / Yen Ni Ng / Kazuya Houri / Yukiko Muramoto / Masahiro Nakano / Yukihiko Sugita / Takeshi Noda /
要旨: The Ebola virus, a member of the Filoviridae family, causes severe hemorrhagic fever in humans. Filamentous virions contain a helical nucleocapsid responsible for genome transcription, replication, ...The Ebola virus, a member of the Filoviridae family, causes severe hemorrhagic fever in humans. Filamentous virions contain a helical nucleocapsid responsible for genome transcription, replication, and packaging into progeny virions. The nucleocapsid consists of a helical nucleoprotein (NP)-viral genomic RNA complex forming the core structure, to which VP24 and VP35 bind externally. Two NPs, each paired with a VP24 molecule, constitute a repeating unit. However, the detailed nucleocapsid structure remains unclear. Here, we determine the nucleocapsid-like structure within virus-like particles at 4.6 Å resolution using single-particle cryo-electron microscopy. Mutational analysis identifies specific interactions between the two NPs and two VP24s and demonstrates that each of the two VP24s in different orientations distinctively regulates nucleocapsid assembly, viral RNA synthesis, intracellular transport of the nucleocapsid, and infectious virion production. Our findings highlight the sophisticated mechanisms underlying the assembly and functional regulation of the nucleocapsid and provide insights into antiviral development.
履歴
登録2024年2月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年1月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Membrane-associated protein VP24
D: Membrane-associated protein VP24
K: RNA (12-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,9065
ポリマ－226,9065
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Ebola NP / eNP / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 83387.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
遺伝子: NP / プラスミド: pCAGGS / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18272
#2: タンパク質 Membrane-associated protein VP24 / Ebola VP24 / eVP24


分子量: 28250.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
遺伝子: VP24 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05322
#3: RNA鎖 RNA (12-MER)


分子量: 3629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 器官: Kidney
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Zaire ebolavirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T / プラスミド: pCAGGS
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMtris hydroxymethyl aminomethane hydrochlorideTris-HCl1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMethylenediaminetetraacetic acidEDTA1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The total 2.5 microlitre sample was applied to both sides of the glow-discharged grid.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281.15 K
詳細: The sample was applied to both sides of the grid. The grids were blotted for 14 seconds.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5897
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector (CEOS GmbH)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4.0-beta粒子像選択
2SerialEM4画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正
7UCSF ChimeraX1.15モデルフィッティング
9RELION4.0-beta初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.1３次元再構成
13RosettaEMモデル精密化
20PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 263789
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 204348 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16EHM

6ehm

16EHM1PDBexperimental model
25Z9W

5z9w

15Z9W2PDBexperimental model
34M0Q

4m0q

14M0Q3PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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