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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8y85 | |||||||||
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タイトル | Human AE3 with NaHCO3- and DIDS | |||||||||
要素 | Anion exchange protein 3 | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN/INHIBITOR / TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pH reduction / cardiac muscle cell action potential / Bicarbonate transporters / cardiac conduction / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / regulation of cardiac muscle cell action potential / transmembrane transporter activity ...pH reduction / cardiac muscle cell action potential / Bicarbonate transporters / cardiac conduction / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / regulation of cardiac muscle cell action potential / transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / regulation of intracellular pH / transmembrane transport / external side of plasma membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å | |||||||||
データ登録者 | Jian, L. / Zhang, Q. / Yao, D. / Wang, Q. / Xia, Y. / Qin, A. / Cao, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: The structural insight into the functional modulation of human anion exchanger 3. 著者: Liyan Jian / Qing Zhang / Deqiang Yao / Qian Wang / Moxin Chen / Ying Xia / Shaobai Li / Yafeng Shen / Mi Cao / An Qin / Lin Li / Yu Cao / 要旨: Anion exchanger 3 (AE3) is pivotal in regulating intracellular pH across excitable tissues, yet its structural intricacies and functional dynamics remain underexplored compared to other anion ...Anion exchanger 3 (AE3) is pivotal in regulating intracellular pH across excitable tissues, yet its structural intricacies and functional dynamics remain underexplored compared to other anion exchangers. This study unveils the structural insights into human AE3, including the cryo-electron microscopy structures for AE3 transmembrane domains (TMD) and a chimera combining AE3 N-terminal domain (NTD) with AE2 TMD (hAE32). Our analyzes reveal a substrate binding site, an NTD-TMD interlock mechanism, and a preference for an outward-facing conformation. Unlike AE2, which has more robust acid-loading capabilities, AE3's structure, including a less stable inward-facing conformation due to missing key NTD-TMD interactions, contributes to its moderated pH-modulating activity and increased sensitivity to the inhibitor DIDS. These structural differences underline AE3's distinct functional roles in specific tissues and underscore the complex interplay between structural dynamics and functional specificity within the anion exchanger family, enhancing our understanding of the physiological and pathological roles of the anion exchanger family. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8y85.cif.gz | 233.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8y85.ent.gz | 171.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8y85.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/8y85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/8y85 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 135961.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AE3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48751 #2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Anion exchange protein 3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.135 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 968201 / 対称性のタイプ: POINT |