PDB-8y7l: Crystal Structure of Nur77 LBD in complex with N-(2'-(4-hydroxypi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y7l

タイトル

Crystal Structure of Nur77 LBD in complex with N-(2'-(4-hydroxypiperidin-1-yl)-[4,4'-bipyridin]-2-yl)cinnamamide

要素

Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1

キーワード

TRANSCRIPTION / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / macrophage activation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.683 Å

データ登録者

Hong, W.B. / Lin, T.W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2024
タイトル: Discovery of a novel exceptionally potent and orally active Nur77 ligand NB1 with a distinct binding mode for cancer therapy.
著者: Chen, J. / Zhao, T. / Hong, W. / Li, H. / Ao, M. / Zhong, Y. / Chen, X. / Qiu, Y. / Wang, X. / Wu, Z. / Lin, T. / Li, B. / Chen, X. / Fang, M.

履歴

登録	2024年2月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月29日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y7l.cif.gz	108.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y7l.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y7l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8y7l_validation.pdf.gz	726.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8y7l_full_validation.pdf.gz	733.9 KB	表示
XML形式データ	8y7l_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	8y7l_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/8y7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/8y7l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1

B: Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1

ヘテロ分子

53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.781, 76.125, 128.813
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 31 - 267 / Label seq-ID: 2 - 238

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1 / Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR ...Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR / Orphan nuclear receptor TR3 / ST-59 / Testicular receptor 3 分子量: 26504.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A1, GFRP1, HMR, NAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22736
#2: 化合物	ChemComp-A1D59 / (~{E})-~{N}-[4-[2-(4-oxidanylpiperidin-1-yl)pyridin-4-yl]pyridin-2-yl]-3-phenyl-prop-2-enamide 分子量: 400.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₄N₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000, Sodium citrate, Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 21249 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.893 / Net I/σ(I): 4.556
反射シェル	解像度: 2.68→2.73 Å / Num. unique obs: 21249 / CC_1/2: 0.898

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.683→33.944 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / WR_factor R_free: 0.223 / WR_factor R_work: 0.188 / SU B: 9.945 / SU ML: 0.203 / Average fsc free: 0.9152 / Average fsc work: 0.9318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.47 / ESU R Free: 0.285 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2425	1069	5.045 %
R_work	0.2042	20120	-
all	0.206	-	-
obs	-	21189	99.802 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.167 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.108 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.396 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.288 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.683→33.944 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3621	0	30	38	3689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.573	1.642	5106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.258	1.583	8541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.256	5	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.928	21.17	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.938	15	663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.522	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	812
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.182	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.449	3.963	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.442	3.962	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.51	5.926	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.509	5.927	2309
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.837	4.333	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.836	4.336	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.089	6.362	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.088	6.366	2794
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.382	73.177	15332
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.378	73.194	15324
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.13	0.05	6919

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13003	0.05006
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13003	0.05006

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.683-2.753	0.348	70	0.27	1459	X-RAY DIFFRACTION	98.8365
2.753-2.828	0.32	76	0.248	1423	X-RAY DIFFRACTION	99.7339
2.828-2.91	0.259	76	0.238	1369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.999	0.329	84	0.23	1351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.999-3.097	0.316	76	0.237	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.097-3.206	0.274	94	0.218	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
3.206-3.326	0.211	75	0.198	1230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.326-3.462	0.244	52	0.205	1191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.462-3.615	0.244	53	0.205	1128	X-RAY DIFFRACTION	100
3.615-3.791	0.227	59	0.207	1101	X-RAY DIFFRACTION	100
3.791-3.996	0.243	50	0.199	1036	X-RAY DIFFRACTION	100
3.996-4.237	0.185	58	0.185	988	X-RAY DIFFRACTION	100
4.237-4.528	0.199	56	0.164	922	X-RAY DIFFRACTION	100
4.528-4.889	0.189	39	0.162	870	X-RAY DIFFRACTION	100
4.889-5.353	0.185	33	0.175	827	X-RAY DIFFRACTION	100
5.353-5.979	0.259	38	0.192	731	X-RAY DIFFRACTION	100
5.979-6.895	0.337	33	0.224	657	X-RAY DIFFRACTION	100
6.895-8.421	0.169	22	0.169	579	X-RAY DIFFRACTION	100
8.421-11.812	0.177	14	0.157	459	X-RAY DIFFRACTION	99.789
11.812-33.944	0.337	11	0.319	265	X-RAY DIFFRACTION	93.5593

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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