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万見
- PDB-8y6y: GLPG0974-bound human FFA2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y6y
タイトルGLPG0974-bound human FFA2
要素Free fatty acid receptor 2,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acute inflammatory response to non-antigenic stimulus / regulation of peptide hormone secretion / regulation of acute inflammatory response / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / mucosal immune response / Free fatty acid receptors / positive regulation of cytokine production involved in immune response / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / lipid storage / cellular response to fatty acid ...positive regulation of acute inflammatory response to non-antigenic stimulus / regulation of peptide hormone secretion / regulation of acute inflammatory response / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / mucosal immune response / Free fatty acid receptors / positive regulation of cytokine production involved in immune response / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / lipid storage / cellular response to fatty acid / fat cell differentiation / ligand-gated ion channel signaling pathway / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-8 production / cell projection / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / positive regulation of insulin secretion / glucose homeostasis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / heme binding / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
G protein-coupled receptor 40-related receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Free fatty acid receptor 2 / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Kugawa, M. / Kawakami, K. / Kise, R. / Kobayashi, K. / Kojima, A. / Inoue, W. / Fukuda, M. / Inoue, A. / Kato, H.E.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05142 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H04791 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into lipid chain-length selectivity and allosteric regulation of FFA2.
著者: Mai Kugawa / Kouki Kawakami / Ryoji Kise / Carl-Mikael Suomivuori / Masaki Tsujimura / Kazuhiro Kobayashi / Asato Kojima / Wakana J Inoue / Masahiro Fukuda / Toshiki E Matsui / Ayami Fukunaga ...著者: Mai Kugawa / Kouki Kawakami / Ryoji Kise / Carl-Mikael Suomivuori / Masaki Tsujimura / Kazuhiro Kobayashi / Asato Kojima / Wakana J Inoue / Masahiro Fukuda / Toshiki E Matsui / Ayami Fukunaga / Junki Koyanagi / Suhyang Kim / Hisako Ikeda / Keitaro Yamashita / Keisuke Saito / Hiroshi Ishikita / Ron O Dror / Asuka Inoue / Hideaki E Kato /
要旨: The free fatty acid receptor 2 (FFA2) is a G protein-coupled receptor (GPCR) that selectively recognizes short-chain fatty acids to regulate metabolic and immune functions. As a promising therapeutic ...The free fatty acid receptor 2 (FFA2) is a G protein-coupled receptor (GPCR) that selectively recognizes short-chain fatty acids to regulate metabolic and immune functions. As a promising therapeutic target, FFA2 has been the focus of intensive development of synthetic ligands. However, the mechanisms by which endogenous and synthetic ligands modulate FFA2 activity remain unclear. Here, we present the structures of the human FFA2-Gi complex activated by the synthetic orthosteric agonist TUG-1375 and the positive allosteric modulator/allosteric agonist 4-CMTB, along with the structure of the inactive FFA2 bound to the antagonist GLPG0974. Structural comparisons with FFA1 and mutational studies reveal how FFA2 selects specific fatty acid chain lengths. Moreover, our structures reveal that GLPG0974 functions as an allosteric antagonist by binding adjacent to the orthosteric pocket to block agonist binding, whereas 4-CMTB binds the outer surface of transmembrane helices 6 and 7 to directly activate the receptor. Supported by computational and functional studies, these insights illuminate diverse mechanisms of ligand action, paving the way for precise GPCR-targeted drug design.
履歴
登録2024年2月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Free fatty acid receptor 2,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4292
ポリマ－48,9441
非ポリマー4851
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Free fatty acid receptor 2,Soluble cytochrome b562 / G-protein coupled receptor 43 / Cytochrome b-562


分子量: 48943.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FFAR2, FFA2, GPCR43, GPR43, cybC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15552, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-A1LYD / 4-[[(2~{R})-1-(1-benzothiophen-3-ylcarbonyl)-2-methyl-azetidin-2-yl]carbonyl-[(3-chlorophenyl)methyl]amino]butanoic acid


分子量: 484.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25ClN2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GLPG0974-bound human FFA2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 45.589 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76538 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.36 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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