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万見
- EMDB-39004: GLPG0974-bound human FFA2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39004
タイトルGLPG0974-bound human FFA2
マップデータ
試料
  • 複合体: GLPG0974-bound human FFA2
    • タンパク質・ペプチド: Free fatty acid receptor 2,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: 4-[[(2~{R})-1-(1-benzothiophen-3-ylcarbonyl)-2-methyl-azetidin-2-yl]carbonyl-[(3-chlorophenyl)methyl]amino]butanoic acid
キーワードGPCR / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acute inflammatory response to non-antigenic stimulus / regulation of peptide hormone secretion / regulation of acute inflammatory response / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / mucosal immune response / Free fatty acid receptors / positive regulation of cytokine production involved in immune response / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / lipid storage / cellular response to fatty acid ...positive regulation of acute inflammatory response to non-antigenic stimulus / regulation of peptide hormone secretion / regulation of acute inflammatory response / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / mucosal immune response / Free fatty acid receptors / positive regulation of cytokine production involved in immune response / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / lipid storage / cellular response to fatty acid / fat cell differentiation / ligand-gated ion channel signaling pathway / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-8 production / cell projection / negative regulation of insulin secretion / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of insulin secretion / glucose homeostasis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / heme binding / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
G protein-coupled receptor 40-related receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Free fatty acid receptor 2 / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Kugawa M / Kawakami K / Kise R / Kobayashi K / Kojima A / Inoue W / Fukuda M / Inoue A / Kato HE
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05142 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H04791 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into lipid chain-length selectivity and allosteric regulation of FFA2.
著者: Mai Kugawa / Kouki Kawakami / Ryoji Kise / Carl-Mikael Suomivuori / Masaki Tsujimura / Kazuhiro Kobayashi / Asato Kojima / Wakana J Inoue / Masahiro Fukuda / Toshiki E Matsui / Ayami Fukunaga ...著者: Mai Kugawa / Kouki Kawakami / Ryoji Kise / Carl-Mikael Suomivuori / Masaki Tsujimura / Kazuhiro Kobayashi / Asato Kojima / Wakana J Inoue / Masahiro Fukuda / Toshiki E Matsui / Ayami Fukunaga / Junki Koyanagi / Suhyang Kim / Hisako Ikeda / Keitaro Yamashita / Keisuke Saito / Hiroshi Ishikita / Ron O Dror / Asuka Inoue / Hideaki E Kato /
要旨: The free fatty acid receptor 2 (FFA2) is a G protein-coupled receptor (GPCR) that selectively recognizes short-chain fatty acids to regulate metabolic and immune functions. As a promising therapeutic ...The free fatty acid receptor 2 (FFA2) is a G protein-coupled receptor (GPCR) that selectively recognizes short-chain fatty acids to regulate metabolic and immune functions. As a promising therapeutic target, FFA2 has been the focus of intensive development of synthetic ligands. However, the mechanisms by which endogenous and synthetic ligands modulate FFA2 activity remain unclear. Here, we present the structures of the human FFA2-Gi complex activated by the synthetic orthosteric agonist TUG-1375 and the positive allosteric modulator/allosteric agonist 4-CMTB, along with the structure of the inactive FFA2 bound to the antagonist GLPG0974. Structural comparisons with FFA1 and mutational studies reveal how FFA2 selects specific fatty acid chain lengths. Moreover, our structures reveal that GLPG0974 functions as an allosteric antagonist by binding adjacent to the orthosteric pocket to block agonist binding, whereas 4-CMTB binds the outer surface of transmembrane helices 6 and 7 to directly activate the receptor. Supported by computational and functional studies, these insights illuminate diverse mechanisms of ligand action, paving the way for precise GPCR-targeted drug design.
履歴
登録2024年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39004.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39004.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.198
最小 - 最大-0.3829453 - 0.6756136
平均 (標準偏差)-0.0009127149 (±0.013455369)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39004_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39004_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GLPG0974-bound human FFA2

全体名称: GLPG0974-bound human FFA2
要素
  • 複合体: GLPG0974-bound human FFA2
    • タンパク質・ペプチド: Free fatty acid receptor 2,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: 4-[[(2~{R})-1-(1-benzothiophen-3-ylcarbonyl)-2-methyl-azetidin-2-yl]carbonyl-[(3-chlorophenyl)methyl]amino]butanoic acid

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超分子 #1: GLPG0974-bound human FFA2

超分子名称: GLPG0974-bound human FFA2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Free fatty acid receptor 2,Soluble cytochrome b562

分子名称: Free fatty acid receptor 2,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.943805 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLPDWKSSLI LMAYIIIFLT GLPANLLALR AFVGRIRQPQ PAPVHILLLS LTLADLLLLL LLPFKIIEAA SNFRWYLPKV VCALTSFGF YSSIYCSTWL LAGISIERYL GVAFPVQYKL SRRPLYGVIA ALVAWVMSFG HCTIVIIVQY LNTTEQVRSG N EITCYENF ...文字列:
MLPDWKSSLI LMAYIIIFLT GLPANLLALR AFVGRIRQPQ PAPVHILLLS LTLADLLLLL LLPFKIIEAA SNFRWYLPKV VCALTSFGF YSSIYCSTWL LAGISIERYL GVAFPVQYKL SRRPLYGVIA ALVAWVMSFG HCTIVIIVQY LNTTEQVRSG N EITCYENF TDNQLDVVLP VRLELCLVLF FIPMAVTIFC YWRFVWIMLS QPADLEDNWE TLNDNLKVIE KADNAAQVKD AL TKMRAAA LDAQKATPPK LEDKSPDSPE MKDFRHGFDI LVGQIDDALK LANEGKVKEA QAAAEQLKTT RNAYIQKYLL VGA QRRRRA VGLAVVTLLN FLVCFGPYNV SHLVGYHQRK SPWWRSIAVV FSSLNASLDP LLFYFSSSVV RRAFGRGLQV LRNQ GSSLL GRRGKDTAEG TNEDRGVGQG EGMPSSDFTT E

UniProtKB: Free fatty acid receptor 2, Soluble cytochrome b562, Free fatty acid receptor 2

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分子 #2: 4-[[(2~{R})-1-(1-benzothiophen-3-ylcarbonyl)-2-methyl-azetidin-2-...

分子名称: 4-[[(2~{R})-1-(1-benzothiophen-3-ylcarbonyl)-2-methyl-azetidin-2-yl]carbonyl-[(3-chlorophenyl)methyl]amino]butanoic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: A1LYD
分子量理論値: 484.995 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.589 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 76538
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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