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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8y6q | ||||||
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タイトル | Structure of the Dark/Dronc complex | ||||||
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![]() | APOPTOSIS / Dark / Dronc / cryo-EM | ||||||
機能・相同性 | ![]() hemocyte development / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / nurse cell apoptotic process / negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / Formation of apoptosome / head involution / embryonic development via the syncytial blastoderm / salivary gland histolysis / positive regulation of compound eye retinal cell programmed cell death ...hemocyte development / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / nurse cell apoptotic process / negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / Formation of apoptosome / head involution / embryonic development via the syncytial blastoderm / salivary gland histolysis / positive regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / melanization defense response / sarcosine catabolic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / central nervous system formation / metamorphosis / compound eye development / chaeta development / sperm individualization / apoptosome / autophagic cell death / programmed cell death involved in cell development / Neutrophil degranulation / programmed necrotic cell death / S-adenosylmethionine cycle / CARD domain binding / programmed cell death / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / triglyceride homeostasis / zymogen activation / dendrite morphogenesis / neuron remodeling / response to starvation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / protein autoprocessing / ectopic germ cell programmed cell death / regulation of autophagy / central nervous system development / determination of adult lifespan / response to gamma radiation / ADP binding / neuron cellular homeostasis / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å | ||||||
![]() | Tian, L. / Li, Y. / Shi, Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Dark and Dronc activation in . 著者: Lu Tian / Yini Li / Yigong Shi / ![]() 要旨: The onset of apoptosis is characterized by a cascade of caspase activation, where initiator caspases are activated by a multimeric adaptor complex known as the apoptosome. In , the initiator caspase ...The onset of apoptosis is characterized by a cascade of caspase activation, where initiator caspases are activated by a multimeric adaptor complex known as the apoptosome. In , the initiator caspase Dronc undergoes autocatalytic activation in the presence of the Dark apoptosome. Despite rigorous investigations, the activation mechanism for Dronc remains elusive. Here, we report the cryo-EM structures of an auto-inhibited Dark monomer and a single-layered, multimeric Dark/Dronc complex. Our biochemical analysis suggests that the auto-inhibited Dark oligomerizes upon binding to Dronc, which is sufficient for the activation of both Dark and Dronc. In contrast, the previously observed double-ring Dark apoptosome may represent a non-functional or "off-pathway" conformation. These findings expand our understanding on the molecular mechanism of apoptosis in . | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 328.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 476.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 38995MC ![]() 8y6pC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 142710.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Dark, anon-53Fa, Apaf, APAF-1, Apaf-1, apaf-1, APAF1, Apaf1, apaf1, arc, ARK, Ark, ark, Ark-RB, D-Apaf-1, dapaf, Dapaf-1, dAPAF-1, dApaf-1, dapaf-1, dApaf-1/DARK/HAC-1, Dapaf-1/HAC-1, ...遺伝子: Dark, anon-53Fa, Apaf, APAF-1, Apaf-1, apaf-1, APAF1, Apaf1, apaf1, arc, ARK, Ark, ark, Ark-RB, D-Apaf-1, dapaf, Dapaf-1, dAPAF-1, dApaf-1, dapaf-1, dApaf-1/DARK/HAC-1, Dapaf-1/HAC-1, dapaf-1L, dapaf-1S, dApaf1, DARK, dArk, dark, Dark/Apaf-I, dark/dapaf-1/hac-1, Dark/Dapaf-1/HAC1, Dark/Hac-1/dApaf-1, dark/hac-1/dapaf-1, Dark/Hac-1/dApaf1, Dmel\CG6829, Hac-1, hac-1, Hac-1/Dark, Hac1, hac1, l(2)SH0173, T1, CG6829, Dmel_CG6829 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7KLI1 #2: タンパク質 | 分子量: 12039.956 Da / 分子数: 8 / Fragment: CARD / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Dronc, Nc, CG8091 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9XYF4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2710 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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