PDB-8y4b: Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y4b

タイトル

Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase bound to L-2,4-DKDF and NADH

要素

SDR family oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / Rossmann Fold

機能・相同性

: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / :

機能・相同性情報

生物種

Herbaspirillum huttiense (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Akagashi, M. / Watanabe, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase reveals a unique binding mode as a alpha-furanosyl hemiketal of substrates.
著者: Akagashi, M. / Watanabe, S. / Kwiatkowski, S. / Drozak, J. / Terawaki, S. / Watanabe, Y.

履歴

登録	2024年1月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y4b.cif.gz	200.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y4b.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8y4b_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8y4b_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8y4b_validation.xml.gz	42.4 KB	表示
CIF形式データ	8y4b_validation.cif.gz	58 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/8y4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/8y4b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xwkC 8y11C 8y46C 8y4jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SDR family oxidoreductase

B: SDR family oxidoreductase

C: SDR family oxidoreductase

D: SDR family oxidoreductase

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SDR family oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー

2

B: SDR family oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー

3

C: SDR family oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー

4

D: SDR family oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.868, 119.541, 129.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SDR family oxidoreductase 分子量: 27596.275 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Herbaspirillum huttiense (バクテリア) 遺伝子: E2K99_19890 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P7ABK7
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-A1LXB / L-2,4-diketo-3-deoxyfuconate / (2~{S},5~{S})-5-methyl-2-oxidanyl-4-oxidanylidene-oxolane-2-carboxylic acid 分子量: 160.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 25% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→44.32 Å / Num. obs: 110122 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.57 % / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.67→1.7 Å / Num. unique obs: 5406 / CC_1/2: 0.759

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.67→44.32 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	5466	4.97 %
R_work	0.2662	-	-
obs	0.2688	110022	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→44.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7206	0	187	393	7786

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7549
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.009	10269
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.8	1096
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1230
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1306

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.69	0.4523	211	0.409	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.71	0.4409	207	0.3815	3421	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.73	0.4252	192	0.3678	3422	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.75	0.3949	173	0.3361	3432	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.77	0.387	190	0.3257	3440	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.3801	201	0.3138	3455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.82	0.3923	214	0.3125	3363	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.85	0.3749	187	0.3012	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.88	0.3863	176	0.2981	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.91	0.3618	152	0.3059	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.4181	172	0.3059	3440	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.98	0.345	175	0.2958	3478	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.02	0.3935	182	0.2946	3456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.06	0.366	177	0.2959	3446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.3483	165	0.3053	3486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.15	0.3834	173	0.299	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.21	0.3334	194	0.2977	3474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.27	0.3656	184	0.2888	3469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.33	0.3771	190	0.2704	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.41	0.2943	176	0.2747	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.49	0.3234	172	0.2774	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.59	0.3238	161	0.2712	3510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.71	0.2865	179	0.2611	3504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.86	0.3111	182	0.271	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.03	0.3053	171	0.261	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.27	0.297	165	0.2547	3533	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.6	0.2616	174	0.2428	3554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-4.12	0.2838	181	0.2284	3553	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-5.19	0.2414	185	0.2101	3602	X-RAY DIFFRACTION	100
5.19-44.32	0.2519	205	0.2129	3743	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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