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万見
- PDB-8y2o: The Cryo-EM structure of human tRNA methyltransferase FTSJ1-THADA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y2o
タイトルThe Cryo-EM structure of human tRNA methyltransferase FTSJ1-THADA with substrate tRNA and S-adenosyl homocysteine (SAH)
要素
  • human cytoplasmic tRNA(Phe)
  • tRNA (32-2'-O)-methyltransferase regulator THADA
  • tRNA (cytidine(32)/guanosine(34)-2'-O)-methyltransferase
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / tRNA modification enzymes / methyl transferases / tRNA-protein complex / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA 2'-O-methyltransferase activity / tRNA (guanosine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / wobble position ribose methylation / tRNA (guanine) methyltransferase activity / tRNA (cytidine32/guanosine34-2'-O)-methyltransferase / tRNA nucleoside ribose methylation / tRNA methyltransferase activity / adaptive thermogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / tRNA modification in the nucleus and cytosol ...tRNA 2'-O-methyltransferase activity / tRNA (guanosine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / wobble position ribose methylation / tRNA (guanine) methyltransferase activity / tRNA (cytidine32/guanosine34-2'-O)-methyltransferase / tRNA nucleoside ribose methylation / tRNA methyltransferase activity / adaptive thermogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / tRNA methylation / S-adenosyl-L-methionine binding / lipid homeostasis / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / enzyme regulator activity / neurogenesis / cytoplasmic translation / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
THADA/TRM732, DUF2428 / : / THADA/TRM732, DUF2428 / tRNA (cytidine(32)/guanosine(34)-2-O)-methyltransferase TRM7 / : / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Armadillo-type fold / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / : / RNA / RNA (> 10) / tRNA (32-2'-O)-methyltransferase regulator THADA / tRNA (cytidine(32)/guanosine(34)-2'-O)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Ishiguro, K. / Fujimura, A. / Shirouzu, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20cm0106179 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into tRNA recognition of the human FTSJ1-THADA complex.
著者: Kensuke Ishiguro / Atsushi Fujimura / Mikako Shirouzu /
要旨: tRNA undergoes various post-transcriptional modifications in the anticodon loop. FTSJ1, a protein conserved among most eukaryotes, mediates 2'-O-methylations at position 32 (Nm32) or position 34 ...tRNA undergoes various post-transcriptional modifications in the anticodon loop. FTSJ1, a protein conserved among most eukaryotes, mediates 2'-O-methylations at position 32 (Nm32) or position 34 (Nm34), complexed with THADA or WDR6, respectively. These methylations are crucial for accurate translation and cellular growth. FTSJ1 mutations are associated with non-syndromic X-linked intellectual disability. Although the structure of the FTSJ1-WDR6 complex in yeast has been solved, the structural details of the FTSJ1-THADA complex formation and substrate recognition remain unclear. Herein, using cryo-electron microscopy, we solve the high-resolution structure of FTSJ1-THADA with or without a tRNA substrate. FTSJ1 binds to THADA via its C-terminal region, with a unique interaction mode distinct from the FTSJ1-WDR6 complex. The tRNA substrate is anchored inside THADA, and key THADA residues for THADA-tRNA interaction are identified via structural and biochemical analyses. These findings demonstrate how FTSJ1 and THADA form a complex to mediate Nm32 modification in various tRNAs.
履歴
登録2024年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (32-2'-O)-methyltransferase regulator THADA
B: tRNA (cytidine(32)/guanosine(34)-2'-O)-methyltransferase
C: human cytoplasmic tRNA(Phe)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,50212
ポリマ－285,8823
非ポリマー6209
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 tRNA (32-2'-O)-methyltransferase regulator THADA / Gene inducing thyroid adenomas protein / Thyroid adenoma-associated protein


分子量: 223138.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THADA, GITA, KIAA1767 / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6YHU6
#2: タンパク質 tRNA (cytidine(32)/guanosine(34)-2'-O)-methyltransferase / 2'-O-ribose RNA methyltransferase TRM7 homolog / Protein ftsJ homolog 1


分子量: 38224.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTSJ1, JM23 / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9UET6, tRNA (cytidine32/guanosine34-2'-O)-methyltransferase

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RNA鎖 , 1種, 1分子 C

#3: RNA鎖 human cytoplasmic tRNA(Phe)


分子量: 24518.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 29540470

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非ポリマー , 3種, 9分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The Cryo-EM structure of tRNA methyltransferase FTSJ1-THADA with substrate tRNA and S-adenosyl homocysteine (SAH)
タイプ: COMPLEX
詳細: FTSJ1-THADA was expressed and purified from HEK293F cells. tRNA substrate was transcribed and purified in vitro. FTSJ1-THADA, tRNA and SAH were incubated before grid preparation.
Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: FreeStyle HEK293F
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: The Buffer pH was adjusted to 7.6 using HCl.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
160 mMtris(hydroxymethyl)aminomethaneC4H11NO31
250 mMpotassium chlorideKCl1
375 mMsodium chlorideNaCl1
45 mMmagnesium chlorideMgCl21
51 mMdithiothreitolC4H10O2S21
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 1.2mg/ml FTSJ1-THADA was incubated with 2 fold molar tRNA and 1mM SAH.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22969

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.8.2粒子像選択
4RELION3.1.3CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
8Coot0.9.5モデルフィッティング
10PHENIX1.18モデル精密化
11Coot0.9.5モデル精密化
12RELION3.1.3初期オイラー角割当
13RELION3.1.3最終オイラー角割当
14RELION3.1.3分類
15RELION3.1.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 7275741
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1854516 / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
詳細: alphafold prediction was used as initial model of FTSJ1-THADA
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 67.66 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00817886
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.679424618
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04462930
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00472831
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.24282988

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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