[日本語] English
万見
- PDB-8y1m: Xylanase R from Bacillus sp. TAR-1 complexed with xylobiose. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y1m
タイトルXylanase R from Bacillus sp. TAR-1 complexed with xylobiose.
要素Endo-1,4-beta-xylanase A
キーワードHYDROLASE / GH10 / Thermostability / Xylanase / Xylobiose
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-xylobiose / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endo-1,4-beta-xylanase A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. TAR1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nakamura, T. / Kuwata, K. / Takita, T. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Nakamura, S. / Yasukawa, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)30397559 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Activity-stability trade-off observed in variants at position 315 of the GH10 xylanase XynR.
著者: Nakamura, T. / Takita, T. / Kuwata, K. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Nakamura, S. / Yasukawa, K.
履歴
登録2024年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase A
B: Endo-1,4-beta-xylanase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,19431
ポリマ－84,0622
非ポリマー3,13229
水9,872548
1
A: Endo-1,4-beta-xylanase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,85518
ポリマ－42,0311
非ポリマー1,82417
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15000 Å2
手法PISA
2
B: Endo-1,4-beta-xylanase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,33913
ポリマ－42,0311
非ポリマー1,30812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.702, 53.335, 96.567
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase A / Xylanase A / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase A


分子量: 42031.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. TAR1 (バクテリア) / 遺伝子: xynA, BH2120 / プラスミド: pET-21B(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07528, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 多糖
beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylobiose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 573分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 % / 解説: lectangle plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.02 M CaCl2, 0.1 M CH3COONa, 22% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.35 M xylobiose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 82976 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.39 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.35 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 12885 / CC1/2: 0.846 / Rrim(I) all: 0.565 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→44.26 Å / SU ML: 0.2178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.3159
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2021 4143 5 %
Rwork0.166 78701 -
obs0.1677 82844 97.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5914 0 195 548 6657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00696447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86458792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0539906
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.86962411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.37691300.32792487X-RAY DIFFRACTION92.9
1.82-1.840.27621330.26152525X-RAY DIFFRACTION94.36
1.84-1.860.27241350.2522548X-RAY DIFFRACTION97.39
1.86-1.880.28011360.23312589X-RAY DIFFRACTION96.98
1.88-1.910.43761360.32622580X-RAY DIFFRACTION95.5
1.91-1.930.43791330.36962533X-RAY DIFFRACTION97.09
1.93-1.960.23761390.20972636X-RAY DIFFRACTION98.65
1.96-1.990.22851380.19482621X-RAY DIFFRACTION98.19
1.99-2.020.22211390.18692649X-RAY DIFFRACTION99.57
2.02-2.050.22331390.18612639X-RAY DIFFRACTION97.85
2.05-2.090.24551370.19412596X-RAY DIFFRACTION99.27
2.09-2.130.23251400.17532671X-RAY DIFFRACTION98.63
2.13-2.170.18791370.17122599X-RAY DIFFRACTION99.17
2.17-2.210.22341410.17982678X-RAY DIFFRACTION99.16
2.21-2.260.35061320.2722503X-RAY DIFFRACTION94.51
2.26-2.310.20481380.19362617X-RAY DIFFRACTION97.21
2.31-2.370.1961370.16772613X-RAY DIFFRACTION99.35
2.37-2.440.19241410.15222676X-RAY DIFFRACTION98.84
2.44-2.510.17051400.15782648X-RAY DIFFRACTION99.46
2.51-2.590.19761400.15922658X-RAY DIFFRACTION98.87
2.59-2.680.20181400.16382659X-RAY DIFFRACTION99.08
2.68-2.790.21571400.16162658X-RAY DIFFRACTION99.57
2.79-2.920.20031400.15792661X-RAY DIFFRACTION98.98
2.92-3.070.22721400.16342664X-RAY DIFFRACTION98.73
3.07-3.260.17711380.15032625X-RAY DIFFRACTION98.54
3.26-3.510.17911390.14092652X-RAY DIFFRACTION97.59
3.51-3.870.16351400.12292650X-RAY DIFFRACTION97.93
3.87-4.430.141410.11672678X-RAY DIFFRACTION98.7
4.43-5.570.16571410.13322690X-RAY DIFFRACTION98.71
5.57-44.260.18141430.17332698X-RAY DIFFRACTION95.59

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る