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- PDB-8y0n: Structure of CXCR3 in complex with VUF11418 and Go (Full map) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y0n
タイトルStructure of CXCR3 in complex with VUF11418 and Go (Full map)
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Antibody fragment ScFv16
  • C-X-C chemokine receptor type 3
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE / GPCR / Arrestin / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of leukocyte migration / chemokine binding / C-X-C chemokine binding / chemokine receptor activity / C-X-C chemokine receptor activity / positive regulation of chemotaxis / mu-type opioid receptor binding / C-C chemokine receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / C-C chemokine binding ...regulation of leukocyte migration / chemokine binding / C-X-C chemokine binding / chemokine receptor activity / C-X-C chemokine receptor activity / positive regulation of chemotaxis / mu-type opioid receptor binding / C-C chemokine receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / C-C chemokine binding / T cell chemotaxis / negative regulation of execution phase of apoptosis / vesicle docking involved in exocytosis / Chemokine receptors bind chemokines / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / regulation of heart contraction / parallel fiber to Purkinje cell synapse / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of execution phase of apoptosis / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of cell adhesion / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase regulator activity / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / muscle contraction / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cell chemotaxis / locomotory behavior / negative regulation of insulin secretion / calcium-mediated signaling / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / positive regulation of angiogenesis / G beta:gamma signalling through BTK / chemotaxis / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor activity / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / G protein activity / presynaptic membrane / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cell body / GTPase binding / Ca2+ pathway / fibroblast proliferation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / angiogenesis / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / postsynaptic membrane / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 3 / Chemokine receptor family / : / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...CXC chemokine receptor 3 / Chemokine receptor family / : / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / C-X-C chemokine receptor type 3 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Sano, F.K. / Saha, S. / Sharma, S. / Ganguly, M. / Shihoya, W. / Nureki, O. / Shukla, A.K. / Banerjee, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)IPA/2020/000405 インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural visualization of small molecule recognition by CXCR3 uncovers dual-agonism in the CXCR3-CXCR7 system.
著者: Shirsha Saha / Fumiya K Sano / Saloni Sharma / Manisankar Ganguly / Annu Dalal / Sudha Mishra / Divyanshu Tiwari / Hiroaki Akasaka / Takaaki A Kobayashi / Nabarun Roy / Nashrah Zaidi / Yuzuru ...著者: Shirsha Saha / Fumiya K Sano / Saloni Sharma / Manisankar Ganguly / Annu Dalal / Sudha Mishra / Divyanshu Tiwari / Hiroaki Akasaka / Takaaki A Kobayashi / Nabarun Roy / Nashrah Zaidi / Yuzuru Itoh / Rob Leurs / Ramanuj Banerjee / Wataru Shihoya / Osamu Nureki / Arun K Shukla /
要旨: Chemokine receptors are critically involved in multiple physiological and pathophysiological processes related to immune response mechanisms. Most chemokine receptors are prototypical GPCRs although ...Chemokine receptors are critically involved in multiple physiological and pathophysiological processes related to immune response mechanisms. Most chemokine receptors are prototypical GPCRs although some also exhibit naturally-encoded signaling-bias toward β-arrestins (βarrs). C-X-C type chemokine receptors, namely CXCR3 and CXCR7, constitute a pair wherein the former is a prototypical GPCR while the latter exhibits selective coupling to βarrs despite sharing a common natural agonist: CXCL11. Moreover, CXCR3 and CXCR7 also recognize small molecule agonists suggesting a modular orthosteric ligand binding pocket. Here, we determine cryo-EM structures of CXCR3 in an Apo-state and in complex with small molecule agonists biased toward G-proteins or βarrs. These structural snapshots uncover an allosteric network bridging the ligand-binding pocket to intracellular side, driving the transducer-coupling bias at this receptor. Furthermore, structural topology of the orthosteric binding pocket also allows us to discover and validate that selected small molecule agonists of CXCR3 display robust agonism at CXCR7. Collectively, our study offers molecular insights into signaling-bias and dual agonism in the CXCR3-CXCR7 system with therapeutic implications.
履歴
登録2024年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
S: Antibody fragment ScFv16
R: C-X-C chemokine receptor type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,9576
ポリマ－146,4845
非ポリマー4721
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha


分子量: 27024.762 Da / 分子数: 1 / 変異: G42D,E43N,A227D,G230D,I332A,V335I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09471
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38534.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768

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抗体 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 3分子 SR

#4: 抗体 Antibody fragment ScFv16


分子量: 26466.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 C-X-C chemokine receptor type 3 / CXC-R3 / CXCR-3 / CKR-L2


分子量: 46597.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCR3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49682
#6: 化合物 ChemComp-A1LW2 / [(1~{R},5~{S})-6,6-dimethyl-2-bicyclo[3.1.1]hept-2-enyl]methyl-[[4-(2-iodanylphenyl)phenyl]methyl]-dimethyl-azanium


分子量: 472.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H31IN / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CXCR3 in complex with VUF11418 and Go / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Cootモデルフィッティング
11cryoSPARC4.4分類
12cryoSPARC4.4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150213 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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