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万見
- PDB-8y0c: Crystal structure of FnCas12a in complex with pre-crRNA and 18nt ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y0c
タイトルCrystal structure of FnCas12a in complex with pre-crRNA and 18nt target DNA
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas12a
  • DNA (27-MER)
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*CP*T)-3')
  • RNA (42-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CRISPR / Cas12a / crRNA / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacillus subtilis ribonuclease / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR-associated endonuclease Cpf1 PI domain / : / CRISPR-associated endonuclease Cpf1 REC2 domain / CRISPR-associated endonuclease Cas12a / Cas12a, REC1 domain / Cas12a, RuvC nuclease domain / Cas12a, nuclease domain / Alpha helical recognition lobe domain / Nuclease domain / RuvC nuclease domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas12a
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Chen, J. / Liu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32022047 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: DNA target binding-induced pre-crRNA processing in type II and V CRISPR-Cas systems.
著者: Chen, J. / Lin, X. / Xiang, W. / Chen, Y. / Zhao, Y. / Huang, L. / Liu, L.
履歴
登録2024年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA (42-MER)
C: DNA (27-MER)
D: DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*CP*T)-3')
A: CRISPR-associated endonuclease Cas12a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,2686
ポリマ－182,2204
非ポリマー492
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16640 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area67030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.283, 124.283, 268.523
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8249.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*CP*T)-3')


分子量: 3299.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: RNA鎖 RNA (42-MER)


分子量: 18587.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)
#4: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas12a / CRISPR-associated endonuclease Cpf1 / FnCas12a / FnCpf1


分子量: 152083.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)
遺伝子: cas12a, cpf1, FTN_1397 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0Q7Q2, deoxyribonuclease I, Bacillus subtilis ribonuclease

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非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M MES, pH 6.0, 0.15 M Sodium formate, 17% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→50 Å / Num. obs: 28418 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 48.2 Å2 / Rpim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3.45→3.51 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1362 / Rpim(I) all: 0.279 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-30007.21データスケーリング
HKL-30007.21データ削減
Coot0.7.2.1モデル構築
PHENIX1.17.1_3660位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MGA

5mga


解像度: 3.45→47.22 Å / SU ML: 0.4733 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 24.7791
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2853 1234 4.89 %
Rwork0.2159 24017 -
obs0.2193 25251 88.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→47.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10393 1661 2 2 12058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011212451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34117093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06231881
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.66242227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.45-3.590.3497350.2468806X-RAY DIFFRACTION27.52
3.59-3.760.30431170.24932207X-RAY DIFFRACTION74.82
3.76-3.950.31161650.23162808X-RAY DIFFRACTION96.46
3.95-4.20.28761450.22552958X-RAY DIFFRACTION99.39
4.2-4.530.28511330.21382984X-RAY DIFFRACTION99.9
4.53-4.980.3061580.20972981X-RAY DIFFRACTION99.81
4.98-5.70.30271600.20243002X-RAY DIFFRACTION99.87
5.7-7.180.27361640.21353035X-RAY DIFFRACTION99.91
7.18-47.220.23231570.19823236X-RAY DIFFRACTION99.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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