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万見
- PDB-8xwz: Non-crystalline proximal tubulopathy and crystalline cast nephrop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xwz
タイトルNon-crystalline proximal tubulopathy and crystalline cast nephropathy-causing Bence-Jones protein PT-CN: An entire immunoglobulin kappa light chain dimer
要素Bence-Jones protein kappa light chain PT-CN
キーワードIMMUNE SYSTEM / Bence-Jones protein / immunoglobulin / kappa light chain
機能・相同性2-ETHOXYETHANOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ezawa, T. / Otomo, R. / Nozawa, K. / Kyoya, S. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Odaka, M. / Matsumura, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K07011 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23KJ0224 日本
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2025
タイトル: Multiple myeloma-associated non-crystalline proximal tubulopathy and crystalline cast nephropathy: Biochemical and structural features of disease-causing monoclonal kappa light chains.
著者: Ezawa, T. / Otomo, R. / Kariya, Y. / Nozawa, K. / Kyoya, S. / Furutani, C. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Odaka, M. / Matsumura, H. / Saito, A. / Saito, M. / Abe, F. / Fujioka, Y. / Kitadate, A. ...著者: Ezawa, T. / Otomo, R. / Kariya, Y. / Nozawa, K. / Kyoya, S. / Furutani, C. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Odaka, M. / Matsumura, H. / Saito, A. / Saito, M. / Abe, F. / Fujioka, Y. / Kitadate, A. / Wakui, H. / Takahashi, N.
履歴
登録2024年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bence-Jones protein kappa light chain PT-CN
B: Bence-Jones protein kappa light chain PT-CN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,90381
ポリマ－46,6042
非ポリマー5,29979
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.422, 80.422, 141.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

PO4

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要素

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抗体 , 1種, 2分子 AB

#1: 抗体 Bence-Jones protein kappa light chain PT-CN


分子量: 23301.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DDBJ:LC795522 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 7種, 198分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化温度: 283 K / 手法: counter-diffusion / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM HEPES, 8% MPD, 10% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月6日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.08 Å / Num. obs: 21369 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 45.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2051 / CC1/2: 0.591 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B6D

1b6d


解像度: 2.3→44.29 Å / SU ML: 0.2938 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 25.4893 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2567 1079 5.06 %
Rwork0.2044 20231 -
obs0.2071 21310 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3255 0 338 119 3712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5594757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0404518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0026586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.00812849
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.40.33931190.28282476X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.530.28911250.25872488X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.690.32981510.24292462X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.90.28731420.22652480X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.190.25961040.20942548X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.650.26131510.18462495X-RAY DIFFRACTION100
3.65-4.60.22371350.16542569X-RAY DIFFRACTION100
4.6-44.290.23951520.21342713X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.1897755859 Å / Origin y: 31.947557266 Å / Origin z: -13.3652717263 Å
111213212223313233
T0.280500188068 Å2-0.0128068544455 Å2-0.0710490553213 Å2-0.300710649078 Å2-0.0303731384168 Å2--0.227806983348 Å2
L1.6271375089 °2-0.689154268978 °2-1.07045312687 °2-1.51543080886 °20.723603630138 °2--0.864508056649 °2
S-0.0335829495335 Å °-0.053428664978 Å °0.0332668237067 Å °0.00607692303231 Å °0.002681441324 Å °0.0695171425978 Å °-0.14597653236 Å °0.0899179954992 Å °0.0349331015563 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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