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- PDB-8xwo: Vibrio harveyi chitoporin in complex with minocycline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xwo
タイトルVibrio harveyi chitoporin in complex with minocycline
要素Chitoporin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Vibrio species / Chitin / outer-membrane protein / sugar-specific porin / marine bacteria / antibiotic resistance / minocycline
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / : / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MIY / Gram-negative porin family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sanram, S. / Suginta, W. / Robinson, R.C.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
Vidyasirimedhi Institute of Science and Technology (VISTEC) タイ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: VhChiP in complex with minocycline
著者: Sanram, S. / Suginta, W. / Robinson, R.C.
履歴
登録2024年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitoporin
B: Chitoporin
C: Chitoporin
D: Chitoporin
E: Chitoporin
F: Chitoporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,09932
ポリマ－231,2146
非ポリマー3,88526
水37821
1
A: Chitoporin
B: Chitoporin
E: Chitoporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,47416
ポリマ－115,6073
非ポリマー1,86713
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9550 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area39790 Å2
手法PISA
2
C: Chitoporin
D: Chitoporin
F: Chitoporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,62516
ポリマ－115,6073
非ポリマー2,01813
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11610 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area40110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.393, 92.500, 96.522
Angle α, β, γ (deg.)101.11, 101.14, 109.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Chitoporin


分子量: 38535.668 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: chiP, AL538_13355, VCHENC02_0932 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A454DK07
#2: 化合物 ChemComp-MIY / (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE / MINOCYCLINE / ミノサイクリン


分子量: 457.476 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27N3O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
23.1661.13
1
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.075 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 8, and 22% w/v PEG 1500 at 292 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月17日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→20.02 Å / Num. obs: 36533 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.942 / CC star: 0.985 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.499 / Net I/σ(I): 53.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.4-3.461.80.16414770.9420.9850.1640.2310.42477.3
3.46-3.521.80.16115980.950.9870.1610.2280.39682.4
3.52-3.591.80.15716330.9570.9890.1570.2220.43986.2
3.59-3.661.80.13917350.9610.990.1390.1960.46289.3
3.66-3.741.80.11617520.970.9920.1160.1640.46992.4
3.74-3.831.80.10618470.9720.9930.1060.150.50695.3
3.83-3.921.90.10218360.9760.9940.1020.1440.4596.6
3.92-4.031.90.09719010.9790.9950.0970.1370.46697.7
4.03-4.141.90.07519160.9850.9960.0750.1060.47198.4
4.14-4.281.90.06518500.9890.9970.0650.0920.51998.2
4.28-4.431.90.05419180.9920.9980.0540.0760.50698.4
4.43-4.61.90.04818980.9930.9980.0480.0690.52498.9
4.6-4.811.90.04618980.9930.9980.0460.0660.49998.6
4.81-5.061.90.04618760.9930.9980.0460.0650.50298.5
5.06-5.371.90.05119070.9920.9980.0510.0720.48499
5.37-5.781.90.05219120.9940.9980.0520.0730.52898.7
5.78-6.341.90.0518870.9920.9980.050.070.54298.8
6.34-7.221.90.0419050.9950.9990.040.0570.55398.9
7.22-8.961.90.02618940.99810.0260.0360.55298.9
8.96-201.90.01818930.99910.0180.0250.60497.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-20003.27データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MDQ

5mdq


解像度: 3.4→20.02 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: NONE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 27.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2621 1695 4.64 %
Rwork0.1825 --
obs0.1861 36512 94.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→20.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15392 0 199 21 15612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21221657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.642336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0642083
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082924
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.50.28611400.19272184X-RAY DIFFRACTION74
3.5-3.620.33141350.19682629X-RAY DIFFRACTION86
3.62-3.750.25991270.18922860X-RAY DIFFRACTION91
3.75-3.890.2531500.17942924X-RAY DIFFRACTION96
3.89-4.070.3461530.20172991X-RAY DIFFRACTION98
4.07-4.280.28561480.18113026X-RAY DIFFRACTION98
4.28-4.550.23721540.17253000X-RAY DIFFRACTION99
4.55-4.890.20521540.16083045X-RAY DIFFRACTION99
4.89-5.380.24491530.16263030X-RAY DIFFRACTION99
5.38-6.140.27511280.17653046X-RAY DIFFRACTION99
6.14-7.660.21131270.19183070X-RAY DIFFRACTION99
7.66-20.020.2741260.19783012X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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