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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xw8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Streptococcus pneumoniae pyruvate kinase in complex with oxalate and fructose 1,6-bisphosphate and GDP | ||||||
![]() | Pyruvate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Pyruvate kinase / Streptococcus pneumoniae / Glycolysis | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / glycolytic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakashima, R. / Taguchi, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Nucleotide Selectivity in Pyruvate Kinase. 著者: Taguchi, A. / Nakashima, R. / Nishino, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 442.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 353.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 93.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 137.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD![](data/chem/img/FBP.gif)
![](data/chem/img/FBP.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 56993.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pykF / 発現宿主: ![]() ![]() #4: 糖 | ChemComp-FBP / |
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-非ポリマー , 6種, 1832分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/OXL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/OXL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ChemComp-GDP / #6: 化合物 | ChemComp-OXL / #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.91 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10mM HEPES pH7.5, 250mM NaCl, 75mM KCl, 20% PEG1000, 5% glycerol, 50mM tricine pH8.0, 10mM Oxalate, 10mM FBP, 5mM GDP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→47.3 Å / Num. obs: 181214 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 16.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.454 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→47.3 Å
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拘束条件 |
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