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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xvr | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of inulosucrase from Lactobacillus reuteri 121 mutant R544W | ||||||||||||
![]() | Glycoside hydrolase family 68 protein | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Glycoside hydrolase 68 enzyme | ||||||||||||
機能・相同性 | DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Ni, D. / Hou, X. / Cheng, M. / Xu, W. / Rao, Y. / Mu, W. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-guided tunnel engineering to reveal the molecular basis of sugar chain extension of inulosucrase 著者: Ni, D. / Hou, X. / Cheng, M. / Xu, W. / Rao, Y. / Mu, W. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 435.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 350 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 10.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 10.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 91.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 124.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8xvpC ![]() 8xvqC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 65235.375 Da / 分子数: 4 / 変異: R544W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: DPAN417_05420 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A6N1ER42 |
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-非ポリマー , 6種, 1034分子 










#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-1PE / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20% PEG3000 200 mM Sodium acetate Acetic acid pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→41.59 Å / Num. obs: 100399 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.48 Å / % possible obs: 82.3 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Num. measured all: 20006 / Num. unique obs: 4148 / CC1/2: 0.837 / Rpim(I) all: 0.259 / Rrim(I) all: 0.592 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 2.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.375 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.44→41.59 Å
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拘束条件 |
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