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- PDB-8xub: Crystal structure of Y-50 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xub
タイトルCrystal structure of Y-50 TCR
要素
  • Y-50 alpha
  • Y-50 beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR complex
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Asa, M. / Nagae, M. / Yamasaki, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H00403 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22A304 日本
引用ジャーナル: J Clin Invest / 年: 2024
タイトル: A conserved human CD4+ T cell subset recognizing the mycobacterial adjuvant trehalose monomycolate.
著者: Yuki Sakai / Minori Asa / Mika Hirose / Wakana Kusuhara / Nagatoshi Fujiwara / Hiroto Tamashima / Takahiro Ikazaki / Shiori Oka / Kota Kuraba / Kentaro Tanaka / Takashi Yoshiyama / Masamichi ...著者: Yuki Sakai / Minori Asa / Mika Hirose / Wakana Kusuhara / Nagatoshi Fujiwara / Hiroto Tamashima / Takahiro Ikazaki / Shiori Oka / Kota Kuraba / Kentaro Tanaka / Takashi Yoshiyama / Masamichi Nagae / Yoshihiko Hoshino / Daisuke Motooka / Ildiko Van Rhijn / Xiuyuan Lu / Eri Ishikawa / D Branch Moody / Takayuki Kato / Shinsuke Inuki / Go Hirai / Sho Yamasaki /
要旨: Mycobacterium tuberculosis causes human tuberculosis (TB). As mycobacteria are protected by a thick lipid cell wall, humans have developed immune responses against diverse mycobacterial lipids. Most ...Mycobacterium tuberculosis causes human tuberculosis (TB). As mycobacteria are protected by a thick lipid cell wall, humans have developed immune responses against diverse mycobacterial lipids. Most of these immunostimulatory lipids are known as adjuvants acting through innate immune receptors, such as C-type lectin receptors. Although a few mycobacterial lipid antigens activate unconventional T cells, the antigenicity of most adjuvantic lipids is unknown. Here, we identified that trehalose monomycolate (TMM), an abundant mycobacterial adjuvant, activated human T cells bearing a unique αβ T cell receptor (αβTCR). This recognition was restricted by CD1b, a monomorphic antigen-presenting molecule conserved in primates but not mice. Single-cell TCR-RNA-Seq using newly established CD1b-TMM tetramers revealed that TMM-specific T cells were present as CD4+ effector memory T cells in the periphery of uninfected donors but expressed IFN-γ, TNF, and anti-mycobacterial effectors upon TMM stimulation. TMM-specific T cells were detected in cord blood and PBMCs of donors without bacillus Calmette-Guérin vaccination but were expanded in patients with active TB. A cryo-electron microscopy study of CD1b-TMM-TCR complexes revealed unique antigen recognition by conserved features of TCRs, positively charged CDR3α, and long CDR3β regions. These results indicate that humans have a commonly shared and preformed CD4+ T cell subset recognizing a typical mycobacterial adjuvant as an antigen. Furthermore, the dual role of TMM justifies reconsideration of the mechanism of action of adjuvants.
履歴
登録2024年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22025年3月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Y-50 alpha
B: Y-50 beta
C: Y-50 alpha
D: Y-50 beta
E: Y-50 alpha
F: Y-50 beta
G: Y-50 alpha
H: Y-50 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,68422
ポリマ－205,3388
非ポリマー2,34614
水61334
1
A: Y-50 alpha
B: Y-50 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9696
ポリマ－51,3342
非ポリマー6354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21410 Å2
手法PISA
2
C: Y-50 alpha
D: Y-50 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7485
ポリマ－51,3342
非ポリマー4133
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area21040 Å2
手法PISA
3
E: Y-50 alpha
F: Y-50 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0946
ポリマ－51,3342
非ポリマー7604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21070 Å2
手法PISA
4
G: Y-50 alpha
H: Y-50 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8735
ポリマ－51,3342
非ポリマー5383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.113, 168.692, 173.116
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-402-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Y-50 alpha


分子量: 23142.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質
Y-50 beta


分子量: 28191.834 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M potassium sulfate, 0.1M Bis-TrispH5.5, 25%PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.63 Å / Num. obs: 69976 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 60.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 14.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4444 / CC1/2: 0.646 / Rpim(I) all: 0.765

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→44.03 Å / SU ML: 0.4256 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.2778
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2994 3386 4.84 %
Rwork0.2257 66503 -
obs0.2293 69889 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14195 0 142 34 14371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008914681
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.062319908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05782148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00932589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.68391969
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.540.4761370.34262747X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.570.36621400.33272696X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.610.37831490.31022753X-RAY DIFFRACTION99.97
2.61-2.660.39911390.30812724X-RAY DIFFRACTION99.97
2.66-2.70.39491470.29782717X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.750.39091480.28282738X-RAY DIFFRACTION99.93
2.75-2.80.32891500.2752714X-RAY DIFFRACTION99.93
2.8-2.860.33321240.29022769X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.920.40811420.30872732X-RAY DIFFRACTION100
2.92-2.990.40321500.29752753X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.070.38891200.28632753X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.150.32521440.2642753X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.240.31911330.24642779X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.350.36181240.25242746X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.470.29581600.25122743X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.610.30131300.25122790X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.770.35041300.22942775X-RAY DIFFRACTION99.97
3.77-3.970.27911590.22132761X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.220.29231290.20182792X-RAY DIFFRACTION100
4.22-4.540.25971440.17672812X-RAY DIFFRACTION100
4.54-50.21971740.16262749X-RAY DIFFRACTION100
5-5.720.21851110.18562858X-RAY DIFFRACTION100
5.72-7.20.31511510.21722856X-RAY DIFFRACTION100
7.2-44.030.27071510.19952993X-RAY DIFFRACTION99.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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